Redes de la bioinformática en España, versión 2024

Hola, antes de que termine 2024 quería recordar las redes que tenemos en España para comunicarnos y colaborar con colegas de profesión y jóvenes investigadores en diferentes momentos de su carrera. Espero esta información sea útil, feliz año!

• El Instituto Nacional de Bioinformática (INB), que ha organizado desde el principio las Jornadas de Bioinformática que han ido pasando por varios puntos de la geografía. Las de 2025 serán en octubre en Madrid y será ibérica, organizada con colegas de Portugal. Actualmente agrupa a diferentes grupos de investigación que producen software que forma parte del catálogo que ofrece el nodo ES de ELIXIR y su sede está en el Centro Nacional de Supercomputación (BCS). Escribí sobre el evento All Hands de ELIXIR aquí.
  
• La Sociedad Española de Bioinformática y Biología Computacional (SEBiBC), constituida en 2020 con la misión de integrar profesionales, sociedades y asociaciones científicas relacionadas con la Bioinformática y la Biología Computacional, con el objeto de representar a este colectivo, promover sus logros y determinar y defender sus intereses. Organizó su primer congreso nacional en octubre de 2024 en Valencia, como contamos aquí, y alternará cada dos años con el INB.
  
• La conexión BCB del CSIC, una red "para el establecimiento de conexiones estables entre investigadores de distintas disciplinas en torno a temáticas de frontera", en este caso la bioinformática. Agrupa a numerosos grupos del CSIC, organiza actividades de formación y tiene convocatorias para financiar estancias de jóvenes investigadores en centros distintos al suyo y para que se inicien en esta disciplina. Organiza un congreso de 3 días en marzo de 2025 en Madrid.
  
• El Regional Student Group en España del International Society of Computational Biology Student Council, que publica con regularidad en https://x.com/RSGSpain y en otras redes sociales (ver aquí).
  
• Es posible que en tu comunidad autónoma haya alguna sociedad de bioinformática que organice eventos. Por ejemplo, en Andalucía llevan unos cuantos años organizando las Jornadas Andaluzas de Bioinformática (JABI), de las que he hablado aquí.
  

Fuente: https://elixir-europe.org/communities

AllHands 2024 en Uppsala (II)

Elaine Harrison empieza explicando el programa científico de ELIXIR, articulado alrededor de tres temas de la nueva capa/tier científica:

1.  Patrick Aloy (ES) introduce el tema "Biología celular y molecular" e insiste en ir más allá de los datos  para poder reconstruir el "full analytic journey" de cada estudio.

2.  Robert Waterhouse (CH) introduce el tema que nos toca más cerca "Biodiversity, food security, & pathogens (BFSP)"

3.  Serena Scollen (Hub) presenta "Human data and translational research" y el ciclo completo de los datos genómicos humanos

Taller "Single-cell galaxy user journey" with Wendi Bacon.
https://galaxyproject.org/community/sig/singlecell
https://www.biostars.org/p/471274

No data standard yet, closest is https://anndata.readthedocs.io (really an HDF5 derivative python friendly, R users still use dataframes).

https://usegalaxy.eu workflows can be created graphically, or by stacking up and exporting the operations you carried out on your data.

Workflows are ultimately text files; easy to convert workflows galaxy -> snakemake / nextflow by exporting to bash, difficult the other way around. Can be stored at https://workflowhub.eu

https://github.com/galaxyproject/idc -> genomic references for Galaxy

https://biostar.galaxyproject.org/p/11944/index.html

 
"Defer dataset" allows using public URL as input, data only downloaded when executing in particular galaxy node, only results stored in main; saves disk quota.

Taller "Interop_Mini-Symposium_All_Hands_2024"
RDA = Research Data Alliance
ebi.ac.uk/metabolights , still lack accepted standards for data deposition.
Wei Kheng Teh talks about metadata heterogeneity of single-cell omics data
https://isa-tools.org/ -> https://simplifier.net/guide/isa-to-fhir?version=current

https://www.researchobject.org/ro-crate/  -> lightweight approach to packaging research data with their metadata, see https://doi.org/10.5281/zenodo.5146227,  can be stored in Zenodo or GitHub, Workflow -> to get work done / Dataflow -> to publish and share data.

ELIXIR-CZ are working on writing material / templates for DMPs, there's a gap there, on bridging high level interoperability aims and actual detailed protocols.

Interoperability barriers: traditional rules, increasing data complexity, we still need a minimal standard for acrossfields data integration, heterogeneity of data quality.


Taller "Paving the way towards the effective use of generative AI for ELIXIR - Agenda"
Michael Hu, PI and Director of Bioinformatics at West Virginia University habla de "Bioinformatics with ChatGPT"
https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1011511
https://arxiv.org/abs/2403.15274
Renat Shigapov, Data Scientist at University of Mannheim talks about "Reviewing (meta)data and evaluate their FAIRness using ChatGPT+", pero su charla requiere una licencia de chatGTP Plus. La idea central es que pare que un conjunto de datos sea FAIR entonces deben poder encontrarlo tanto otras personas como software y que GPT puede ayudar en esa tarea, siempre y cuando se incluyan conexiones a fuentes externas para comprobar las URLs que devuelve y evitar alucionaciones. Sugiere que ELIXIR debería usar herramientas como https://github.com/UB-Mannheim/FAIR-GPT

 

Poster disponible en https://doi.org/10.7490/f1000research.1119714.1, foto de Ana Conesa https://x.com/anaconesa/status/1800828390607610058

PD 12062024 day III

ELIXIR technical tier, 5 Plataforms
Ejemplos de proy EU que se convirtieron en servcios: RDMkit, workflowhub
M Jetten presenta RDM community
Elixir software registry: bio.tools > openebench > biocontainers > galaxy
https://github.com/research-software-ecosystem/content
TeSS training support system https://tess.elixir-europe.org
https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1007854
LS Login