Hola,
nuestro laboratorio en la Estación Experimental de Aula Dei (EEAD-CSIC) tiene experiencia en el desarrollo de herramientas bioinformáticas para el estudio de las redes de regulación transcripcional [1,2] y ha contribuído recientemente al análisis de los genomas cloroplásticos [3]. Ahora ofertamos una beca de verano, de la
convocatoria JAE-IntroCP, con dos objetivos:
1) Sentar las bases para un análisis evolutivo de las huellas filogenéticas de
regulación transcripcional en el cloroplasto, teniendo en cuenta que hay ya
disponibles más de 200 genomas plastídicos en las bases de datos públicas. Este
estudio pretende identificar secuencias reguladoras en los promotores de genes
cloroplásticos ya sean codificados en el propio cloroplasto o en el genoma
nuclear, con el fin de ampliar nuestro conocimiento de la regulación de este
orgánulo esencial para la viabilidad de las plantas [4,5].
2) El aprendizaje por parte del estudiante de herramientas bioinformáticas para el análisis funcional de genomas. A lo largo de la estancia la persona seleccionada se familiarizará con el trabajo cotidiano de la investigación en Bioinformática en el campo de la genómica. Esperamos que los alumnos interesados en este proyecto tengan sólidos conocimientos en Biología Molecular y/o Bioquímica y se valorará especialmente experiencia previa o interés en programar y aplicar herramientas bioinformáticas.
Si estás interesado por favor contacta con:
Inmaculada Yruela Guerrero ( i.yruela at eead.csic.es )
Bruno Contreras Moreira ( bcontreras at eead.csic.es )
Actualización: Convocatoria publicada el 8 de Abril, el plazo acaba el 23 de Abril
Ejemplos de recursos y publicaciones relevantes para este proyecto son:
[1]
http://floresta.eead.csic.es/footprintdb
[2] Lozada-Chávez I, Espinosa Angarica V, Collado-Vides J. and Contreras-Moreira
B.(2008) The role of DNA-binding specificity in the evolution of bacterial regulatory networks. Journal of Molecular Biology, 379(3): 627-43.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2491489/
[3] Yruela,I. and Contreras-Moreira,B. (2012) Protein disorder in plants: a view from the chloroplast. BMC Plant Biology, 12:165
http://www.biomedcentral.com/1471-2229/12/165
[4] Liere K, Weihe A and Börner T. The transcription machineries of plant
mitochondria and chloroplasts: Composition, function, and regulation. Journal of Plant Physiology 168 (2011) 1345–1360.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21316793
[5] Wang Y, Ding J, Daniell H, Hu H and Li X. Motif analysis unveils the possible co-
regulation of chloroplast genes and nuclear genes encoding chloroplast proteins.Plant Mol Biol. 2012 Sep;80(2):177-87.
http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs11103-012-9938-6
