Hola, esta es una entrada muy breve, donde describo cómo leer datos desde un fichero alojado en un repositorio GitHub en la Web. El problema tiene dos partes.
Primero, nos aseguramos de acceder al formato original de los datos. Por ejemplo, para leer el fichero https://github.com/eead-csic-compbio/bioinformatics/blob/main/test_data/Ensembl_repeats.tsv , en formato TSV (texto separado por tabuladores), podemos obtener la ruta o path al fichero crudo haciendo click en el botón "Raw" a la derecha en la figura, que en este caso es https://raw.githubusercontent.com/eead-csic-compbio/bioinformatics/main/test_data/Ensembl_repeats.tsv :
Segundo, leemos el fichero directamente pasando su URL a la función read.csv de R indicando que las columnas están separadas por tabuladores y que la primera línea del fichero son los nombres de las columnas:
datos <- read.csv(
url("https://raw.githubusercontent.com/eead-csic-compbio/bioinformatics/main/test_data/Ensembl_repeats.tsv"),
sep="\t",
header=TRUE)
Hasta pronto,
Bruno
