nuevo modo paralelo en BLAST+ 2.12.0

Hola,

BLAST+ es una de las pocas herramientas esenciales para cualquier persona que haga biología computacional, todos la hemos usado alguna vez. Simplificando, creo que el secreto es que hace una sola cosa (alinear localmente secuencias) y la hace bien. Eso, y que BLAST evoluciona, y de vez en cuando introduce novedades interesantes, que podemos repasar en las notas de publicación periódicas disponibles en https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK131777

La versión 2.12.0 (28 de junio de 2021) incluye un nuevo modo de paralelización por lotes de secuencias input que beneficia entre otros a los algoritmos clásicos BLASTN, BLASTP y BLASTX. Los detalles puedes verlos en  https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK571452 , aquí comparto un ejemplo de invocación, que requiere el argumento -mt_mode 1:

$ blastp –db swissprot -query BIGFASTA.fsa –out test.out -num_threads 32 -mt_mode 1

La siguiente figura muestra la ganancia en tiempo de cálculo en función del número de cores y hebras empleado:

Espero que os sea útil, hasta pronto,

Bruno

estructuras del PDB parecidas en secuencia (REST)

Hola,
hace unos días un usuario preguntaba en la lista de usuarios del Protein Data Bank (PDB) cómo usar la interfaz de servicios REST, documentada en https://www.rcsb.org/pdb/software/rest.do, para hacer búsquedas BLAST.

Mientras otro usuario compartía un script escrito en Python3, llamado sequenceSimilarity.py, que requiere mmtf-pyspark para hacer consultas PSI-BLAST en tiempo real contra el PDB, a mi me llamó la atención la simplicidad del servicio sequenceCluster, que para cualquier cadena de una estructura depositada en el PDB permite obtener el clúster de secuencias con un porcentaje de identidad controlado por el usuario:

https://www.rcsb.org/pdb/rest/sequenceCluster?cluster=70&structureId=9ant.A

Esto devuelve una lista de cadenas de estructuras PDB en formato XML que podemos procesar por ejemplo como se explica en

https://developer.atlassian.com/server/fisheye-crucible/writing-a-rest-client-in-perl

Hasta luego, buen verano,
Bruno