30 de agosto de 2012

Cuando no queda nada para secuenciar...

Normalmente pensamos que una DNA polimerasa puede amplificar cualquier resto de materia orgánica, sin embargo sucesos tan desafortunados como el error en la investigación policial de 2 niños "supuestamente" asesinados que ha conmocionado a la sociedad española en los últimos días hacen replantearnos los límites de la ciencia.

Cualquier juez, abogado o persona de a pie pensaría que la prueba de ADN es infalible para identificar restos humanos. Sin embargo la ciencia tiene límites, y en casos extremos como el mencionado, hay que recurrir a técnicas clásicas de reconocimiento forense de restos humanos, por ejemplo la observación al microscopio.

Leyendo la literatura científica podemos encontrar un interesantes artículo científico del laboratorio de la Dra. Nicole von Wurmb-Schwark
titulado "Reliable genetic identification of burnt human remains".  En el mismo se estudia la posibilidad de éxito en la identificación genética de cadáveres mediante restos de ADN en huesos quemados o calcinados.

Se estudian 71 fragmentos de huesos de 13 cadáveres. Los fragmentos se dividen en 5 categorías, según su grado de combustión (de menor a mayor):
  • A: Bien conservado
  • B: Semi-qiemado (200–300 °C)
  • C: Quemado negro (300–350 °C)
  • D: Quemado azul-gris (550–600 °C)
  • E: Quemado azul-gris-blanco (>650 °C)

La conclusión obtenida es que el análisis genético de los restos de ADN en los huesos quemados es muy complicada por tres motivos:
  1. La excasez y degradación del ADN en las muestras.
  2. La posible contaminación por ADN foráneo.
  3. La existencia de inhibidores de la polimerasa: colágeno, gasolinas, plásticos, componentes textiles...
Finalmente se concluyó que la identificación de forma reproducible de los cadáveres era posible únicamente en huesos bien conservados (A) o semi-quemados (B). La mayoría de los casos de huesos quemados negros (C) se podían identificar, aunque con perfiles incompletos, y también en algunos casos de los huesos quemados azul-gris (D). Sin embargo la identificación con huesos
quemados azul-gris-blanco (E) era infructuosa en la mayoría de los casos.

El estudio sugiere la amplificación de un fragmento de 220 pares de bases de la región HVI mitocondrial como último recurso para la identificación de huesos
quemados azul-gris-blanco (E), con éxito en el 30% de estos casos extremos.


21 de agosto de 2012

beca en el laboratorio de Biología Computacional

El laboratorio de Biología Computacional de la Estación Experimental de Aula Dei/CSIC (en Zaragoza, España) busca un candidato/a para desarrollar un proyecto de investigación en el marco de un programa de doctorado de la Universidad de Zaragoza.
El grupo tiene amplia experiencia en diferentes áreas de la Bioinformática y actualmente participa en diversos proyectos de genómica y secuenciación de plantas, incluyendo Arabidopsis thaliana, arroz y cebada, con un interés especial en el estudio funcional y evolutivo de las redes de regulación genética y en el descubrimiento de las raíces genéticas de la biodiversidad vegetal y agrícola en relación con la adaptación al medio ambiente. Para una lista completa de las publicaciones del grupo consultar http://www.eead.csic.es/compbio y http://www.eead.csic.es/index.php?id=99 .
Los candidatos interesados deben contactar con el Dr. Bruno Contreras Moreira (bcontreras@eead.csic.es)  antes del 15 de Septiembre de 2012 y elegir un tema de investigación de entre estos:
1) estudio de la especificidad y el desorden de factores de transcripción por medio de técnicas de dinámica molecular
2) genómica comparativa de cereales y la planta modelo Brachypodium distachyon (en colaboración con el grupo Bioflora de Pilar Catalán)

3)  estudio de las redes transcripcionales que controlan la pluripotencia y la diferenciación de células madre, usando una combinación de métodos bioquímicos y bioinformáticos (en colaboración con el grupo de Jon Schoorlemmer del  Instituto Aragonés de Ciencias de la Salud)

Las personas interesadas deberán cumplir los requisitos para solicitar una beca predoctoral del Gobierno de Aragón (2 años beca + 2 años contrato, ver convocatoria y requisitos en http://tinyurl.com/cocap6g). Se requiere un expediente académico superior a 6 y se valorará positivamente la experiencia previa en Bioinformática y/o haber terminado un Máster oficial. La convocatoria especifica una fecha límite de terminación de los estudios de licenciatura/grado/ingeniería posterior a Junio de 2011.