23 de marzo de 2015

Curso de Python para biólogos - Lección 5. Funciones y ejercicios prácticos

Hoy descansaremos un poco y sólo explicaremos un nuevo concepto teórico, pero muy importante, las funciones en Python. Tras ello se propondrán varios ejercicios para aplicar los conocimientos adquiridos en las lecciones previas (1, 2, 3 y 4).

Funciones en Python

Una función es un bloque de código que toma ciertos datos o variables como argumentos y devuelve otros datos o variables como resultado. Aunque no nos hayamos dado cuenta, ya hemos usado funciones anteriormente: print(), input(), int(), str(), len(), type(), min(), max()...dichas funciones vienen por defecto con Python y alguien las ha escrito previamente para que nosotros las podamos usar. La importancia fundamental de las funciones es que nos permiten escribir un código una sola vez y utilizarlo todas las veces que sea necesario sin volver a escribirlo, lo cual nos ahorra tiempo y simplifica los programas.

Las funciones se especifican con 'def' seguido del nombre de la función y entre paréntesis tantas variables como argumentos utiliza, estas variables guardarán los argumentos que demos al llamar a la función. No hay que olvidar los dos puntos al final de esta primera línea y escribir el bloque de código de la función tabulado (4 espacios). Al final de la función el resultado de la misma se devuelve con el comando 'return'. Para ejecutar o llamar una función simplemente hay que escribir su nombre y entre paréntesis sus argumentos. El resultado/s de las funciones los podemos guardar en variables o usarlos directamente.

Veamos en el primer ejemplo cómo escribir una función que realiza la suma de dos números y la devuelve como resultado. En el segundo ejemplo, la función recibe un nombre y devuelve una frase dando la bienvenida.

Ejercicio 1: Calcular el factorial de un número

El factorial de un número se define como el producto de todos los números enteros positivos desde 1. El ejercicio propuesto consiste en escribir una función que lo calcule usando un bucle 'while' que vaya restando (o sumando) número a número y guardando el resultado de la multiplicación por el anterior. No vale mirar en Google y usar funciones ya escritas.

Ejercicio 2: Contar el número de nucleótidos en una secuencia de DNA

Ahora escribiremos una función que cuente el número de pares de bases de una secuencia de DNA tomada como argumento de la función. Creo que este problema será más sencillo que el anterior, el código de la función puede ocupar tan sólo una línea, pero sugiero utilizar el bucle 'while' para leer letra a letra y aprender más.

Ejercicio 3: Encontrar un codón de inicio de la traducción en una secuencia de DNA

El ejercicio consiste en encontrar el codón de inicio de la traducción, osea la palabra 'ATG', en una secuencia de DNA. La función puede ser muy sencilla utilizando expresiones regulares, pero como no las hemos estudiado todavía, propongo reutilizar el código del Ejercicio 2 que debería leer letra a letra la secuencia e ir extrayendo palabras de 3 letras en cada iteración del bucle. Comprobar si la palabra es 'ATG' con una sentencia condicional, si lo es retornar la posición como resultado de la función, y si no seguir hasta terminar de leer toda la secuencia.

Ejercicio 4: Calculando una secuencia consenso

El último ejercicio de hoy consiste en escribir una función que tome como argumentos 3 secuencias de DNA (preferiblemente de la misma longitud, para evitar problemas y errores, si no calcular el consenso hasta la longitud de la secuencia más corta) y devuelva una única secuencia que contenga en cada posición el nucleótido más frecuente o en su defecto la letra 'N'. Este ejercicio es el más complejo y requiere utilizar bucles 'while', sentencias condicionales...


Buena suerte y nos vemos en la próxima lección.

4 comentarios:

  1. Sólo daré la solución al primer ejercicio...

    def factorial(value):
            result = value
            while value > 1:
                    value = value - 1
                    result = result*(value)
                    #print(value,result)
            return result

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  2. Hola, soy nueva programando, me ayudaría con un programa para encontrar el numero de veces que se repite un codon?

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  3. Hola, soy nueva programando, me ayudaría con un programa para encontrar el numero de veces que se repite un codon?

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  4. puedes romper tu secuencia cada vez que encuentres el codón y después contar el número de secuencias. chunks = DNAseq.split(codon) print str(len(chunks) - 1)

    O puedes buscar simplemente usar la función count aunque solo cuenta "non-overlapping occurrences"

    Hay otros "string-methods" que podrías usar, como find por ejemplo.

    https://docs.python.org/2/library/stdtypes.html#string-methods

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