Jornada de agrigenómica 2017

Hola,
hoy he estado por la mañana en la 1ª jornada de agrigenómica organizada por QUAES en la UPV, en Valencia. Los 6 ponentes que hemos participado hemos hablado sobre las distintas aplicaciones de las tecnologías genómicas y de secuenciación en la mejora de cultivos. Éstas son mis notas.

Iraida Amaya nos habló de sus proyectos en torno a la mejora de caracteres en la fresa, usando marcadores SNP obtenidos con chips y por genotipado por secuenciación que clasifican por subgenoma. Estos proyectos tienen, además de genómica, metabolómica para el seguimiento de los 20 compuestos volátiles más importantes para el aroma de la fresa. Como hitos destaca la obtención de dos marcadores PCR para genotipar con un 91% de precisión fresas con aroma aceptable, así como su trabajo en curso para caracterizar por agroinfiltración FvMYB10 como regulador del color rojo de la fresa, y del color blanco de sus mutantes, que portan un cambio de marco de lectura. Para ello usaron la metodología QTLseq propuesta por Takagi, 2013.

Guillermo Marco, bioinformático de Sistemas Genómicos, nos dió un curso abreviado sobre diseño y análisis de experimentos de RNAseq, apoyándose en la revisión de Conesa, 2016. Como en un trabajo reciente nuestro (Cantalapiedra, 2017),  recomienda siempre validar las muestras por PCA para descartar réplicas y probar diferentes tuberías de análisis y estrategias de ensamblaje para elegir la más adecuada en cada caso. Su mensaje general es que el diseño del experimento RNAseq determina su éxito.

Patricia Pascual, directora de I+D de Agrícola El Bosque SL, nos presentó el diseño de su incipiente programa de mejora en mora y lo justificó como estrategia empresarial.

David Calvache, del INIA, nos habló sobre el uso de marcadores moleculares en los exámenes técnicos de nuevas variedades desde el punto de vista de la propiedad intelectual (título de obtención) y las licencias de producción y comercialización (registro de variedades). El exámen técnico permite comprobar la distinción, homogeneidad y estabilidad de una variedad candidata. Discute el uso de marcadores molecular para determinar caracteres y la idea de distancia mínima respecto a variedades existentes. Esta distancia puede ser fenotípica y/o molecular, en base a una batería de marcadores. Explica, si lo entiendo bien, que la distinción de variedades esencialmente derivadas la hace la justicia ordinaria apoyándose en distancias moleculares y pedigrís.

Esther Esteban, de la oficina española de variedades vegetales,nos recuerda los retos para la agricultura del futuro, en torno a la seguridad alimentaria, la sostenibilidad, la adaptación al cambio climático, las enfermedades emergentes, los estreses abióticos o las mejoras nutricionales. Explica las diferencias de normativa entre Europa y otros países sobre las nuevas tecnologías de mejora, incluyendo cisgénesis, transgénesis o las ZFN. Cita el trabajo de Lusser, 2011. Desde entonces han surgido nuevas tecnologías como la biología sintética y la edición mediante CRISPR/Cas9. Hace una reflexión sobre las políticas en torno a la biotecnología en Europa frente al resto del mundo.

Yo hablé sobre genómica de plantas y la aplicación de las herramientas de ultrasecuenciación en la mejora de cebada, apoyándonos en la colección nuclear de cebadas españolas, y usando ejemplos de trabajos recientes nuestros [ get_homologues-est , oídio , RNAseq en sequía , adaptación climática ] y figuras de la estupenda revisión de  Bevan, 2017.

Un saludo,
Bruno