modelos de proteínas a partir de alineamientos múltiples

Hola,
desde hace unos meses he estado hablando aquí (1, 2, 3) de los nuevos métodos de predicción de estructura de proteínas basados en estimar distancias entre resíduos a partir de los alineamientos múltiples de sus secuencias (MSA). Hoy traigo aquí uno de esos métodos, que a diferencia de alphaFold, podéis probar en vuestro propio ordenador: DMPfold. Este algoritmo es producto del grupo de David T. Jones, bien conocido por herramientas muy populares como PSIPRED y usa la información evolutiva capturada en un MSA para calcular distancias entre C-betas, puentes de hidrógeno del esqueleto peptídico y ángulos diedros (leer aquí y aquí).

Diagrama de flujo de DMPfold, tomado de https://www.nature.com/articles/s41467-019-11994-0

La lista de dependencia es larga, como explican en su repositorio https://github.com/psipred/DMPfold, pero os permitirá modelar vuestras propias secuencias, incluso proteínas de membrana, y tener el control sobre el proceso,
hasta pronto,
Bruno