big book of R

Esta entrada transcribe literalmente un post de Rosana Ferrero:

"Si eres de los que guardan todos los posts sobre libros de R “para leerlos algún día” 📌, aquí va un recurso que seguramente se convertirá en tu favorito: "The Big Book of R", creado por Óscar Baruffa.

📚 Esta colección comenzó en 2020 con unos 100 libros y hoy ya reúne más de 400 títulos gratuitos y de código abierto sobre R. Un solo marcador que concentra todo ese conocimiento en un lugar.

🔗 [The Big Book of R](https://www.bigbookofr.com)

Quizás este sea el último post sobre libros de R que necesites guardar"

Bioinformática Estructural 2018 en la LCG-UNAM

Hola,
desde hoy martes 6 hasta el viernes 9 de febrero pasaremos las mañanas en la Licenciatura de Ciencias Genómicas de la UNAM aprendiendo a modelar las secuencias de ADN y de proteínas como moléculas que se pliegan y cumplen su función en 3D. Para ello usaremos algoritmos y software descritos en este material, actualizado en enero de 2018:

http://eead-csic-compbio.github.io/bioinformatica_estructural

Composición de dominios de Cas9 en complejo con crRNAs, tomada de https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29035385.

Se puede también descargar en PDF,
hasta luego,
Bruno

Actualización de Perl en bioinformática

Buenas,
solamente quería comentar que el ya vetusto curso de Perl en bioinformático ha cambiado un poco de cara y ha sido revisado para traerlo al 2017, con algunas referencias a Perl6 y nuevos one-liners, que es lo que usaremos de este material en el máster de biotecnología cuantitativa de la Universidad de Zaragoza a partir del curso que viene.

Lo podéis encontrar en: https://eead-csic-compbio.github.io/perl_bioinformatica

Portada de un libro de one-liners, tomada de http://www.catonmat.net/blog/perl-one-liners-explained-part-one

Buen finde,
Bruno

Actualización de Algoritmos3D

Hola,
sirva esta entrada para publicar la versión actualizada del material sobre "Algoritmos en Bioinformática estructural", que podéis encontrar en:

http://eead-csic-compbio.github.io/bioinformatica_estructural

Este material lo usamos anualmente en la licenciatura en ciencias genómicas de la UNAM en el campus de Cuernavaca, México.

Predicción de estructuras protéicas a partir de sus patrones de mutaciones correlacionadas en secuencias homólogas, tomada de http://science.sciencemag.org/content/355/6322/248.full. Ests tipo de protocolos se presentan en la sección http://eead-csic-compbio.github.io/bioinformatica_estructural/node35.html.

Un saludo,
Bruno

Alineamiento de secuencias de proteína y filogenias

Hola,
como anunciábamos hace unas semanas, esta semana participamos en un curso de verano de la Universidad de Zaragoza que empieza hoy en la ciudad de Jaca, al pie mismo del Pirineo. Por esta razón hemos preparado un material sobre Alineamiento de secuencias de proteína y filogenias que hoy colgamos en la Red para que podáis consultarlo si a alguien le interesa:

http://eead.csic.es/compbio/material/alineafilog

y que también podés descargar en formato PDF en:

http://digital.csic.es/handle/10261/117608


El índice del curso es el siguiente:

•  Análisis jerárquico de la estructura de proteínas
• Estructura primaria
• Estructura secundaria
• Estructura terciaria y cuaternaria
  • Demarcación de dominios en proteínas

• Comparación de secuencias de proteína y conservación de su estructura y función
  • Algoritmos de alineamiento y matrices de sustitución de aminoácidos
    • Alineamiento múltiple (normalmente global)
    • Alineamiento pareado (normalmente local)
  
  
• Modelos evolutivos de proteínas
  • Cómo evolucionan las secuencias de genes y proteínas
  • Cómo se infiere una filogenia a partir de secuencias de proteínas
  
  
• Ejercicios
  • Búsqueda de secuencias homólogas de una proteína problema
  • Alineamiento múltiple de la familia de proteínas
  • Determinación del modelo evolutivo mas verosímil
  • Reconstrucción de una filogenia molecular

Un saludo,
hasta pronto,
Bruno