Hola,
para romper con mis últimas entradas, donde hablaba de código fuente, hoy quisiera discutir un tema recurrente cuando planeamos experimentos de secuenciación masiva.
Cuál es el problema? Pues que a menudo se nos ocurren experimentos pero no sabemos dónde podemos llevarlos a cabo, porque no tenemos en casa un HiSeq, ni cuánto nos costarán. El mapamundi NGS, del que hablaba Carlos P Cantalapiedra en 2011, y que ahora vive en http://omicsmaps.com, nos puede ayudar a buscar proveedores cercanos, lo cual puede ser importante para no mandar muestras difíciles de obtener y facilísimas de estropearse, a la otra punta del munco.
Sin embargo, otra cuestión es el precio y el plazo de entrega, y si ofrecen apoyo bioinformático básico. Nosotros mismos hemos tenido que tirar de teléfono y llamar a proveedores variopintos para tener unos cuantos presupuestos en la mano y decidirnos por el mejor. Hasta la fecha, dentro de España hemos contratado con el Parque Científico de Madrid y con el CNAG. Pero también hemos contactado con proveedores europeos y norteamericanos, y aquí es donde viene a cuento https://genohub.com, al que no quiero dar publicidad gratuita, pero es que es la única herramienta de este tipo que conozco, y que puede ahorrarnos mucho esfuerzo en la elaboración de presupuestos y la preparación de experimentos. Si conocéis otros recursos similares por favor ponedlos como comentarios,
un saludo,
Bruno
http://www.blueseq.com/
ResponderEliminar"Hola Bruno,
ResponderEliminarSoy uno de los co-fundadores de Genohub. Gracias por mencionarnos. Como escribiste, nosotros estamos tratando de hacerlo fácil buscar a los proveedores de secuenciación. Además con nuestro 'Shop by Project' ayudamos a los investigadores que no necesariamente saben las especificaciones de la ultima tecnología de secuenciación:
https://genohub.com/shop/proj/
IMPPC en Barcelona es uno de los proveedores españoles que ya está activo en Genohub. También estamos trabajando con Vall d'Hebron y otros proveedores en España y el resto del Europa.[...]
Saludos,Pouya Razavi"