contrato FPI en la EEAD-CSIC para genómica y premejora de cebadas mediterráneas

 4-year PhD contract at EEAD-CSIC, Zaragoza within project GENOBAR

ACTUALIZACIÓN 27/10/2023

plazo: del 27oct al 10nov a las 23:59h (CET)

aplicación telemática: https://www.convocatorias.csic.es/convoca

Código de proyecto: PRE2023_EEAD_052

Preadmisión a un programas de doctorado, nuestros estudiantes suelen hacerlo en uno de estos dos:

1) http://dcamn.unizar.es/programa-de-doctorado-de-ciencias-agrarias-y-del-medio-natural-0 (Contacto: Gemma Sausán)

2) https://www.doctorat.udl.cat/en/programes/ciencia-y-tecnologia-agraria-i-alimentaria (Contacto: roxana.savin@udl.cat).

 

Recently funded project PID2022-142116OB-I00 “Genetics and pangenomics for Mediterranean barley adaptation to abiotic stress, pre-breeding and breeding” will continue our research on barley adaptation, delivering genomic resources and plant materials at different levels of the Mediterranean barley pre-breeding pipeline.

We offer a 4-year FPI PhD contract at EEAD-CSIC to help you develop your skill set in computational and plant biology and breeding. Your supervisors will be Bruno Contreras Moreira and Ana M Casas. The offer includes salary for the 4 years, university fees, funding for short research stays and national health insurance.

This contract is an excellent opportunity for students seeking to advance in the use of genomics approaches to study natural genetic diversity and gene function. The research involves experimentation with plants in the field and greenhouse, wet lab and bioinformatics. It will be carried out with barley, a species of high economic and social interest for our country, but the skills learned will be transferable to any species. Check out our GitHub and this blog for more info. Track record: 7 people completed PhDs with us in the last 10 years, 5 remain in academia and 2 work in the industry.

Candidates must have a Bachelor’s and a Master’s degree related to Biology or Agronomy and ideally some experience in writing code and data analysis.

The work plan has three goals:

• Construction of a Mediterranean barley pangenome. This will require genomic data analysis in the Linux command-line, R and Python programming and data analysis. This will be done in collaboration with Agostino Fricano (CREA, Italy). 
• Discovery of gene expression signatures of Mediterranean barleys. This will require preparation of RNA samples and analysis of sequenced transcriptomic data.  
•  Evaluation of phenotypic and transcriptomic responses to drought in selected barley genotypes. This experiment will be done in a new in-house high-throughput phenotyping facility (see pic).

DEADLINES

- July-August 2023: pre-screening of candidates and remote interviews

- Application process will be open in September 2023

- Job is expected to start at the end of 2023 or early 2024 (more details after summer break)

CONTACT: Email bcontreras AT eead.csic.es / acasas AT eead.csic.es with a PDF document including a) cover letter, including any references; b) resumé; c) BS and MS transcripts including average grades.

 

    

 

  

Gene HvCEN (green) in the context of the barley pangenome.

 

 

Ofertas de trabajo en bioinformática

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contrato: Anotación y diagnóstico molecular de polimorfismos en secuencias genómicas

Anotación y diagnóstico molecular de polimorfismos en secuencias genómicas

El Grupo de Biología Computacional y Estructural de la EEAD-CSIC oferta un CONTRATO de personal investigador PREDOCTORAL para la formación de doctores, renovable hasta 4 años, cofinanciado por el Gobierno de Aragón.

Plazo de solicitud finaliza el 10 de marzo de 2014.

El proyecto plantea el desarrollo de un entorno bioinformático eficiente, escalable y sencillo para el usuario final, para la anotación de secuencias genómicas obtenidas de cualquier especie y los polimorfismos observados. Por medio de algoritmos de inteligencia artificial este software deberá además aprender de las secuencias analizadas previamente para hacer predicciones de fenotipo, por ejemplo de mutaciones en un gen. Los resultados del proyecto serán directamente aplicables a los trabajos del laboratorio  en genómica de plantas y también a enfermedades humanas donde el diagnóstico molecular es una herramienta clave, como el cáncer de mama o la fibrosis quística. Para ello esta propuesta cuenta con la participación de la empresa local Blackhills Diagnostic Resources, que desarrolla este tipo de kits en Zaragoza, y que suministrará experiencia y secuencias para el adecuado desarrollo del proyecto en su vertiente clínica.

Los candidatos deben cumplir los requisitos de la convocatoria publicada en el BOA 17.02.2014 (http://tinyurl.com/nfulqbe) y estar empadronados en la Comunidad Autónoma de Aragón. Buscamos i) ingenieros o licenciados con Máster o ii) graduados con 300 créditos ECTS en Biología, Bioquímica, Biotecnología, Química, Veterinaria o Farmacia, Informática o Agronomía.

Para más información sobre el grupo consulta:
www.eead.csic.es/compbio , bioinfoperl.blogspot.com.es (este blog)

Contacto
Bruno Contreras      (bcontreras at eead.csic.es)                            
Inmaculada Yruela  (yruela at eead.csic.es)

Ubicación
Estación Experimental de Aula Dei-CSIC,
Av Montañana 1005, Zaragoza

contrato para tesis "Genome annotation, comparative genomics and phylogenomics of the Brachypodium model complex"

El Laboratorio de Biología Computacional (EEAD-CSIC), en colaboración con el grupo de la Dra. Pilar Catalán de la Escuela Politécnica Superior de Huesca (EPS, U.Zaragoza),  ofrece un contrato de 4 años para la realización de la tesis doctoral "Genome annotation, comparative genomics and phylogenomics of the Brachypodium model complex (Poaceae)", ligado al proyecto CGL2012-39953-C02-01. Buscamos preferentemente a personas con formación universitaria en ciencias biológicas, ambientales o agrarias. Valoraremos especialmente la experiencia en áreas como bioinformática, biología molecular y/o botánica.

Se plantea realizar el trabajo en la EPS, con sede en Huesca, con alguna estancia temporal en la EEAD en Zaragoza. Los directores del trabajo serán la propia Dra. Pilar Catalán (biología molecular, filogenómica y evolución de Brachypodium sp.) y el Dr. Bruno Contreras (EEAD-Zaragoza: bioinformática, ensamblaje y análisis genómicos).

 
Referencias relevantes de trabajo previo:
http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0051058
http://aob.oxfordjournals.org/content/early/2012/01/01/aob.mcr294.full
http://www.brachy2013.unimore.it/images/stories/file/Brachy2013_Abstract_book.pdf


Se ruega a las personas interesadas se pongan en contacto con los directores del trabajo (bcontreras@eead.csic.es, pcatalan@unizar.es) para enviar una carta de interés y una copia del CV. El plazo para la presentación de solicitudes comprende del 26 de  agosto de 2013 al 10 de septiembre de 2013.

El texto completo de la convocatoria se encuentra en:
http://www.boe.es/diario_boe/txt.php?id=BOE-A-2013-8984 
http://tinyurl.com/k2eymfu


Requisitos:
1. Podrán ser solicitantes todas aquellas personas que se encuentren en disposición de estar matriculado o admitido en un programa de doctorado, en el momento de la formalización del contrato. 
2. Con carácter general, los solicitantes deberán haber finalizado sus estudios, considerándose como fecha de finalización aquella en la que se acredite que se han superado todas las materias y requisitos académicos que dan acceso a un programa dedoctorado, en fecha igual o posterior al 1 de enero de 2010.
3. No podrán ser solicitantes quienes ya estén en posesión del título de Doctor, por cualquier universidad española o extranjera.

English abstract: 
The Laboratory of Computational and Structural Biology (EEAD-CSIC), in collaboration with the group of Dr.Pilar Catalán (EPS,U.Zaragoza),  is currently offering a 4-year PhD position entitled "Genome annotation, comparative genomics and phylogenomics of the Brachypodium model complex (Poaceae)". 
Note: check SCIMAGO (http://www.scimagoir.com/pdf/SIR%20Global%202013%20O.pdf)
for the impact of CSIC among global research institutions.

beca en el laboratorio de Biología Computacional

El laboratorio de Biología Computacional de la Estación Experimental de Aula Dei/CSIC (en Zaragoza, España) busca un candidato/a para desarrollar un proyecto de investigación en el marco de un programa de doctorado de la Universidad de Zaragoza.

El grupo tiene amplia experiencia en diferentes áreas de la Bioinformática y actualmente participa en diversos proyectos de genómica y secuenciación de plantas, incluyendo Arabidopsis thaliana, arroz y cebada, con un interés especial en el estudio funcional y evolutivo de las redes de regulación genética y en el descubrimiento de las raíces genéticas de la biodiversidad vegetal y agrícola en relación con la adaptación al medio ambiente. Para una lista completa de las publicaciones del grupo consultar http://www.eead.csic.es/compbio y http://www.eead.csic.es/index.php?id=99 .

Los candidatos interesados deben contactar con el Dr. Bruno Contreras Moreira (bcontreras@eead.csic.es)  antes del 15 de Septiembre de 2012 y elegir un tema de investigación de entre estos:

1) estudio de la especificidad y el desorden de factores de transcripción por medio de técnicas de dinámica molecular

2) genómica comparativa de cereales y la planta modelo Brachypodium distachyon (en colaboración con el grupo Bioflora de Pilar Catalán)

3)  estudio de las redes transcripcionales que controlan la pluripotencia y la diferenciación de células madre, usando una combinación de métodos bioquímicos y bioinformáticos (en colaboración con el grupo de Jon Schoorlemmer del  Instituto Aragonés de Ciencias de la Salud)

Las personas interesadas deberán cumplir los requisitos para solicitar una beca predoctoral del Gobierno de Aragón (2 años beca + 2 años contrato, ver convocatoria y requisitos en http://tinyurl.com/cocap6g). Se requiere un expediente académico superior a 6 y se valorará positivamente la experiencia previa en Bioinformática y/o haber terminado un Máster oficial. La convocatoria especifica una fecha límite de terminación de los estudios de licenciatura/grado/ingeniería posterior a Junio de 2011.