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28 de abril de 2022

Gabriela y la dinámica molecular

Hola,

esta mañana leía sobre el descubrimiento de que una mutación en el gen TLR7 es suficiente para causar lupus eritematoso sistémico (LES), una enfermedad autoinmune. La mutación es la sustitución Y264H, deletérea según los programas SIFT y CADD (ver otras opciones aquí), de la que es portadora Gabriela, una chica madrileña. 

El artículo completo está en https://doi.org/10.1038/s41586-022-04642-z , yo quería simplemente destacar parte de la primera figura:

Adaptada del original en https://doi.org/10.1038/s41586-022-04642-z

En el alineamiento múltiple de arriba se puede ver que la tirosina Y264 está muy conservada en animales, y por eso SIFT le asigna una puntuación de 0.12 al cambio por histidina (otras dos mutaciones no sinónimas tienen puntuaciones de 0.05 y 0). 

El panel del medio muestra la unión del ligando guanosina al receptor silvestre TLR7 (Y264) y el de abajo con el receptor mutado, donde se ve que se libera volumen que ocupan varias moléculas de agua, aumentando a la vez la afinidad por la guanosina.

Este análisis fue posible por la disponibilidad de tres estructuras de la proteína ortóloga en Maccaca mulata en el PDB (6IF55GMF y 5GMH), que fueron usadas como punto de partida para hacer varias simulaciones de dinámica molecular que se describen con detalle (3 páginas) en el material suplementario,

hasta pronto,

Bruno

14 de octubre de 2013

Premio Nobel en biología computacional

Buenos días,
han pasado ya unos días desde el anuncio, pero hasta hoy no he caído en que sería buena idea hablar en este blog sobre el reciente premio Nobel de Química, que ha caído sobre los hombros de Michael Levitt, Martin Karplus y Arieh Warshel. He de reconocer que al último no le conocía, pero a los dos primeros les he leído, visto en congresos y escuchado mencionar muchas veces a lo largo de mi aprendizaje, sobre todo en la vertiente estructural de la bioinformática.


Martin Karplus es famoso por sus trabajos sobre dinámica de macromoléculas, a menudo apoyados por datos cristalográficos,  y por el desarrollo de CHARMM. Por tanto, creo que tiene un perfil muy fuerte en química.

Sin embargo, Levitt ha tenido un papel muy relevante en la bioinformática estructural y en el desarrollo de algoritmos, y por tanto creo que es justo decir que ha sido muy influyente en el desarrollo de nuestra disciplina. Prueba de ello es que participa en los consejos editoriales de revistas que han sido clave en nuestra área como Journal of Molecular Biology, PNAS y PLoS Computational Biology, y que ha participado como evaluador en CASP. Además, como recoge una reciente nota de la ISCB, sus propias palabras traen un poco de este premio a la biología computacional:

“It’s sort of nice in more general terms to see that computational science, computational biology is being recognized. [...] It’s become a very large field and it’s always in some ways been the poor sister, or the ugly sister, to experimental biology.”

Así que estamos de enhorabuena, verdad?
Un saludo, Bruno

Añadido el 15/11/2013:
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022283613006943

Añadido el 04/12/2013:
http://www.pnas.org/content/110/49/19656.extract.html