30 de julio de 2013

Comparando proveedores de secuenciación

Hola,
para romper con mis últimas entradas, donde hablaba de código fuente, hoy quisiera discutir un tema recurrente cuando planeamos experimentos de secuenciación masiva.

Cuál es el problema? Pues que a menudo se nos ocurren experimentos pero no sabemos dónde podemos llevarlos a cabo, porque no tenemos en casa un HiSeq, ni cuánto nos costarán. El mapamundi NGS, del que hablaba Carlos P Cantalapiedra en 2011, y que ahora vive en http://omicsmaps.com, nos puede ayudar a buscar proveedores cercanos, lo cual puede ser importante para no mandar muestras difíciles de obtener y facilísimas de estropearse, a la otra punta del munco.

Sin embargo, otra cuestión es el precio y el plazo de entrega, y si ofrecen apoyo bioinformático básico. Nosotros mismos hemos tenido que tirar de teléfono y llamar a proveedores variopintos para tener unos cuantos presupuestos en la mano y decidirnos por el mejor. Hasta la fecha, dentro de España hemos contratado con el Parque Científico de Madrid y con el CNAG. Pero también hemos contactado con proveedores europeos y norteamericanos, y aquí es donde viene a cuento https://genohub.com, al que no quiero dar publicidad gratuita, pero es que es la única herramienta de este tipo que conozco, y que puede ahorrarnos mucho esfuerzo en la elaboración de presupuestos y la preparación de experimentos. Si conocéis otros recursos similares por favor ponedlos como comentarios,
un saludo,
Bruno

2 comentarios:

  1. "Hola Bruno,
    Soy uno de los co-fundadores de Genohub. Gracias por mencionarnos. Como escribiste, nosotros estamos tratando de hacerlo fácil buscar a los proveedores de secuenciación. Además con nuestro 'Shop by Project' ayudamos a los investigadores que no necesariamente saben las especificaciones de la ultima tecnología de secuenciación:

    https://genohub.com/shop/proj/

    IMPPC en Barcelona es uno de los proveedores españoles que ya está activo en Genohub. También estamos trabajando con Vall d'Hebron y otros proveedores en España y el resto del Europa.[...]
    Saludos,Pouya Razavi"

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