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19 de diciembre de 2011

metaDBSite: un metaservidor para predecir la unión de proteínas a DNA

Los meta-servidores son valiosas herramientas en bioinformática para no perder el tiempo mandando trabajos a diferentes servidores y tener que juntar después manualmente los resultados. Un meta-servidor nos ofrece utilizar varios servicios web a la vez desde una interfaz única. Ejemplos de meta-servidores son: NCBI, UniProt, GeneSilico...

Recientemente he  tenido que usar diferentes programas de predicción de interfaces de unión proteína-DNA, y he encontrado la grata sorpresa de que existía un meta-servidor que permitía realizar la predicción de una sola vez utilizando la mayoría de técnicas conocidas, este valioso meta-servidor se llama metaDBSite. No sólo eso, si no que he podido comprobar que siguen dándole soporte.

Os animo a probarlo con una sencilla secuencia proteica:
>1a02_N  
 wplssqsgsyelrievqpkphhRahYetEgsRgavkaptgghpvvqlhgymenkplglqifigtaderilkphafyqvhritgktvtttsyekivgntkvleiplepknnmratidcagilklrnadielrkgetdigRkntrvrlvfrvhipessgrivslqtasnpiecsQRsahelpmverqdtdsclvyggqqmiltgqnftseskvvftekttdgqqiwemeatvdkdksqpnmlfveipeyrnkhirtpvkvnfyvingkrkrsqpqhftyhpv  

Si comprobáis los resultados con los datos de la estructura original (cadena N de la estructura 1a02) podréis ver cómo el mejor de los métodos (BindN-RF) 'adivina' 7 de los 7 residuos que contactan el DNA entre los 18 predichos, si tenemos en cuenta que la proteína tienen 280 aminoácidos, el resultado no está nada mal...