sobre nuestra base de datos 3D-footprint, con el mismo título del artículo donde la publicamos en NAR "3D-footprint: a database for the structural analysis of protein-DNA complexes" (el PDF del material presentado está disponible aquí, el vídeo de la disección de interfaces proteína-DNA aquí).
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Tras la presentación me preguntaron si 3D-footprint tenía una interfaz de servicios web. La respuesta es afirmativa, en particular es una interfaz SOAP que se puede usar fácilmente desde Perl, como se muestra en el siguiente ejemplo:
#!/usr/bin/perl -w
# prog 10 Bruno Contreras-Moreira
# web services client for 3D-footprint
# ejemplo basado en http://floresta.eead.csic.es/3dfootprint/tutorial.html#ws
use strict;
use SOAP::Lite;
my $URI = 'http://floresta.eead.csic.es/footprint';
my $WSURL = 'http://floresta.eead.csic.es/3dpwm/scripts/server/ws.cgi';
my $soap = SOAP::Lite
-> uri($URI)
-> proxy($WSURL);
# 1) consulta de secuencia proteica (de un posible factor de transcripción)
my $secuencia =
"IYNLSRRFAQRGFSPREFRLTMTRGDIGNYLGLTVETISRLLGRFQKSGMLAVKGKYITIENNDALAQLAGHTRNVA";
my $result = $soap->protein_query($secuencia); # 1 param: 1(string) sequence
unless($result->fault){ print $result->result(); }
else{ print 'error: ' . join(', ',$result->faultcode,$result->faultstring); }
# los resultados muestran los posibles residuos de interfaz proteína-DNA
# en mayúsculas
# 2) consulta de motivo de DNA
my $motivo = 'tntga';
$result = $soap->motif_query($motivo,'local',1);
# 3 params: 1(string) motif in IUPAC|CONSENSUS|TRANSFAC format,
# 2(string) local|global,
# 3(float) evalue cutoff
unless($result->fault){ print $result->result(); }
else{ print 'error: ' . join(', ',$result->faultcode,$result->faultstring); }
# los resultados muestran complejos proteína-DNA cuyos motivos de DNA reconocidos
# se parecen a éste
