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8 de marzo de 2022

CRISPR-Cas9 reloaded

Hola,

a pesar  de que lamentablemente la guerra sigue en Ucrania, hoy continuamos el marcaje que hacemos desde este blog a las enzimas Cas9 y las secuencias CRISPR (ver por ejemplo esta entrada), porque la actualidad nos ha traído novedades. Pero vayamos por partes.

La primera novedad es un trabajo de ingeniería de proteínas (publicado en https://doi.org/10.1038/s41586-022-04470-1) donde los autores avanzan en la comprensión del mecanismo de corte de la enzima Cas9 (Figura 1) y lo aprovechan para hacer una mutagénesis dirigida donde reemplazan algunos aminoácidos para que dejen de estabilizar los nucleótidos 18-20 del ADN diana en caso de no aparear (Figura 2) y sin afectar a la velocidad de la reacción de las secuencias apareadas:

figure 5

Figura 1. Modelo para la activación de la enzima Cas 9 tomado de https://doi.org/10.1038/s41586-022-04470-1.


 

Figura 2. Esquema del complejo PAM-distal gRNA–TS con moléculas de agua como círculos rojos. Los aminoácidos que contactan con los nucleótidos C18, A19 y G20 fueron mutados para comprobar su efecto en el corte de la secuencia diana. Las curvas muestran estudios de la dinámica de la reacción enzimática de corte de la Cas9 comparando moléculas guía que aparean (On-target) con moléculas que contienen mismatches (MM, Off-target) en las posiciones 18-20.  Adaptada de https://doi.org/10.1038/s41586-022-04470-1.

Qué significa esto? Pues que esta versión de Cas9 (SuperFi-Cas9) tiene mayor fidelidad y es un paso adelante en la dirección de conseguir enzimas que no corten donde no se esperaban cortes.


La segunda novedad es que en la batalla legal por los derechos de explotación de las tecnologías CRISPR parece de momento ha ganado la Universidad de Harvard, como podéis leer por ejemplo en https://www.technologynetworks.com/genomics/news/broad-institute-wins-crispr-patent-case-359160 . Ya veremos que consecuencias tiene esto para el uso de las tecnologías Cas9 en ciencia, pero vemos que si los premios Nobel dejaron fuera a algunos investigadoes clave como Francis Mójica (ver por ejemplo esto), ahora la guerra de las patentes deja fuera a las investigadoras que ganaron el Nobel por este trabajo!

Hasta pronto,

Bruno


15 de diciembre de 2021

CRISPR con lego duplo y DeepMind

Hola,

hoy comparto este vídeo donde Helena González Burón explica en el programa Órbita Laika el fundamento de la edición genética con CRISPR/Cas9 (del que habíamos hablado en el blog y en estos apuntes) y las enormes posibilidades y los dilemas éticos que nos presenta:

En el mismo programa Alfonso Valencia explica en términos sencillos lo que ha significado Alphafold2, del que ya hemos hablado recientemente aquí, podéis verlo a partir del minuto 40 en https://www.rtve.es/play/videos/orbita-laika/made-in-spain/6234612

Hasta pronto,

Bruno



18 de enero de 2016

Word + bioinformática = CRISPR

Hola,
este será un artículo muy breve, porque tengo poco que escribir yo mismo, a parte de volver a comprobar una vez más que la ciencia básica, tan denostada a menudo, es a menudo fundamental para los avances más espectaculares de la ciencia aplicada.  En vez de contar yo aquí una historia hoy os invito a leer la increíble historia del descubrimiento de los sistemas CRISPR-Cas9, que ya están revolucionando la ciencia y pronto la medicina.

La fuente original, Cell, bajo subscripción:
http://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674%2815%2901705-5

Un resumen en español en El Confidencial:
http://www.elconfidencial.com/tecnologia/2016-01-16/crispr-francis-mojica-charpentier-doudna-edicion-genomica_1136337/

Reconocimiento de una hebra sencilla de DNA por hibridación de un RNA guía de 32 bases (crRNA) por parte del complejo de proteínas Cascade. Tomado de [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4427192/]. Como se ve en nuestro repositorio 3D-footprint, la especificidad de reconocimiento es de las más altas observadas entre proteínas naturales: http://floresta.eead.csic.es/3dfootprint/complexes/4qyz_ABCDEFGHIJ.html


 Ah, y por cierto, esta historia una cura de humildad para los que nos dedicamos a inventar y probar complicados algoritmos. A veces, la herramienta "Buscar y reemplazar" de Word es todo lo que hace falta para hacer descubrimientos en Biología, como a veces me recuerda mi colega Ana Casas, y eso también es Biología computacional,
un saludo,
Bruno