20 de agosto de 2013

contrato para tesis "Genome annotation, comparative genomics and phylogenomics of the Brachypodium model complex"

El Laboratorio de Biología Computacional (EEAD-CSIC), en colaboración con el grupo de la Dra. Pilar Catalán de la Escuela Politécnica Superior de Huesca (EPS, U.Zaragoza),  ofrece un contrato de 4 años para la realización de la tesis doctoral "Genome annotation, comparative genomics and phylogenomics of the Brachypodium model complex (Poaceae)", ligado al proyecto CGL2012-39953-C02-01. Buscamos preferentemente a personas con formación universitaria en ciencias biológicas, ambientales o agrarias. Valoraremos especialmente la experiencia en áreas como bioinformática, biología molecular y/o botánica.

Se plantea realizar el trabajo en la EPS, con sede en Huesca, con alguna estancia temporal en la EEAD en Zaragoza. Los directores del trabajo serán la propia Dra. Pilar Catalán (biología molecular, filogenómica y evolución de Brachypodium sp.) y el Dr. Bruno Contreras (EEAD-Zaragoza: bioinformática, ensamblaje y análisis genómicos).

 
Referencias relevantes de trabajo previo:
http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0051058
http://aob.oxfordjournals.org/content/early/2012/01/01/aob.mcr294.full
http://www.brachy2013.unimore.it/images/stories/file/Brachy2013_Abstract_book.pdf


Se ruega a las personas interesadas se pongan en contacto con los directores del trabajo (bcontreras@eead.csic.es, pcatalan@unizar.es) para enviar una carta de interés y una copia del CV. El plazo para la presentación de solicitudes comprende del 26 de  agosto de 2013 al 10 de septiembre de 2013.

El texto completo de la convocatoria se encuentra en:
http://www.boe.es/diario_boe/txt.php?id=BOE-A-2013-8984 
http://tinyurl.com/k2eymfu


Requisitos:
1. Podrán ser solicitantes todas aquellas personas que se encuentren en disposición de estar matriculado o admitido en un programa de doctorado, en el momento de la formalización del contrato. 
2. Con carácter general, los solicitantes deberán haber finalizado sus estudios, considerándose como fecha de finalización aquella en la que se acredite que se han superado todas las materias y requisitos académicos que dan acceso a un programa dedoctorado, en fecha igual o posterior al 1 de enero de 2010.
3. No podrán ser solicitantes quienes ya estén en posesión del título de Doctor, por cualquier universidad española o extranjera.

English abstract: 
The Laboratory of Computational and Structural Biology (EEAD-CSIC), in collaboration with the group of Dr.Pilar Catalán (EPS,U.Zaragoza),  is currently offering a 4-year PhD position entitled "Genome annotation, comparative genomics and phylogenomics of the Brachypodium model complex (Poaceae)". 
Note: check SCIMAGO (http://www.scimagoir.com/pdf/SIR%20Global%202013%20O.pdf)
for the impact of CSIC among global research institutions.

30 de julio de 2013

Comparando proveedores de secuenciación

Hola,
para romper con mis últimas entradas, donde hablaba de código fuente, hoy quisiera discutir un tema recurrente cuando planeamos experimentos de secuenciación masiva.

Cuál es el problema? Pues que a menudo se nos ocurren experimentos pero no sabemos dónde podemos llevarlos a cabo, porque no tenemos en casa un HiSeq, ni cuánto nos costarán. El mapamundi NGS, del que hablaba Carlos P Cantalapiedra en 2011, y que ahora vive en http://omicsmaps.com, nos puede ayudar a buscar proveedores cercanos, lo cual puede ser importante para no mandar muestras difíciles de obtener y facilísimas de estropearse, a la otra punta del munco.

Sin embargo, otra cuestión es el precio y el plazo de entrega, y si ofrecen apoyo bioinformático básico. Nosotros mismos hemos tenido que tirar de teléfono y llamar a proveedores variopintos para tener unos cuantos presupuestos en la mano y decidirnos por el mejor. Hasta la fecha, dentro de España hemos contratado con el Parque Científico de Madrid y con el CNAG. Pero también hemos contactado con proveedores europeos y norteamericanos, y aquí es donde viene a cuento https://genohub.com, al que no quiero dar publicidad gratuita, pero es que es la única herramienta de este tipo que conozco, y que puede ahorrarnos mucho esfuerzo en la elaboración de presupuestos y la preparación de experimentos. Si conocéis otros recursos similares por favor ponedlos como comentarios,
un saludo,
Bruno

17 de julio de 2013

C++ STL en paralelo

Hola,
como contábamos en una entrada anterior, últimamente hemos estado liados trabajando con archivos FASTQ de varios GBs, con decenas de millones de lecturas o reads. Para algunas de las tareas que hemos tenido que realizar, como ordenar o renombrar, nos hemos dado cuenta que lenguajes interpretados como Perl o Python son varias veces más lentos que caballos de carreras compilados como C/C++, como también comenta el autor de readfq, por ejemplo.
Por eso he estado refrescando la Standard Template Library (STL) de C++, que para alguien acostumbrado a programar en lenguajes de alto nivel es esencial, como recurso para crear estructuras de datos flexibles y eficientes en programas escritos en C/C++. Como dice Scott Meyers en su libro Effective STL, probablemente los contenedores más populares de la STL son vectores y strings. Sólo por estas dos estructuras dinámicas, a las que yo añado también las tablas asociativas (maps), vale la pena aprender a usar la STL. Sin embargo, hay mucho más que esto, y por eso escribo esta entrada, porque la STL implementada en el compilador GNU gcc (libstdc++) incluye una biblioteca de algoritmos en paralelo de propósito general, que podemos usar fácilmente en nuestros programas para sacarle el jugo a los procesadores multicore y resolver de manera más eficiente múltiples problemas. Entre otros, la versión actual de libstdc++ paraleliza los siguientes algoritmos de la STL, todos ellos útiles para tareas habituales en programación:
  • std::count
  • std::find
  • std::search
  • std::replace
  • std::max_element
  • std::merge
  • std::min_element
  • std::nth_element
  • std::set_union
  • std::set_intersection
  • std::sort

Esquema de sort parelelo y merge posterior,
tomado de http://javaero.org/tag/parallel-merge-sort


El siguiente ejemplo de sort en paralelo, que depende de la librería OpenMP, se compila con $ g++ -O3 -fopenmp -o testP testP.cc para generar un ejecutable que empleará 4 cores para ordenar un millón de palabras de 25 caracteres de longitud:

 
#include <stdlib.h>  
#include <omp.h>  
#include <vector>  
#include <parallel/algorithm>  
using namespace std;  

// g++ -O3 -fopenmp -o testP testP.cc  
// http://gcc.gnu.org/onlinedocs/libstdc++/manual/parallel_mode.html  
#define MAXTHREADS 4;  
 
string randomStrGen(int length) 
{
   //http://stackoverflow.com/questions/2146792/how-do-you-generate-random-strings-in-c    
   static string charset = "abcdefghijklmnopqrstuvwxyzABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ1234567890;:|.@";  
   string result;  
   result.resize(length);  
   for (int i = 0; i < length; i++) result[i] = charset[rand() % charset.length()];  
   return result;  
}  

int main()  
{  
   unsigned threads = MAXTHREADS;  
   omp_set_dynamic(false);  
   omp_set_num_threads(threads);  
   srand(time(NULL));  
   std::vector<string> data(1000000);  
   for(int i=0;i<data.size();i++) data[i] = randomStrGen(25);  
   __gnu_parallel::sort(data.begin(), data.end()); //std::less<string>() , std::smaller<string>() );  
   printf("%s\n%s\n%s\n%s\n",data[0].c_str(),data[1].c_str(),data[2].c_str(),data[data.size()-1].c_str());  
   return 0;  
}  

Referencias más avanzadas:
[1] http://algo2.iti.kit.edu/singler/mcstl/parallelmode_se.pdf

[2] http://ls11-www.cs.uni-dortmund.de/people/gutweng/AD08/VO11_parallel_mode_overview.pdf

Hasta luego,
Bruno

29 de junio de 2013

Potenciando el entorno Python I: webapps con CherryPy

Buenas!

Todos necesitamos utilizar distintos lenguajes de programación y distintas sintaxis y convenciones para muy diversas tareas. A saber: bash scripting, sed, awk, C, Perl, Python, PHP, Java, XML, HTML, JavaScript, JSON, AJAX, etcetc

Yo soy partidario de tratar de evitar esto lo máximo posible. Así que últimamente estoy tratando de potenciar mi entorno de trabajo Python y moverme a otros lenguajes sólo cuando sea realmente necesario. He hecho algunas nuevas adquisiciones a mi repertorio últimamente, aunque todavía sin mucho dominio de ellas. A pesar de esto, los resultados me han parecido muy satisfactorios. Aquí voy a hablar de un Framework para aplicaciones web en Python, CherryPy (a minimalist python web framework).



Cuales son las claves para que me haya decidido por utilizar CherryPy:
- Python no incorpora las utilidades de aplicación web que vienen incluídas en, por ejemplo, PHP. En mi caso, especialmente, control de sesión HTTP.
- Necesitaba trabajar tras un servidor Apache y tanto el módulo CGI de Python, como el mod_python de Apache son desaconsejados.
- Una aplicación CherryPy es un servidor HTTP en sí mismo, por lo que puede trabajarse muy cómodamente sobre la aplicación sin necesidad de involucrar otros sistemas en un principio.
- Permite trabajar única y exclusivamente en Python. Incluso la configuración se puede realizar con diccionarios de Python y decorators, si se prefiere esto a tener ficheros de configuración externos. La petición HTTP (la request) y sus parámetros se manejan directamente desde métodos Python.
- Es una Framework ligera, que no se inmiscuye en creación de vistas, control de usuarios, etc. Si bien permite la creación y utilización de herramientas y plugins complementarios. Siempre me han atraido las pequeñas cosas modulares, por encima de las grandes aplicaciones todo en uno. Las primeras me sugieren versatilidad y claridad; las segundas dependencia.

Quizás la parte más complicada para tirarse a trabajar con CherryPy es la configuración. Aunque más que por su complejidad, es debido a la errática documentación existente y los ligeros cambios entre versiones de la framework que para un novicio pueden ser difíciles de atribuir a una u otra versión*. En mi caso, lo mejor ha sido obviar a menudo la documentación de la página principal y trabajar directamente con el libro CherryPy Essentials y apoyándome en la lista de usuarios de CherryPy.

Sin embargo, ya digo que no es muy complicado. Una vez uno se tira a escribir sobre la aplicación y va viendo que las cosas funcionan, en seguida se pasa a trabajar con la aplicación en Python y se olvida de lo que hay detrás. Eso hasta que ejecutamos la aplicación y voilá! Ya podemos hacer peticiones desde un navegador directamente a nuestros métodos Python. Pero ¿cómo se hace una aplicación con CherryPy?

Lo primero es descargar e instalar CherryPy, para lo cual hay información detallada y fácil de llevar a cabo en la documentación oficial.
Lo segundo es crear nuestro fichero principal de Python que hará las veces de servidor. En mi caso "server.py".
A éste fichero le añadimos el import de cherrypy:

    import cherrypy

Luego hacemos el diseño de las clases y métodos que serán dianas de las distintas URLs. Por ejemplo, para:

    http://mysite/myapp/exec

con un parámetro "myparam" que viene por ejemplo de un submit en HTML o en un GET:


class NameOfMyClass(Base):
    @cherrypy.expose
    def exec(self, myparam):
        # tratar los datos de la request, por ejemplo añadirlos a sesión
        cherrypy.session['param_01'] = myparam
        # realizar operaciones
        result = mymodel.mymethod(myparam)
        # devolver una respuesta, por ejemplo en formato HTML
        return html_generator(result)

Especialmente fijarse en que el decorator (@cherrypy.expose) hace al método exec visible para el mapeador de URLs, es decir, para el cliente HTTP en definitiva.
El nombre de la clase no tiene que coincidir con el de la aplicación en éste caso, precisamente por ser la clase de la aplicación, cuyo mapeo desde URL definiremos a continuación:


    cherrypy.config.update(conf)
    cherrypy.tree.mount(NameOfMyClass(), script_name='/myapp', app_conf)
    cherrypy.engine.start()
    cherrypy.engine.block()


Faltaría añadir aquí el contenido de las variables "conf" y "app_conf". En ambos casos pueden ser rutas a ficheros de configuración o diccionarios de Python. Sobre la configuración mejor consultar aquí o el libro que ya hemos comentado. Pero un ejemplo con diccionarios podría ser:


conf = {
    'global': {
        'server.socket_host': '127.0.0.1',
        'server.socket_port': 9091,
    },
}

app_conf = {

    '/style.css': {
        'tools.staticfile.on': True,
        'tools.staticfile.filename': os.path.join(_curdir,
        '/mydeploydir/css/style.css'),
    }
}



Y con esto sería suficiente. Ejecutamos:

    python server.py

Y ya deberíamos poder hacer peticiones desde un navegador a:

    http://127.0.0.1:9091/myapp/exec?myparam=eead

Por último, tocaba desplegar la aplicación tras el servidor Apache, de forma que este siguiera sirviendo otras aplicaciones (escritas en PHP, Perl, etc.) y CherryPy sirviera mi aplicación Python. Hay muchos ejemplos sobre como desplegar CherryPy tras Apache en el libro, y también en algunas páginas en caché de Google ;) pero para un profano de Apache no quedaba claro cuál de ellas era mejor para que ambos sirvieran páginas, ni cómo modificar los ejemplos para ello. Finalmente, para el esquema que muestro a continuación, añadiendo 2 líneas a la configuración de Apache fue suficiente.

    ProxyPass /myapp http://127.0.0.1:9091/myapp/
    ProxyPassReverse /myapp http://127.0.0.1:9091/myapp/

Esto es, un proxy reverso para la aplicación creada en CherryPy con script_name en el método cherrypy.tree.mount a "/myapp".


Y esto es todo lo que quería contar sobre CherryPy y servir aplicaciones web escritas en Python. Pythonic uh? :)


13 de junio de 2013

oferta de empleo en Bioinformática

Puesto de Postdoc en laboratorio de Genética de Plantas del CRAG. Se trata del grupo de genómica de melón del Dr. Jordi García-Mas:

Funciones: análisis bioinformático de datos de secuenciación de RNA de melón, en el marco de un proyecto PLANT-KBBE (SAFQIM: Sugar and Fruit Quality in Melon). Además, participará en la mejora de una base de datos de genómica de melón.

·         Requisitos: PhD en Biología o similar. Gran experiencia en bioinformática y Linux.

·         Se ofrece: contrato de 6 meses, renovable por 6 meses más. 37’5h semanales.

·         Inscripción: CRAG, Ref 18/2013 (antes del 30 de junio de 2013)