la acumulación de genomas completos humanos, actualmente del orden de decenas de miles, plantea problemas a la hora de calcular filogenias con las estructuras de datos y los algoritmos tradicionales. Por esa razón hay grupos desarrollando nuevas estrategias que beneficiarán también a los que, como nosotros, trabajamos en plantas, cuando lleguemos a esos números.
Hoy comento muy brevemente dos métodos que acabo de ver publicados en Nature Genetics. El primero se llama tsinfer y usa un árbol comprimido para almacenar las variantes genómicas en mucho menos espacio que una matriz VCF:
 |
| Tamaño de las estructuras de datos probadas por los autores de tsinfer, tomado de https://www.nature.com/articles/s41588-019-0480-1. |
El segundo método se llama relate y se basa en reconstruir los eventos de recombinación de cromosomas ancestrales que explican los haplotipos observados. Este método calcula longitudes de ramas:
 |
| Resumen del algoritmo relate, tomado de https://www.nature.com/articles/s41588-019-0484-x. |
Un saludo,
Bruno
No hay comentarios:
Publicar un comentario