21 de julio de 2016

Las proteínas dúctiles

Hola,
ayer me regaló mi colega Inma Yruela una copia de su reciente libro "Las proteínas dúctiles". Es éste un libro de divulgación científica donde se explica de manera amena cómo las proteínas desordenadas, que Inma y yo estudiamos en las plantas (ver artículos 1 y 2), se salen del paradigma dominante "secuencia -> estructura 3D -> función", dado que desempeñan funciones importantes en los seres vivos, al parecer más en los eucariotas, sin tener una estructura definida en al menos una parte significativa de su secuencia.

Enlaces en CSIC y Amazon.

Desorden intrínseco de los extremos N y C terminal (en rojo) de la proteína supresora tumoral p53. Figura tomada de doi: 10.1146/annurev-biochem-072711-164947.




Si bien en la literatura está ya aceptado el término de desorden intrínseco (IDP en inglés) para definir a partes de estas proteínas, Inma propone reemplazarlo por proteínas dúctiles, que muestra de manera explícita que son regiones altamente moldeables en vez de destacar que carecen de órden. Os invito a que lo leáis porque es entretenido, por su exposición sencilla de las metodologías bioquímicas, biofísicas y bioinformáticas que se usan para estudiarlas, y por la descripción de los procesos biológicos en los que participan, por ejemplo su relación con el splicing. Lo más fascinante de estas proteínas es que seguramente nos falta mucho por saber de ellas,
un saludo,
Bruno

15 de julio de 2016

Cómo elegir software para simular reads

Hola,
si trabajas con cierta frecuencia con datos de ultrasecuenciación, es decir, con ficheros en formato FASTQ, a menudo te habrás encontrado con la situación de que te gustaría tener más datos para validar un programa publicado, o para diseñar tu propia tubería de análisis. Pues bien, una posibilidad real desde hace varios años es simular tus propios reads o lecturas a partir de secuencias genómicas del organismo en cuestión y parámetros como la tasa de error o la plataforma de secuenciación empleada. Como ocurre frecuentemente en Biología Computacional, hay una gran variedad de software publicado para esta tarea y elegir no es trivial. El diagrama a continuación es un árbol de decisión que os guiará para esta tarea:

Figura prestada de Escalona, Rocha & Posada (2016) doi:10.1038/nrg.2016.57 http://www.nature.com/nrg/journal/v17/n8/abs/nrg.2016.57.html

Buen finde,
Bruno