Hola, comparto aquí mis notas de algunas charlas que escuché en la asamblea de la conexiónBCB los días 21 y 22 de abril en Madrid.
Francesc Montardit (Chesco) habló sobre sus progresos en "Genomic footprint of olive
orchard management on a plant groundcover", todavía sin publicar.
Manolo Fernández Pérez presentó PhyloCNN, que analiza imágenes de árboles filogenéticos
mediante redes convolucionales.
Pablo Herrera Nieto (CNB-CSIC) está diseñando y evaluando complejos de proteínas:
Fabian Jetzinger (I2SYSBIO) explica su trabajo prepublicado con long reads en torno al
problema de unir o no diferentes muestras antes de definir isoformas (join, call [more novelty] vs
call, join [less novelty, more conservative]). Ven diferentes comportamientos con diferentes
herramientas (IsoQuant, FLAIR) que creen se deben a umbrales relativos a la expresión total
de un experimento. Recomienda join & call con FLAIR antes de lanzarse a estudiar nuevas
isoformas raras.
Juan Martín Menor de Gaspar (CBGP-INIA) habla de multiomic integration en programas de
mejora a largo plazo donde se imputan datos perdidos, en concreto missing covariances entre
indivíduos en base a su pedigrí [covcomb], antes de hacer GS.
Julen Santiago presenta "Development of an LLM and Retrieval Augmented Arch (RAG)-based
Conversational Assistant for the Conexión BCB Platform" with https://weaviate.io para construir
un knowledge graph e inmersiones especializadas (S-BioBERT) para calcular distancias. Para
validar preparan un conjunto de consultas y respuestas correctas. Le preguntan si ha probado
si el sistema alucina, pidiéndole cosas imposibles, y si está suficientemente protegida la
privacidad de los datos.
Carlos O Sorzano (CNB) habla de su trabajo con cryoEM y hetSIREN
Isabel Díaz (adjunta VRI) nos recuerda que aprovechemos los correos de programas
internacionales del CSIC para presionar y conseguir topics en futuras convocatorias. 57%
fondos VRI van a cooperación. Distingue infraestructuras de investigación (servicio) y
tecnológicas (para escalar y llevar al mercado):
Enrique Bernal Delgado (IACS) habla de la European Open Science Cloud y ciencia abierta.
Es epidemiólogo y del board of directors de EOSC-A. Pilota la propuesta ES para un nodo
propio en EOSC.
Rocío Tuda, oficina del dato del CSIC, SGAI presenta sabio.csic.es , haya, pino, caoba y
resume la estrategia del dato, que también incluye a https://digital.csic.es
Manuel Ferrer (ICP) presenta la conexión microbioma y habla de la brecha entre recursos
genómicos de microbios y recursos biológicos (muestras, ecosistemas; muy por detrás).
Jesús Cerquides presenta https://aihub.csic.es y habla de algunos hitos muy recientes de la IA,
como el benchmark BioAgent, y la tendencia a pensar que los científicos dejaremos de hacer
ciencia y pasaremos a supervisarla, apoyándose en experiencias como ésta, donde un sistema
IA envío un abstract a un congreso que fue aceptado. Resume el impacto que está teniendo
ya la IA en la biología computacional y la ciencia en general:
Le dedica un tiempo a hablar del impacto inmediato del copilotaje en programación:
Nos propone una agenda en torno a esto para la conexión BCB:
Hasta pronto, Bruno
