comparando secuencias de igual longitud

Hola,
hoy quería compartir recetas en Perl para la comparación eficiente de secuencias de igual longitud. Las dos funciones que vamos a ver devuelven como resultado listas con las posiciones (contando desde 0) en las que difieren dos secuencias.

Para qué sirve esto? En general, para calcular distancias de edición (edit distances); en bioinformática es una manera, por ejemplo, de comparar oligos de igual longitud o secuencias extraídas de un alineamiento múltilple, incluyendo gaps. El siguiente código fuente incluye una subrutina en Perl (con el operador binario ^ y la función pos) y otra en C embebido para hacer la misma operación por dos caminos:

 use strict;  
 use warnings;  
 my $seq1 = 'ACTGGA';  
 my $seq2 = 'AGTG-A';  
   
 my @Pdiffs = find_diffs($seq1,$seq2);  
 my @Cdiffs = find_diffs_C($seq1,$seq2);  
   
 printf("# version Perl\ndiferencias = %d\n%s\n",scalar(@Pdiffs),join(',',@Pdiffs));  
 printf("# version C\ndiferencias = %d\n%s\n",scalar(@Cdiffs),join(',',@Cdiffs));  
   
 sub find_diffs  
 {  
    my ($seqA,$seqB) = @_;  
    my $XOR = $seqA ^ $seqB; 
    my @diff;   
    while($XOR =~ /([^\0])/g)  
    {   
       push(@diff,pos($XOR)-1);  
    }  
    return @diff;  
 }  
   
 use Inline C => <<'END_C';  
 void find_diffs_C(char* x, char* y)   
 {                        
   int i;   
    Inline_Stack_Vars;                               
   Inline_Stack_Reset;                                                                
   for(i=0; x[i] && y[i]; ++i) {                          
    if(x[i] != y[i]) {                              
     Inline_Stack_Push(sv_2mortal(newSViv(i)));                 
    }                                       
   }   
    Inline_Stack_Done;                                                                  
 }     
 END_C  

Podéis ver en stackoverflow otras versiones y su comparación en base a su tiempo de cálculo,
un saludo,
Bruno