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28 de septiembre de 2017

contrato FPI: QTL, genes y caracteres para mejora de cebada


Oferta de contrato FPI para trabajar en la Estación Experimental de AulaDei, Zaragoza, Departamento de Genética y Producción vegetal.
Proyecto: Descubrimiento y aplicación de QTL, genes y caracteres para la mejora genética de la cebada. Investigadores responsables: Ernesto Igartua, Ana M. Casas.
El trabajo se centrará en la búsqueda de caracteres fisiológicos de la cebada asociados al rendimiento en condiciones de sequía. La cebada es el principal cultivo español por superficie, y se cultiva especialmente en zonas vulnerables a los estreses abióticos. El trabajo se realizará fundamentalmente sobre poblaciones de cebada bien caracterizada por marcadores moleculares, por lo que se planteará la búsqueda de loci relacionados con los fenotipos. Se emplearán técnicas de análisis de imagen en campo, usando índices espectrales y térmicos relacionados con el comportamiento de la cebada frente a la sequía, en ensayos con y sin riego, y también de fenotipado de raíces, mediante una estancia en un grupo colaborador en Italia. Si se encontrara algún carácter de relevancia especial, se explorarán las posibilidades de continuar la experimentación hacia la identificación de los genes responsables.
La convocatoria está disponible en
Se busca una persona con un buen nivel de inglés y se valorará la experiencia previa (a nivel de máster o de prácticas) en genética, fisiología vegetal o agronomía. Dirección de contacto: mailto:igartua@eead.csic.es

25 de septiembre de 2017

PhD in Brachypodium perennial species

We seek candidates for a PhD FPI contract associated to our project “Evolution of biological traits and speciation processes in the model genus Brachypodium (Poaceae) through comparative and functional genomic” (CGL2016-79790-P). The PhD thesis will investigate the origins and evolutionary changes of perenniality/annuality switches and the pangenomic diversity and phylogeography of model grass species of Brachypodium.

The work (2018-2021) will be carried out at the High Polytechnic School of Huesca (University of Zaragoza, Spain) with research stays at CSIC (with Bruno Contreras-Moreira @ EEAD and Pilar Hernández @ IAS) and international institutes and participation in CSP Joint Genome Institute projects. The PhD thesis will include field and greenhouse work, genomic and transcriptomic data generation and processing, and development of computational pipelines for genomics and phylogenomic analyses of perennial and annual species of Brachypodium.

The research team has a large experience in evolutionary genomics (www.bifi.es/bioflora), computational biology (www.eead.csic.es/compbio) and translational genomics (https://goo.gl/RSnfw3) studies of grasses.

Applicants should comply with the requirements to apply for a Spanish PhD contract (open to European Community and other countries citizens, see information at https://goo.gl/5Bp6YW). Experience in plant evolutionary biology, genomics and bioinformatics will be highly valued.

Interested applicants please contact Prof. Pilar Catalan (pcatalan@unizar.es) and send Curriculum Vitae and a brief motivation letter before October 3 2017.

 

7 de septiembre de 2017

acogemos un estudiante o postdoc del programa EMHE

Hola,
nuestro laboratorio tiene interés en acoger a un estudiante de doctorado o posdoc de Argentina, Costa Rica, Perú y Uruguay del programa EMHE “Enhancing Mobility between Latin-American and Caribean countries and Europe”. Las instrucciones para participar en la convocatoria están en http://www.csic.es/programa-emhe

Nuestra propuesta, que podréis encontrar en en las páginas web de las agencias financiadoras latinoamericanas MINCYT (ar), MICITT (cr), CONCYTEC (pe) y ANII (uy), gira en torno a la idea de que el pangenoma de una especie, la unión de todos los genomas de sus individuos, contiene variabilidad genética (codificante y no codificante) útil para estudiar el fenotipo, tanto en microorganismos como plantas. Sin embargo, construir y manejar pangenomas supone un reto. Este proyecto contribuirá a facilitar este tipo de análisis, en base a nuestra experiencia previa con https://github.com/eead-csic-compbio/get_homologues .

El candidato o candidata deberá tener conocimientos de Biología Molecular, Genómica y Biología Computacional, incluyendo experiencia real en el uso de lenguajes de programación en entornos Linux, como por ejemplo Perl, Python, R, Java o C++. Este blog es una buena muestra del trabajo en el grupo. Por favor contacta con bcontreras@eead.csic.es (https://digital.csic.es/cris/rp/rp02661).

Un saludo,
Bruno

9 de septiembre de 2014

contrato en mejora y genómica de cebada

El Departamento de Genética y Producción Vegetal de la Estación Experimental de Aula Dei – CSIC ofrece un contrato de 4 años para la realización de una tesis doctoral ligada al proyecto AGL2013-48756-R “Descubrimiento y utilización de la variabilidad genética que determina la adaptación de la cebada mediante herramientas genéticas y genómicas”.


El trabajo persigue el descubrimiento de caracteres y genes que ayuden a la obtención de variedades de cebada mejoradas para condiciones de sequía. Consiste en una combinación de los más modernos enfoques genéticos (diversidad intraespecífica, mapeo de QTL en poblaciones de cebada), genómicos (marcadores por métodos de secuenciación) y bioinformáticos (integración de datos de captura de exoma y otras fuentes de secuencia). El resultado de este trabajo permitirá identificar regiones cromosómicas y, potencialmente, genes de variedades tradicionales de cebada que contribuirán directamente a la mejora de variedades (el grupo también participa en un programa de mejora de variedades). Además, estos estudios permitirán  profundizar en la naturaleza de los procesos de adaptación de las plantas al clima, contribuyendo en general a la mejora de variedades para condiciones de cambio climático.

Distribución de haplotipos de HvFT1 en líneas de la Colección Nuclear de Cebadas Españolas colectas en la Península Ibérica. Tomada de http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs00122-011-1531-x. 


Los candidatos deben tener vocación por la investigación, un buen expediente académico, excelente nivel de inglés, y deben estar admitidos en un programa de doctorado al finalizar el plazo de subsanación de la convocatoria. Se valorará tener cursado un master oficial relacionado con el tema de trabajo y/o experiencia en bioinformática.

Las solicitudes deberán ser presentadas por los candidatos del 10 de septiembre de al 26 de septiembre de 2014 a las 15:00 horas (hora peninsular española). Se ruega a las personas interesadas se pongan en contacto cuanto antes con los investigadores responsables (acasas at eead.csic.es, igartua at eead.csic.es, pgracia at eead.csic.es, bcontreras at eead.csic.es) para enviar una carta de interés y una copia del CV.

Referencias relevantes:
http://www.eead.csic.es/EEAD/barley
http://floresta.eead.csic.es/barleymap

13 de junio de 2010

Tutorial para escribir trabajos académicos y tesis doctorales

A continuación se describirán técnicas útiles y recomendadas para escribir trabajos académicos y tesis doctorales.

1. Aprender a usar un buen editor de textos 

Antes de empezar a escribir hay que elegir un buen editor de textos. Normalmente la universidad posee licencia para usar Microsoft© Word, si no, en internet podemos descargar OpenOffice Writer que es gratuito y muy similar.

El siguiente paso es aprender a usarlo y aprovechar todas las funcionalidades que ofrece, para ello es muy recomendable perder tiempo en leer un buen tutorial puesto que más tarde ganaremos con creces ese tiempo.


2. Organizar la estructura del documento

Para establecer las secciones que va a contener el documento es recomendable leer y revisar otros documentos similares y adoptar su estructura o adaptarla a nuestras necesidades.
En el caso de un trabajo académico una estructura posible sería la siguiente:
  1. Índice
  2. Introducción y antecedentes
  3. Objetivos
  4. Materiales, métodos y resultados
  5. Conclusiones
  6. Bibliografía
  7. Anexos
Se pueden consultar ejemplos de trabajos académicos en diversos sitios de internet: Rincón del Vago, Monografías ...
 
Para una tesis doctoral la estructura puede ser un poco más compleja:
  1. Abreviaturas
  2. Índice
  3. Antecedentes y objetivos
  4. Introducción
  5. Materiales
  6. Métodos
  7. Resultados
  8. Discusión
  9. Conclusiones
  10. Bibliografía
  11. Anexos
Existen páginas web que recogen tesis doctorales de diferentes universidades, por ejemplo: Tesis Doctorales en Red, Teseo, Biblioteca Virtual Miguel de Cervantes ...


3. Introducir el diseño del documento en el editor de textos

Una vez tengamos claro el diseño de nuestro documento y sus secciones, introduciremos todos estos datos en el editor de textos elegido.
  • Definiremos el tamaño, orientación y márgenes del documento, incluyendo los márgenes necesarios para encuadernarlo posteriormente.
  • Daremos formato al encabezado y pie de página, incluyendo el título de las secciones del documento y los números de página.
  • Fijaremos los estilos-formatos de los párrafos, los títulos de sección, las subsecciones, tablas, figuras y otros elementos del documento, así luego todo el documento tendrá una presentación uniforme. Esto supone definir el tipo de letra, tamaño, alineación, tabulaciones, interlineado... para cada uno de los elementos nombrados.
  • Definir el estilo y numeración de títulos de tablas y figuras que se van a insertar en el documento. Se puede especificar qué tipo de título se utilizará automáticamente al insertar una imagen o una tabla y que éstos se autonumeren para no tener que modificar su numeración si se inserta una nueva imagen o tabla entre dos ya existentes.
  • Es recomendable escribir los títulos de las secciones e insertar algún contenido (texto, tablas e imágenes) y aplicarles el formato adecuado para ir viendo como quedará el documento.
  • Una vez insertados los títulos de las secciones y de algunas subsecciones de prueba se puede crear el Índice en la sección correspondiente del documente y fijar el estilo del mismo. Este índice se podrá actualizar automáticamente cada vez que se realicen modificaciones del documento.

4. Elegir y usar un gestor de bibliografía

El gestor de bibliografía es un programa de ordenador que nos ayudará a buscar, introducir, ordenar y guardar nuestras referencias bibliográficas. Además los gestores modernos incorporan la capacidad de insertar y dar formato automáticamente a la bibliografía para introducirla en nuestros documentos.
Actualmente existen varios gestores de pago: EndNote, ProCite, Reference Manager ...
Aunque también existen alternativas gratuitas: Scholar's Aid, Bibus ...
También existe Zotero que es una extensión del navegador Firefox para administrar bibliografía desde el mismo o CiteULike que es un gestor online de bibliografía, ambos son gratuitos.
Con estos programas podremos introducir de una manera rápida y sencillas las citas bibliográficas deseadas en nuestro documento de Microsoft© Word u OpenOffice Word, para más información de cómo hacerlo consultar sus manuales de uso.
 

5. Comenzar a escribir

Una vez tenemos todo preparado para comenzar a escribir. Es recomendable comenzar a escribir las secciones de las que más información tengamos recopilada y ordenada, cómo pueden ser 'Antecedentes y objetivos', 'Métodos' y 'Resultados', a su vez las secciones de 'Materiales', 'Bibliografía', 'Abreviaturas' y 'Anexos' se pueden ir completando según aparezcan sus contenidos al escribir los 'Antecedentes y objetivos', 'Métodos' y 'Resultados'.
Una vez completados los apartados anteriores y con todas las ideas expuestas y organizadas se escribirán los apartados de 'Discusión de los resultados' y 'Conclusiones'.
Es recomendable dejar para el final la 'Introducción', puesto que esta sección es de longitud muy variable y así la podemos adaptar al tiempo que nos quede tras completar el resto.
Durante el proceso es recomendable ir actualizando automáticamente el Índice para poder ver en pocas líneas el progreso de la escritura.
Por último queda dar el formato deseado a la Bibliografía, lo cual lo realiza automáticamente el programa gestor de la misma.
 

6. Diseñar una portada

La portada de nuestro trabajo será la que dé una primera impresión del mismo, por ello ha de ser acorde o incluso mejor que los contenidos.
Es aconsejable no usar únicamente texto para la misma, introducir imágenes que describan el contenido del trabajo en una buena composición gráfica ayudará a dar buena presencia a los contenidos. Para realizar las composiciones gráficas se pueden usar editores de imágenes como Photoshop, Paint Shop Pro o Gimp (éste último es gratuito) o incluso con Microsoft© Powerpoint.
Se deberán incluir en la portada: el título del trabajo, la institución a la que se pertenece (universidad, facultad, laboratorio), el nombre y apellidos del autor y del director o tutor del trabajo, la fecha y el motivo del trabajo. Los logos de la institución también se pueden incluir.
 

7. Otros 

En las tesis doctorales o trabajos que han significado gran exfuerzo y trabajo durante un largo período de tiempo se suelen incluir agradecimientos personales o un 'Prólogo' antes del contenido científico del trabajo.
También se incluye una página firmada por los directores del trabajo certificando la autenticidad y valía del mismo y se enuncian las becas o proyectos que han financiado el mismo.
 

8. Comprobación final

Tras concluir el documento, es aconsejable, si no necesario, releer varias veces el mismo entre varias personas para buscar erratas, errores ortográficos y gramaticales, u otros fallos que se pudieran haber cometido (sobretodo si se ha copiado texto de otras fuentes).
Revisar que los cambios de página no alteran las diversas secciones del documento, es aconsejable que las secciones comienzen en páginas impares para que aparezcan en hoja nueva a la derecha. Comprobar que los gráficos y tablas están correctamente posicionados y que todo tiene los formatos y estilos deseados.
Si el documento ha de ser revisado por terceras personas, esta comprobación final se puede dejar para después de las correciones.
 

9. Imprimir 

Una vez comprobado que está todo en orden llega la tan ansiada hora de imprimir el documento. Es aconsejable imprimirlo a doble cara (por motivos ecológicos) y en una impresora láser (una resolución de 300x300 puede ser más que adecuada) si el documento es en blanco y negro. Si el documento consta de páginas a color, estas pueden ser extraídas e impresas a parte en una impresora láser especial o en una de inyección de tinta. Tener en cuenta el establecer los márgenes apropiados para poder encuadernar porteriormente el documento.