Hola, espero que estéis bien.
En esta primera entrada del año solamente quería señalar que BLAST+ fue actualizado a la versión 2.8.1+ hace un par de semanas a causa de un error encontrado al usar la opción -max_target_seqs, tal como se publicó en https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty833 y se discutió en https://www.biostars.org/p/340129 .
En respuesta a este error, tres autores del NCBI (Madden, Busby y Ye) escribieron una carta donde explican que el error detectado tiene menor impacto del esperado porque afecta a alineamientos con un número "muy elevado" de indels. Sin embargo, sí reconocen que el uso del parámetro -max_target_seqs con valores M pequeños puede causar confusión porque secuencias con igual puntuación se seleccionarían en base a su posición en el fichero FASTA de partida. Para abordar esto la versión actualizada avisa al usuario cuando use M < 5.
La explicación detallada de los autores de BLAST y los cambios introducidos en la versión actual se explican en https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK131777 y https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty1026 .
Un saludo,
Bruno
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