Recursos y presentaciones del NCBI en PAG2020

Hola,
para empezar el año la gente genómica a menudo se cita en una de las conferencias más importantes del año, PAG . Allí se juntan los consorcios que producen los genomas último modelo de animales y plantas, las empresas que fabrican los instrumentos y reactivos, y los grupos que desarrollan los algoritmos y herramientas que lo sostienen todo, como el EBI o el NCBI.

Precisamente de éstos últimos hablo hoy, para compartir con vosotros los recursos y presentaciones que este año hicieron en PAG, entre los que destacaría:

https://github.com/NCBI-Hackathons/TheHumanPangenome

• La tubería de anotación de genomas procariotas PGAP: https://github.com/ncbi/pgap 
• El estado actual de su trabajo con los grafos de genomas, la estructura de datos para representar pangenomas, a partir de la página 13 de https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/factsheets/PAG2020_Presentations/PAG2020_GraphGenome.pdf
• Toda la documentación para replicar el experimento a gran escala de los transcriptomas de 1000 plantas, descrito en https://docs.ropensci.org/onekp , tomando datos de la nube para todos los cálculos: https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/factsheets/PAG2020_Presentations/PAG2020_DataStreaming.pptx
• El póster de BLAST en 2020, que ya puede buscar secuencias en el Short Read Archive de manera eficiente: https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/factsheets/PAG2020_Presentations/PAG2020_BLAST_Poster.pdf

Que aproveche y hasta pronto,
Bruno

Bioinformática en la nube a partir de 10000 usuarios

La comunidad bioinformática tiene ya una cierta tradición en poner a disposición de los usuarios el software desarrollado a través de la red. Esto sirve para dar a conocer las últimas ideas y algoritmos que se van desarrollando en los laboratorios, de manera que se ponen a prueba en escenarios reales en manos de usuarios que no son sus creadores. Por supuesto, también sirve para ir ampliando el repertorio de herramientas que cualquiera con conexión a Internet puede usar, normalmente de forma gratuita.

Para el usuario final éstas son a menudo simplemente aplicaciones accesibles desde un navegador web, pero para sus creadores son programas más o menos complejos que viven en servidores web (como máquinas virtuales) que consumen luz y hay que administrar, que son a veces objeto de ataques informáticos, y que dependiendo del uso que tengan exigirán ampliaciones de hardware.

Qué coste real tienen estos servidores? El coste absoluto de mantener un servidor es difícil de promediar, porque dependerá de costes (luz, hardware, la carga de usuarios) y beneficios (evaluación peer to peer de los algoritmos, corrección de errores, retroalimentación de los usuarios, incluso citas bibliográficas) variables.
Otra cuestión  es si es mejor alojar estos servidores en nuestras propias máquinas o aprovecharnos de las arquitecturas de computación en la nube, que son escalables. Para ayudarnos a tomar esta decisión un reciente artículo en Bioinformatics del grupo de Cedric Notredame, donde prueban la versión paralelizada de su famoso alineador múltiple Tcoffee (basado en el principio de consistencia), sugiere que con los costes actuales sólo compensa alojar este tipo de servicios web en arquitecturas en nube a partir de 10000 usuarios al mes.

Nos vemos a la vuelta de las vacaciones.