Hola, el 13 de febrero la USJ organizó otro año más la Jornada de Bioinformática en Aragón, esta vez al mando de Paula Esquivias. Esta vez fuimos varias personas del grupo, entre ellos Rubén Sancho, que dió la charla plenaria con la que cerró el evento. Aquí van mis notas.
En sus estudios de múltiples taxones de plantas, el grupo de Aureliano Bombarely ha encontrado que https://github.com/xjtu-omics/ANNEVO es un anotador genómico de novo, de esos que mapea secuencias de proteína conocidas sobre genomas sin anotar, que generaliza bien con proteínas de hasta 80M años de distancia dentro de Brassicáceas, pero en cambio falla en helechos. Un anotador basado en evidencias como BRAKER3 va mejor en este caso.
Continuando trabajos como https://doi.org/10.1093/molbev/msaf148, están usando FANTASIA en plantas, subiendo el % de proteínas con algún término GO asignado del 80% al 99% en Arabidopsis thaliana. Explica ejemplos de alucinación porque la versión actual de FANTASIA siempre te asigna algún GO.
Menciona al final un estudio del efecto de los transposones en la domesticación del arroz (https://doi.org/10.1016/j.xplc.2021.100270) que usa https://github.com/yanhaidong1/TEmarker.
En la mesa redonda de mujeres en bioinformática, Fátima Al-Shahrour, Rebeca Sanz-Pamplona, mi compañera Inmaculada Yruela y Ana Conesa nos entretuvieron contando detalles de sus trayectorias personales en la ciencia y lo que habían disfrutado haciendo formación y divulgación de sus trabajos por todos los rincones del mundo. Terminaron recordando a los más jóvenes la necesidad de poner la pregunta científica antes que los métodos.
Antes del café conocimos algunas empresas e instituciones locales como biamics.es (sede en Zaragoza), ita.es (da soporte a empresas, 4 ramas, la más cercana es tech digital con 80 personas) u origen.bio/origen-genetics (genomas personales para personalizar salud y nutrición).
En la mesa one health, Luis Mata, Enrique Navarro, Sarah Delacour y Laura Espina hablaron de los problemas a los que se enfrentan empresas y administraciones a la hora de compartir y gestionar datos de investigación en un marco de confianza. Las empresas tienen derecho a los datos públicos, pero son reacias a hacer públicos según qué datos porque les pueden causar daños de imagen pública, deben anoninimizarse.
La jornada terminó con la charla magistral de Rubén Sancho, actualmente postdoc en nuestro departamento, titulada "Herramientas bioinformáticas aplicadas a estudios evolutivos y mejora genética en plantas", donde resumió más de 10 años de trabajo descifrando las relaciones evolutivas entre especies del genéro Brachypodium (modelo para cereales) y sus firmas transcripcionales en estrés hídrico, mostrando al final trabajos más recientes en cebada. Entre las herramientas que desarrolló explicó con cierto detalle chloroplast_assembly_protocol (ya superado por otras herramientas), phyloSD y AlloSHP. La siguiente figura, tomada de la charla de Rubén, muestra las tripas de AlloSHP (10.1186/s13007-025-01458-6) y cómo partiendo de mapeos de lecturas en genomas de diploides podemos llegar a SHPs, Single Homeologous Polymorphisms, que permiten estudiar la evolución de subgenomas en especies poliploides:
