Barleymap graph now produces FASTA

Following a recent post where we released Barleymap graph, today I show here a new feature that we realized was needed, namely the sequences of the regions matched in the graph. 

Input: we will illustrate this with the genomic sequence AY750993.1, which corresponds to the MADS-box transcription factor BM5A (VRN-H1) gene from barley cultivar Strider, which contains 7 introns that harbour transposons. Overal, the Strider sequence is 17,220bp long.

1. Paste the AY750993.1 sequence in FASTA format in https://barleymap.eead.csic.es/barleymap/graph

2. Lower the min. identity cutoff to 95%. Only by doing this we recover a match from HOR_21599.

3. Press  ; after a few seconds you will get a table results. The important part here is the 'other alignments' column:

chr5H@MorexV3:528147864-528156753(-)
chr5H@Hockett:529179413-529188302(-)
chr5H@Igri:536576211-536592410(-)
chr5H@Du_Li_Huang:531951537-531956948(-)
chr5H@Planet:536046041-536053321(-)
chr5H@HOR_9043:529479374-529486654(-)
chr5H@Barke:538056728-538062023(-)
chr5H@HOR_13821:532398401-532414507(-)
chr5H@HOR_21599:525404342-525419909(-)
chr5H@HOR_3365:526478073-526494180(-)
chr5H@HOR_8148:527939009-527947898(-)
chr5H@HOR_13942:533891783-533900845(-)
chr5H@GoldenPromise:528765071-528773960(-)
chr5H@B1K-04-12:541668530-541688540(-)
chr5H@HOR_10350:523238019-523245299(-)
chr5H@HOR_7552:531092836-531098247(-)
chr5H@OUN333:528472375-528482213(-)
chr5H@Chiba:530164325-530180432(-)
chr5H@Akashinriki:530911309-530916720(-)
chr5H@HOR_3081:531132876-531148982(-)
FASTA

4. Right-click on the FASTA link and save the FASTA file to your local file system.

5. You can now inspect the sequences that correspond to the ranges in 'other alignments' column:

perl -lne 'print substr($_,0,40)' Pan20_mmap_pro.bmap-AY750993.1-95.0-98.0p4v87ssv.fna

>chr5H@MorexV3:528147864-528156753(-)
TAACCCAGTCGCCAACATCAAAAGAAAGGGCCTGATGTTT
>chr5H@Hockett:529179413-529188302(-)
TAACCCAGTCGCCAACATCAAAAGAAAGGGCCTGATGTTT
>chr5H@Igri:536576211-536592410(-)
TATTGATGGGTGGAGGACTGGTCGGCGCACACGCGCGCAC

...

6. You can run a multiple sequence alignment and get something similar to this: 

Take care, Bruno 

 

 

 

 

Quiénes somos, de dónde venimos

Como la canción de Siniestro Total, que recorre algunas de las grandes preguntas sobre nuestro lugar en el universo, parece que la Bioinformática y la Biología están reubicándose en el contexto actual dominado por la IA. 

Empiezo por la columna de  Christos Ouzounis titulada Eclipse total de la bioinformática en https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1014287, que empieza recordando que la "Bioinformática una vez tuvo un estigma y tuvo que luchar por su legitimidad científica. Como un campo emergente, fue recibida con gran excitación pero también importantes sospechas por la mayoría de los biólogos". En este artículo el autor viene a decir que la bioinformática ya es una parte central de la Biología, tan central que igual ya no tiene sentido seguir usando la etiqueta Bioinformática. Añade, parafraseando a Dobzhansky, que nada en Biología tiene sentido ya excepto a la luz de la computación. No sé si exagera, pero por poner algo de mi cosecha le he preguntado a https://consensus.app y confirma en parte estas afirmaciones citando varios trabajos, entre ellos al propio Ouzounis, mencionando la vieja discusión de si es un servicio o una disciplina autónoma. 

 

Sigo con la reflexión de Ran Blekhman, autor nuevo para mi, titulada Para qué sirve la investigación en biología, en https://doi.org/10.1371/journal.pbio.3004075. La idea central del autor es dado lo tremendamente fácil que es ya hacer artículos con ayuda de la IA, contar artículos como medida de producción científica ya no tendrá valor alguno. Va más allá, dice que corremos el riesgo de volver al factor de impacto como valor refugio, dejando en papel mojado iniciativas como la San Francisco Declaration on Research Assessment o el manifiesto de Leiden. 

Tengo curiosidad por ver qué dice sobre estos temas Alfonso Valencia, ganador del Premio Nacional Bioinformática y Biología Computacional, en el congreso de la SEBiBC en unas semanas.

Un saludo, Bruno