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28 de noviembre de 2019

cómo instalar LaTeX2HTML

Hola,
hoy quiero compartir cómo instalar el conversor latex2html, una herramienta basada en Perl ya veterana, que ha pasado por varias manos, pero que para mi ha sido muy útil. El problema es que ha pasado ya por las manos de diferentes autores y con el paso del tiempo la versión que puedes instalar en Ubuntu 19.04 ya no me funcionaba bien. Por suerte, el código está en https://github.com/latex2html/latex2html

En mi caso la solución fue comprobar que el binario pdftocairo estaba disponible y despuñes instalarlo de esta manera:

git clone git@github.com:latex2html/latex2html.git

cd latex2html 
 
export p2c=`which pdftocairo`
./configure --with-pdftocairo=$p2c
make
sudo make install
 
Aunque ahora casi siempre escribo documentación de código con R markdown  (ver ejemplos en https://github.com/eead-csic-compbio/barley-agroclimatic-association), sigo utilizando latex2html cuando uso LaTeX, como por ejemplo en los manuales de GET_HOMOLOGUES,
un saludo,
Bruno

22 de marzo de 2019

oneliner en utf8

Hola,
hoy solamente quiero compartir un oneliner, o perlito como los llama mi colega Pablo Vinuesa, que imprime un fichero con codificación UTF8, no ASCII, tal como la requiere pandoc al compilar la lista de bibliografía BIBTEX un documento markdown:

$ perl -lne 'BEGIN{binmode(STDOUT, ":utf8")} next if(/^%/); s/\\htmladdnormallink\{\S+?\}\{(\S+)?\}/$1/; print' bib_myarticles.bib > bib_myarticles_md.bib

Hasta luego,
Bruno

13 de abril de 2012

Código genético en formato LaTeX

Seguro que si lees este blog, habrás visto alguna vez en un libro de texto la tabla de codones de RNA que codifican para los diferentes aminoácidos de alguna de las siguientes formas:


Pero seguramente pocos de vosotros os habéis atrevido a reproducir dicha tabla en código LaTeX, es un ejercicio recomendable que permite entrenarse con casi todas las particularidades de las tablas en LaTeX:

 \documentclass[12pt,spanish]{book}  
   
 \usepackage[utf8]{inputenc}  
 \usepackage{multirow}  
 \usepackage{rotating}  
   
 \begin{document}  
             
      \begin{table}[H]  
           \begin{center}  
           \begin{tabular}[t]{cccccccccccc}  
             
                & & \multicolumn{8}{c}{\textbf{\uppercase{Segunda base}}} \\  
                  
                & & \multicolumn{2}{c}{\textbf{U}} & \multicolumn{2}{c}{\textbf{C}} & \multicolumn{2}{c}{\textbf{A}} & \multicolumn{2}{c}{\textbf{G}} & \\ \cline{3-10}  
             
                \multirow{16}{*}{\rotatebox{-90}{\mbox{\textbf{\uppercase{Primera base}}}}} & \multirow{4}{*}{\textbf{U}} & \multicolumn{1}{|c}{UUU} & \multirow{2}{*}{Phe} & \multicolumn{1}{|c}{UCU} & \multirow{4}{*}{Ser} & \multicolumn{1}{|c}{UAU} & \multirow{2}{*}{Tyr} & \multicolumn{1}{|c}{UGU} & \multirow{2}{*}{Cys} & \multicolumn{1}{|c}{\textbf{U}} & \multirow{16}{*}{\rotatebox{90}{\mbox{\textbf{\uppercase{Tercera base}}}}}\\  
                & & \multicolumn{1}{|c}{UUC} & & \multicolumn{1}{|c}{UCC} & & \multicolumn{1}{|c}{UAC} & & \multicolumn{1}{|c}{UGC} & & \multicolumn{1}{|c}{\textbf{C}} \\  
                & & \multicolumn{1}{|c}{UUA} & \multirow{2}{*}{Leu} & \multicolumn{1}{|c}{UCA} & & \multicolumn{1}{|c}{UAA} & \multirow{2}{*}{FIN} & \multicolumn{1}{|c}{UGA} & FIN & \multicolumn{1}{|c}{\textbf{A}} \\  
                & & \multicolumn{1}{|c}{UUG} & & \multicolumn{1}{|c}{UGG} & & \multicolumn{1}{|c}{UAG} & & \multicolumn{1}{|c}{UGG} & Trp & \multicolumn{1}{|c}{\textbf{G}} \\ \cline{3-10}  
             
                & \multirow{4}{*}{\textbf{C}} & \multicolumn{1}{|c}{CUU} & \multirow{4}{*}{Leu} & \multicolumn{1}{|c}{CCU} & \multirow{4}{*}{Pro} & \multicolumn{1}{|c}{CAU} & \multirow{2}{*}{His} & \multicolumn{1}{|c}{CGU} & \multirow{4}{*}{Arg} & \multicolumn{1}{|c}{\textbf{U}} \\  
                & & \multicolumn{1}{|c}{CUC} & & \multicolumn{1}{|c}{CCC} & & \multicolumn{1}{|c}{CAC} & & \multicolumn{1}{|c}{CGC} & & \multicolumn{1}{|c}{\textbf{C}} \\  
                & & \multicolumn{1}{|c}{CUA} & & \multicolumn{1}{|c}{CCA} & & \multicolumn{1}{|c}{CAA} & \multirow{2}{*}{Gln} & \multicolumn{1}{|c}{CGA} & & \multicolumn{1}{|c}{\textbf{A}} \\  
                & & \multicolumn{1}{|c}{CUG} & & \multicolumn{1}{|c}{CGG} & & \multicolumn{1}{|c}{CAG} & & \multicolumn{1}{|c}{CGG} & & \multicolumn{1}{|c}{\textbf{G}} \\ \cline{3-10}  
             
                & \multirow{4}{*}{\textbf{A}} & \multicolumn{1}{|c}{AUU} & \multirow{3}{*}{Ile} & \multicolumn{1}{|c}{ACU} & \multirow{4}{*}{Thr} & \multicolumn{1}{|c}{AAU} & \multirow{2}{*}{Asn} & \multicolumn{1}{|c}{AGU} & \multirow{2}{*}{Ser} & \multicolumn{1}{|c}{\textbf{U}} \\  
                & & \multicolumn{1}{|c}{AUC} & & \multicolumn{1}{|c}{ACC} & & \multicolumn{1}{|c}{AAC} & & \multicolumn{1}{|c}{AGC} & & \multicolumn{1}{|c}{\textbf{C}} \\  
                & & \multicolumn{1}{|c}{AUA} & & \multicolumn{1}{|c}{ACA} & & \multicolumn{1}{|c}{AAA} & \multirow{2}{*}{Lys} & \multicolumn{1}{|c}{AGA} & \multirow{2}{*}{Arg} & \multicolumn{1}{|c}{\textbf{A}} \\  
                & & \multicolumn{1}{|c}{AUG} & Met & \multicolumn{1}{|c}{AGG} & & \multicolumn{1}{|c}{AAG} & & \multicolumn{1}{|c}{AGG} & & \multicolumn{1}{|c}{\textbf{G}} \\ \cline{3-10}  
             
                & \multirow{4}{*}{\textbf{G}} & \multicolumn{1}{|c}{GUU} & \multirow{4}{*}{Val} & \multicolumn{1}{|c}{GCU} & \multirow{4}{*}{Ala} & \multicolumn{1}{|c}{GAU} & \multirow{2}{*}{Asp} & \multicolumn{1}{|c}{GGU} & \multirow{4}{*}{Gly} & \multicolumn{1}{|c}{\textbf{U}} \\  
                & & \multicolumn{1}{|c}{GUC} & & \multicolumn{1}{|c}{GCC} & & \multicolumn{1}{|c}{GAC} & & \multicolumn{1}{|c}{GGC} & & \multicolumn{1}{|c}{\textbf{C}} \\  
                & & \multicolumn{1}{|c}{GUA} & & \multicolumn{1}{|c}{GCA} & & \multicolumn{1}{|c}{GAA} & \multirow{2}{*}{Glu} & \multicolumn{1}{|c}{GGA} & & \multicolumn{1}{|c}{\textbf{A}} \\  
                & & \multicolumn{1}{|c}{GUG} & & \multicolumn{1}{|c}{GGG} & & \multicolumn{1}{|c}{GAG} & & \multicolumn{1}{|c}{GGG} & & \multicolumn{1}{|c}{\textbf{G}} \\ \cline{3-10}  
             
           \end{tabular}  
           \end{center}  
           \caption{Código genético representado por tripletes de bases y los aminoácidos que codifican.}  
           \label{TablaCodigoGenetico}  
      \end{table}  
   
 \end{document}  

Lo que sería una sencilla tabla en Word, en LaTeX parece un complejo problema de ingeniería, la tabla compilada quedaría finalmente así:
Reto a Joaquín a hacer más sencillo el código de la tabla ;)