footprintDB release 19082025

Our https://footprintdb.eead.csic.es server has been updated, marking the 19082025 release. These are the most recent developments:

• New plant DNA motifs and transcription factors (TFs) curated from the literature have been added to EEADannot
  
• New protein-DNA complexes from https://3dfootprint.eead.csic.es have been added and used to annotate residue interfaces of all TFs.
• The updated data can be downloaded at https://footprintdb.eead.csic.es/download
• A new REST service has been set up to support amino acid sequence queries. It uses https://metacpan.org/pod/Mojolicious::Lite and can be queried with curl as follows, returning predicted DNA motifs in TRANSFAC format: 
• curl -X POST -H "Content-Type: application/json" -d '{"q1":"MVAKVKRDGEVLVAAATGDSEEQDDLVLPGFRFHPTDEELVTFYLRRKVARKPLSMEIIKEMDIYKHDPWDLPKASTVGGEKEWYFFCLRGRKYRNSIRPNRVTGSGFWKATGIDRPIYPAAAGESVGLKKSLVYYRGSAGKGAKTDWMMHEFRLPPAASSPSTQEAVEVWTICRIFKRNIAYKKRQPAGSNAPPPPLAESSSNTGSFESGGGGDDGEYMNCLPVPVPATAAVVPRQQHRIGSMLNGGGVTASGSSFFREVGVHGQQFQGHWLNRFAAPEIERKPQLLGSSAMTIAFHQNDQTAATNECYKDGHWDEIARFMEVNDPTVLYDCRYA","q2":"IYNLSRRFAQRGFSPREFRLTMTRGDIGNYLGLTVETISRLLGRFQKSGMLAVKGKYITIEN"}' http://footprintdb.eead.csic.es:8080/protein 

These updates have also been propagated to the RSAT::Plants instance at http://plants.rsat.eu and https://github.com/rsa-tools/motif_databases/tree/master/footprintDB

Take care, Bruno

estructuras del PDB parecidas en secuencia (REST)

Hola,
hace unos días un usuario preguntaba en la lista de usuarios del Protein Data Bank (PDB) cómo usar la interfaz de servicios REST, documentada en https://www.rcsb.org/pdb/software/rest.do, para hacer búsquedas BLAST.

Mientras otro usuario compartía un script escrito en Python3, llamado sequenceSimilarity.py, que requiere mmtf-pyspark para hacer consultas PSI-BLAST en tiempo real contra el PDB, a mi me llamó la atención la simplicidad del servicio sequenceCluster, que para cualquier cadena de una estructura depositada en el PDB permite obtener el clúster de secuencias con un porcentaje de identidad controlado por el usuario:

https://www.rcsb.org/pdb/rest/sequenceCluster?cluster=70&structureId=9ant.A

Esto devuelve una lista de cadenas de estructuras PDB en formato XML que podemos procesar por ejemplo como se explica en

https://developer.atlassian.com/server/fisheye-crucible/writing-a-rest-client-in-perl

Hasta luego, buen verano,
Bruno