Beca de verano en regulación del cloroplasto

Hola,
nuestro laboratorio en la Estación Experimental de Aula Dei (EEAD-CSIC) tiene experiencia en el desarrollo de herramientas bioinformáticas para el estudio de las redes de regulación transcripcional [1,2] y ha contribuído recientemente al análisis de los genomas cloroplásticos [3].  Ahora ofertamos una beca de verano, de la convocatoria JAE-IntroCP,  con dos objetivos:

1) Sentar las bases para un análisis evolutivo de las huellas filogenéticas de
regulación transcripcional en el cloroplasto, teniendo en cuenta que hay ya
disponibles más de 200 genomas plastídicos en las bases de datos públicas. Este
estudio pretende identificar secuencias reguladoras en los promotores de genes
cloroplásticos ya sean codificados en el propio cloroplasto o en el genoma
nuclear, con el fin de ampliar nuestro conocimiento de la regulación de este
orgánulo esencial para la viabilidad de las plantas [4,5].

2) El aprendizaje por parte del estudiante de herramientas bioinformáticas para el análisis funcional de genomas. A lo largo de la estancia la persona seleccionada se familiarizará con el trabajo cotidiano de la investigación en Bioinformática en el campo de la genómica. Esperamos que los alumnos interesados en este proyecto tengan sólidos conocimientos en Biología Molecular y/o Bioquímica y se valorará especialmente experiencia previa o interés en programar y aplicar herramientas bioinformáticas.

Si estás interesado por favor contacta con:
Inmaculada Yruela Guerrero ( i.yruela at eead.csic.es  )
Bruno Contreras Moreira ( bcontreras at eead.csic.es )

Actualización: Convocatoria publicada el 8 de Abril, el plazo acaba el 23 de Abril


Ejemplos de recursos y publicaciones relevantes para este proyecto son:

[1] http://floresta.eead.csic.es/footprintdb

[2] Lozada-Chávez I, Espinosa Angarica V, Collado-Vides J. and Contreras-Moreira
B.(2008) The role of DNA-binding specificity in the evolution of bacterial regulatory networks. Journal of Molecular Biology, 379(3): 627-43.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2491489/

[3] Yruela,I. and Contreras-Moreira,B. (2012) Protein disorder in plants: a view from the chloroplast. BMC Plant Biology, 12:165
http://www.biomedcentral.com/1471-2229/12/165

[4] Liere K, Weihe A and Börner T. The transcription machineries of plant
mitochondria and chloroplasts: Composition, function, and regulation. Journal of Plant Physiology 168 (2011) 1345–1360.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21316793

[5] Wang Y, Ding J, Daniell H, Hu H and Li X. Motif analysis unveils the possible co-
regulation of chloroplast genes and nuclear genes encoding chloroplast proteins.Plant Mol Biol. 2012 Sep;80(2):177-87.
http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs11103-012-9938-6

beca en el laboratorio de Biología Computacional

El laboratorio de Biología Computacional de la Estación Experimental de Aula Dei/CSIC (en Zaragoza, España) busca un candidato/a para desarrollar un proyecto de investigación en el marco de un programa de doctorado de la Universidad de Zaragoza.

El grupo tiene amplia experiencia en diferentes áreas de la Bioinformática y actualmente participa en diversos proyectos de genómica y secuenciación de plantas, incluyendo Arabidopsis thaliana, arroz y cebada, con un interés especial en el estudio funcional y evolutivo de las redes de regulación genética y en el descubrimiento de las raíces genéticas de la biodiversidad vegetal y agrícola en relación con la adaptación al medio ambiente. Para una lista completa de las publicaciones del grupo consultar http://www.eead.csic.es/compbio y http://www.eead.csic.es/index.php?id=99 .

Los candidatos interesados deben contactar con el Dr. Bruno Contreras Moreira (bcontreras@eead.csic.es)  antes del 15 de Septiembre de 2012 y elegir un tema de investigación de entre estos:

1) estudio de la especificidad y el desorden de factores de transcripción por medio de técnicas de dinámica molecular

2) genómica comparativa de cereales y la planta modelo Brachypodium distachyon (en colaboración con el grupo Bioflora de Pilar Catalán)

3)  estudio de las redes transcripcionales que controlan la pluripotencia y la diferenciación de células madre, usando una combinación de métodos bioquímicos y bioinformáticos (en colaboración con el grupo de Jon Schoorlemmer del  Instituto Aragonés de Ciencias de la Salud)

Las personas interesadas deberán cumplir los requisitos para solicitar una beca predoctoral del Gobierno de Aragón (2 años beca + 2 años contrato, ver convocatoria y requisitos en http://tinyurl.com/cocap6g). Se requiere un expediente académico superior a 6 y se valorará positivamente la experiencia previa en Bioinformática y/o haber terminado un Máster oficial. La convocatoria especifica una fecha límite de terminación de los estudios de licenciatura/grado/ingeniería posterior a Junio de 2011.