Introduction to Bioinformatics for plant breeders

Hi, Najla Ksouri and me recently put together teaching material about Bioinformatics resources and best-practices for plant-breeders.

The material can be found at https://eead-csic-compbio.github.io/bioinformatics

It comprises four sessions and the goal is for you to explore some bioinformatics resources and databases which can be useful in plant breeding and genomics, using both standalone and Web-based tools. The last two sessions are about reproducible analysis practices and software benchmarks.

session	title	required time	URL
1	Annotation of coding sequences	4h	session 1
2	Analysis of non-coding sequences	4h	session 2
3	Reproducible analysis practices	2h	session 3
4	Benchmarks	2h	session 4

 

If you spot errors please send pull requests, hope this helps some of you out there,

Bruno 

Pangenomas para dummies: ejemplos en plantas, aplicaciones y retos

 Hola, el 17 de diciembre di una charla virtual invitado por mis compañeros de la Estación Experimental de Aula Dei-CSIC titulada "Pangenomas para dummies: ejemplos en plantas, aplicaciones y retos". 

Un pangenoma se define como la unión de todos los genomas de una especie. El análisis de pangenomas es una herramienta habitual en microbiología, sobre todo en bacterias para analizar su ecología y patogenicidad. En cambio, nuestro conocimiento de los pangenomas de plantas es todavía limitado. En la charla repaso resultados recientes en mono y dicotiledóneas, incluyendo nuestro trabajo reciente sobre el híbrido Brachypodium hybridum y sus progenitores, que demuestran la utilidad de esta aproximación para explorar la diversidad genética en poblaciones y bancos de
germoplasma. En cuanto a la mejora, el reto es cómo distinguir los genes accesorios que contribuyen a la adaptación de aquellos que son reliquias evolutivas.

La charla quedó grabada y puedes escucharla de nuevo en 

https://balanbbb.corp.csic.es/playback/presentation/2.0/playback.html?meetingId=9ea1a71e86c265e77c16b8078be749094142699f-1608199170685

Hasta pronto,

Bruno