21 de noviembre de 2022

A la memoria de Javier Abadía

Hola,

empezamos la semana tristes porque el viernes nos dejó de repente Javier Abadía, un colega querido de la Estación Experimental de Aula Dei (EEAD-CSIC). Javier fue un estupendo colega, gestor, maestro de una larga lista de investigadores y profesionales en diferentes rincones del mundo, y ejemplo para muchos de los que le conocimos en la EEAD. Podéis ver su trayectoria en Google Scholar por ejemplo.

Con las emociones de estos días me vienen a la memoria muchas situaciones que viví con él, pero me gustaría destacar aquí solamente un par, por las que le estoy más agradecido, por si sirven de inspiración a otros colegas.

Desde mi llegada a la EEAD a finales de 2007, como investigador novato del programa ARAID, tuve la oportunidad de conversar con Javier sobre las múltiples posibilidades que se abren si se combinan las aproximaciones metabolómicas y proteómicas, en las que su grupo es experto, con la genómica y la bioinformática. Estas discusiones informales nos llevaron a que él me invitara a colaborar en varios trabajos que cristalizaron en varios artículos a lo largo de los años. Además del placer de la interacción con su grupo, esos trabajos me permitieron conocer mejor lo que se hacía en otros departamentos y enriquecieron mi CV, que en esta profesión lo es todo. No tengo ninguna duda de que Javier sabía lo que hacía. Es una buena lección para los que nos dedicamos a esto, la de ayudar y dar un empujón a los colegas más noveles al principio de sus carreras.

Cuando ya llevaba más de una década en la EEAD tuve la oportunidad de irme tres años a trabajar al Instituto Europeo de Bioinformática (EMBL-EBI). Ese tipo de movimientos no son tan habituales en la academia española porque son complejos. Javier fue uno de los compañeros que más me apoyó y me aconsejó en cómo dar los pasos para que no me perjudicara de cara a mi posible regreso al CSIC. De hecho, cuando aprobé la oposición y obtuve el permiso para reincorporarme en 2021, el propio Javier me escribió de puño y letra:

Congratulations, ha sido como subir al Everest..

J

Seguro que muchos de los compañeros que se presentan estos días a las oposiciones a científico titular suscriben estas palabras.  

Con esta referencia montañera termino, porque Javier fue además un guía del Pirineo para nosotros y nos regalaba fotos como la de abajo en sus felicitaciones de navidad, hasta siempre.

PD: obituario de la EEAD-CSIC



16 de noviembre de 2022

Algoritmos en Bioinformática Estructural v2022

Hola, 

tras un parón de casi 4 años acabo de actualizar el curso de Algoritmos en Bioinformática Estructural que llevaba manteniendo desde 2008 para mis antiguos alumnos de la Licenciatura en Ciencias Genómicas de la UNAM en Cuernavaca.

Puedes encontrar la v2022 en:

http://eead-csic-compbio.github.io/bioinformatica_estructural


 

Figura. Comparación de predicciones de AlphaFold2 y OpenFold para la estructura 7KDX:B. Figura tomada de https://github.com/aqlaboratory/openfold.


Principales novedades:

 

Hasta pronto,

Bruno