curso: proteínas dúctiles y sus aplicaciones

Hola,

hoy quiero difundir un curso de verano de 3 días, que dirigen nuestras colegas Inma Yruela y Patricia Ferreira, "Nuevos Retos en Biología Molecular: las proteínas dúctiles y sus aplicaciones".

Tendrá lugar en Jaca del 11 al 13 de julio, y participamos varios profesores invitados. Hay 4 bolsas de viaje disponibles. Más información en la dirección:

https://cursosextraordinarios.unizar.es/curso/2018/nuevos-retos-en-biologia-molecular-las-proteinas-ductiles-y-sus-aplicaciones

(cartel actualizado 02052018)

Hasta pronto,
Bruno

PD: el enlace al material que usaremos en mi sesión es http://www.eead.csic.es/compbio/material/alineafilog

Seminario de introducción a la metagenómica

Os quiero anunciar que el 19 de Octubre impartiré el workshop titulado "Introduction to Bioinformatics applied to Metagenomics and Community Ecology" como parte de la conferencia ​Community Ecology for the 21st Century (Évora, Portugal).

Si estáis interesados, podéis contactar a los organizadores de la conferencia en el siguiente enlace, todavía hay plazas disponibles en el workshop.

Durante el curso presentaré la nueva herramienta AmpliTAXO para el análisis sencillo y online de datos de NGS de RNA ribosomal y otros marcadores.

El curso consistirá en 2 partes, la primera teórica donde se expondrán los retos de la metagenómica, las posibilidades de las nuevas técnicas de secuenciación y el funcionamiento de las herramientas de análisis más habituales (UPARSE, QIIME, MOTHUR). La segunda parte será práctica y consistirá en el análisis de datos metagenómicos reales obtenidos por NGS.

Podéis encontrar más información en inglés en mi nuevo blog y próximamamente en la página de la conferencia (pendiente de actualizar).

Os dejo un pequeño adelanto de los contenidos...

Alineamiento de secuencias de proteína y filogenias

Hola,
como anunciábamos hace unas semanas, esta semana participamos en un curso de verano de la Universidad de Zaragoza que empieza hoy en la ciudad de Jaca, al pie mismo del Pirineo. Por esta razón hemos preparado un material sobre Alineamiento de secuencias de proteína y filogenias que hoy colgamos en la Red para que podáis consultarlo si a alguien le interesa:

http://eead.csic.es/compbio/material/alineafilog

y que también podés descargar en formato PDF en:

http://digital.csic.es/handle/10261/117608


El índice del curso es el siguiente:

•  Análisis jerárquico de la estructura de proteínas
• Estructura primaria
• Estructura secundaria
• Estructura terciaria y cuaternaria
  • Demarcación de dominios en proteínas

• Comparación de secuencias de proteína y conservación de su estructura y función
  • Algoritmos de alineamiento y matrices de sustitución de aminoácidos
    • Alineamiento múltiple (normalmente global)
    • Alineamiento pareado (normalmente local)
  
  
• Modelos evolutivos de proteínas
  • Cómo evolucionan las secuencias de genes y proteínas
  • Cómo se infiere una filogenia a partir de secuencias de proteínas
  
  
• Ejercicios
  • Búsqueda de secuencias homólogas de una proteína problema
  • Alineamiento múltiple de la familia de proteínas
  • Determinación del modelo evolutivo mas verosímil
  • Reconstrucción de una filogenia molecular

Un saludo,
hasta pronto,
Bruno

Curso de Python para biólogos - Lección 7. Lectura y escritura de archivos

Con Python podemos leer, crear y modificar archivos de texto. Por ejemplo podemos leer un fichero con miles/millones de secuencias de DNA y extraer información del mismo, lo cual sería muy complicado de forma manual. Se verá un ejemplo al final de la lección.

Trabajando con directorios

Antes de empezar a crear y leer archivos, vamos a consultar el directorio de trabajo por defecto de Python con el comando 'os.getcwd', crear un nuevo directorio para trabajar en esta lección con 'os.makedirs' y cambiar el directorio de trabajo por este nuevo directorio ('os.chdir'). Para realizar todo ello primero tenemos que importar el módulo 'import os' (Operating System) que nos proporcionará los métodos mencionados. Un módulo es una extensión de Python y se debe importar para poder trabajar con sus herramientas.

Creación de archivos

Una vez que estamos en el directorio de trabajo deseado, vamos a crear un archivo llamado 'example.txt', para ello usaremos la función 'open' con la opción 'w' que indica escritura (write). El nuevo archivo será un objeto guardado en la variable 'f' y con el método 'write' podremos insertar un texto en el mismo. No debemos olvidar cerrar siempre el archivo después de leer o modificar sus contenidos con el método 'close'. Si abrimos el archivo con nuestro explorador de archivos, veremos el texto que contiene.

Usando un bucle 'for' podemos insertar automáticamente múltiples líneas de texto:

Lectura de archivos

Para leer un archivo, primero debemos abrirlo con la función 'open' y la opción 'r' que indica lectura (read). El método 'read' leerá todo el archivo de una vez si no se especifica ningún argumento. Importante, después de leerlo debemos cerrarlo con la función close.

Una  forma más adecuada de leer un fichero puede ser línea a línea con un bucle 'for', cada línea será almacenada en la variable 'line' en cada iteración.

Existen varias formas alternativas de leer los ficheros, entre ellas los métodos 'read' y 'readline', ambos aceptan especificar el número de caracteres que serán leídos. En próximas lecturas, Python continuará en la posición que terminó la anterior.

Ejercicio. Contar el número de genes codificantes que tiene el genoma de Escherichia coli

Para ello, primero descargaremos el fichero del proteoma de E. coli del siguiente enlace. Después, copiaremos el fichero descargado a nuestro directorio de trabajo. Y por último escribiremos un código en Python que cuente el número de veces que aparece el símbolo '>' al comienzo de una línea, dicho símbolo indica el comienzo de una proteína.

Si hemos hecho todo bien, el número de genes debería ser '4140', o similar (las nuevas versiones del genoma pueden variar ligeramente dicho número). Podemos confirmarlo en la web de KEGG.

Próxima lección

 En la próxima lección se hará una introducción a las expresiones regulares.

Curso de Python para biólogos - Lección 6. Bucles 'for'

En la lección de hoy presentaremos los bucles 'for', muy similares a los 'while' explicados en la lección 4, pero con un código más sencillo.

Bucles 'for':

Un bucle 'for', al igual que 'while', repite la ejecución de un bloque de código un número determinado de veces. Si invocamos el bucle 'for' con un nombre de variable más 'in' y una lista, el número de repeticiones vendrá determinado por el número de elementos de la lista, que serán pasados de uno en uno a la variable durante cada iteración. Veamos algunos ejemplos:

Con la función 'range' podemos especificar un listado de números que serán pasados a la variable especificada en el bucle. El primer parámetro de la función será el número inicial en el bucle, el segundo parámetro indicará el último número y el tercer parámetro proporcina el incremento a aplicar en cada iteración, por defecto el incremento es 1.

Como ya se ha comentado 'for' es una simplificación de 'while' cuando se trabaja con listas o números. El mismo código con 'while' es posible, pero será más largo y complejo.

Veamos como podemos usar 2 bucles 'for' anidados para recorrer los elementos de una matriz:

Sentencias de control de bucles: 'break', 'continue' y 'pass'

A veces nos interesará salir de un bucle (ya sea 'while' o 'for') antes de terminar todas las iteraciones, la forma de conseguirlo es mediante las sentencias de control 'break' y 'continue'. 'Break' terminará totalmente el bucle y continuará la ejecución del código del resto de programa. 'Continue' terminará la ejecución de una iteración y pasará directamente a la siguiente iteración del bucle, sin salir del bucle. 'Pass' no hace nada, es simplemente una sentencia que puede ser usada cuando no se requiere ejecutar ninguna acción pero es requerido escribir algo.

Bucles 'for' y diccionarios:

Los bucles 'for' también pueden ser útiles para procesar una a una las claves de un diccionario, sus valores o ambas cosas a la vez.

Ejercicios: 

Volvamos a los ejercicios propuestos en la lección anterior y resueltos con bucles 'while', veamos cómo pueden resolverse de una forma más sencilla mediante bucles 'for'.

Próxima lección

En la próxima lección se explicará como leer y escribir archivos con Python.

curso de verano "Estructura y Función de Proteínas"

Cuándo y dónde: Del 6 al 10 de Julio en el Palacio de Congresos de Jaca, Huesca.

Información completa: https://cursosextraordinarios.unizar.es/curso/2015/estructura-y-funcion-de-proteinas-v-edicion


El curso está dirigido a:

• Estudiantes de los últimos cursos de los grados en Química, Biología, Física, Farmacia, Medicina, Bioquímica, Biotecnología y Veterinaria.

• Estudiantes de másteres de Bioquímica, Biología Molecular y Celular, Biotecnología y Tecnología de Alimentos.

• Estudiantes de doctorado.

Profesionales en activo en cualquiera de las áreas de conocimiento y especialidades arriba indicadas, o de aquellas afines con interés por la Biofísica.

El curso tiene como objetivo mostrar y evaluar diferentes metodologías de uso habitual en los laboratorios de bioquímica y biofísica de proteínas con objeto de mejorar el conocimiento sobre la relación estructura y función en estas macromoléculas, sin olvidar sus posibles aplicaciones para mejorar nuestra sociedad. Como ponentes participan en el curso Profesores e Investigadores especialistas en cada una de las áreas de conocimiento.

Como novedad, respecto a ediciones anteriores, se propone el último día un taller de “Cómo escribir un artículo científico” y “de los entresijos, a nivel editorial, detrás de algunas revistas del grupo Elsevier” (uno de los gigantes en la actualidad en la publicación de textos científicos). Este taller es de interés para cualquier profesional en investigación y docencia.

Organizado por: Milagros Medina y José Luis Neira

Curso de Python para biólogos - Lección 5. Funciones y ejercicios prácticos

Hoy descansaremos un poco y sólo explicaremos un nuevo concepto teórico, pero muy importante, las funciones en Python. Tras ello se propondrán varios ejercicios para aplicar los conocimientos adquiridos en las lecciones previas (1, 2, 3 y 4).

Funciones en Python

Una función es un bloque de código que toma ciertos datos o variables como argumentos y devuelve otros datos o variables como resultado. Aunque no nos hayamos dado cuenta, ya hemos usado funciones anteriormente: print(), input(), int(), str(), len(), type(), min(), max()...dichas funciones vienen por defecto con Python y alguien las ha escrito previamente para que nosotros las podamos usar. La importancia fundamental de las funciones es que nos permiten escribir un código una sola vez y utilizarlo todas las veces que sea necesario sin volver a escribirlo, lo cual nos ahorra tiempo y simplifica los programas.

Las funciones se especifican con 'def' seguido del nombre de la función y entre paréntesis tantas variables como argumentos utiliza, estas variables guardarán los argumentos que demos al llamar a la función. No hay que olvidar los dos puntos al final de esta primera línea y escribir el bloque de código de la función tabulado (4 espacios). Al final de la función el resultado de la misma se devuelve con el comando 'return'. Para ejecutar o llamar una función simplemente hay que escribir su nombre y entre paréntesis sus argumentos. El resultado/s de las funciones los podemos guardar en variables o usarlos directamente.

Veamos en el primer ejemplo cómo escribir una función que realiza la suma de dos números y la devuelve como resultado. En el segundo ejemplo, la función recibe un nombre y devuelve una frase dando la bienvenida.

Ejercicio 1: Calcular el factorial de un número

El factorial de un número se define como el producto de todos los números enteros positivos desde 1. El ejercicio propuesto consiste en escribir una función que lo calcule usando un bucle 'while' que vaya restando (o sumando) número a número y guardando el resultado de la multiplicación por el anterior. No vale mirar en Google y usar funciones ya escritas.

Ejercicio 2: Contar el número de nucleótidos en una secuencia de DNA

Ahora escribiremos una función que cuente el número de pares de bases de una secuencia de DNA tomada como argumento de la función. Creo que este problema será más sencillo que el anterior, el código de la función puede ocupar tan sólo una línea, pero sugiero utilizar el bucle 'while' para leer letra a letra y aprender más.

Ejercicio 3: Encontrar un codón de inicio de la traducción en una secuencia de DNA

El ejercicio consiste en encontrar el codón de inicio de la traducción, osea la palabra 'ATG', en una secuencia de DNA. La función puede ser muy sencilla utilizando expresiones regulares, pero como no las hemos estudiado todavía, propongo reutilizar el código del Ejercicio 2 que debería leer letra a letra la secuencia e ir extrayendo palabras de 3 letras en cada iteración del bucle. Comprobar si la palabra es 'ATG' con una sentencia condicional, si lo es retornar la posición como resultado de la función, y si no seguir hasta terminar de leer toda la secuencia.

Ejercicio 4: Calculando una secuencia consenso

El último ejercicio de hoy consiste en escribir una función que tome como argumentos 3 secuencias de DNA (preferiblemente de la misma longitud, para evitar problemas y errores, si no calcular el consenso hasta la longitud de la secuencia más corta) y devuelva una única secuencia que contenga en cada posición el nucleótido más frecuente o en su defecto la letra 'N'. Este ejercicio es el más complejo y requiere utilizar bucles 'while', sentencias condicionales...

Buena suerte y nos vemos en la próxima lección.

Curso de Python para biólogos - Lección 4. Entrada de datos y bucles while

En esta nueva lección aprenderemos a pedir datos al usuario desde nuestro programa y a realizar nuestros primeros bucles. Como veremos, un bucle consiste en repetir un bloque de código varias veces sin tener que volver a escribirlo.

 

Entrada de datos desde la línea de comandos

A veces necesitaremos introducir datos en nuestro programa de forma interactiva, lo que significa que preguntaremos o pediremos al usuario cierta información (por ej. linux siempre nos pregunta antes de instalar un nuevo programa y debemos responder 'yes' o 'no'). En Python se utiliza la función 'input', dicha función devuelve el texto introducido por el usuario antes de pulsar Enter. El texto tendrá formato de cadena (string), por lo que no podrá ser utilizado directamente en caso de ser un número, habrá que convertir la cadena en número.

 

Conversión entre diferentes formatos de datos

Muchas funciones y métodos de Python sólo aceptan un tipo de datos, por ejemplo 'print' requiere cadenas o las operaciones aritméticas requieren números. Los tipos de datos que conocemos son: números, cadenas, listas y diccionarios. Simplificando, en Python existen 2 clases de números, los enteros (int) y los decimales (float). Por ello es importante conocer cómo convertir una cadena (devuleta por la función 'input' por ejemplo) en un número antes de realizar operaciones aritméticas, o convertir un número en una cadena antes de imprimirlo.

Si intentamos elevar al cuadrado un número introducido mediante 'input' nos dará error, porque antes deberemos convertir la cadena devuelta por 'input' en un tipo de número (int o float).

Si el texto devuelto por 'input' contiene decimales, al intentar convertirlo en número entero nos devolverá un error. La solución es convertirlo a decimal primero. Pero cuidado, operar con números enteros es diferente que con números decimales, y los resultados pueden variar mucho.

Validación de datos con 'try' y 'except':

Como hemos visto en los ejemplos anteriores, muchas veces tenemos errores al intentar operar con los diferentes tipos de datos. Una forma de evitar problemas es detectar los errores con la sentencia 'try:' y evitar que se ejecute el código que origina el error para ejecutar un código alternativo especificado por 'except:'. Se podría traducir cómo: "en caso de error... hacer lo siguiente...".

 Notar cómo siempre hay diferentes maneras de hacer lo mismo...

Pero 'try' y 'except' no son milagrosos, no permiten por ejemplo corregir errores en la sintaxis de nuestro código, como puede ser olvidarnos un paréntesis o unas comillas.

Bucles 'while':

Por fin vamos a adentrarnos en el fascinante mundo de los bucles. Un bucle es un bloque de código que es ejecutado varias veces, pero sólo hay que escribirlo una vez :)

La particularidad de un bucle 'while' es que es ejecutado indefinidamente (bucle infinito) mientras la condición que le sigue es cierta (True). Como en el caso de las sentencias condicionales con 'if', el código a ejecutar mientras se cumpla la condición debe ser tabulado 4 espacios para ser reconocido por Python. Veamos unos ejemplos.

Empecemos a aplicar los conocimientos adquiridos y veamos cómo usar sentencias condicionales (if...elif...else...) dentro de un bucle, la tabulación será muy importante...

Ejercicio1. Programa para adivinar un número:

Para terminar la lección haremos dos ejercicios muy interesantes. El primero será escribir un código que genera un número aleatorio entre 1 y 100, y nos preguntará sucesivante por el número hasta que lo adivinemos. Las primeras líneas (from random import randint y number=randint(1,100)) son necesarias para generar el número aleatorio guardado en la variable 'number' pero serán explicadas en próximas lecciones.

Pero, qué pasa si nos equivocamos y no escribimos un número? El programa devolverá un error a no ser que nos preparemos para ello:

Ejercicio2. Cantar una canción

En el último ejercicio de hoy, crearemos un código que nos pida escribir una canción línea a línea y después la mostrará en pantalla 2 veces, imprimiendo línea por línea con un bucle 'while'.

  
Próxima lección: bucles 'for'