Coste energético de la bioinformática

Hola,

como parte de la conexión Biología Computacional y Bioinformática (BCB) hoy hemos escuchado en directo a Loïc Lannelongue hablar sobre su trabajo sobre el coste energético y ambiental de la bioinformática, del que ya habíamos hablado en este blog (https://bioinfoperl.blogspot.com/2023/02/mide-huella-carbono-algoritmos.html). 

Como muestra de sus resultados pego debajo una tabla con los costes que calculó para una selección de software típico, medidos de varias maneras (CO2 emitido, meses de árbol promedio y km recorridos por un coche). La tabla original la puedes encontrar en https://academic.oup.com/mbe/article/39/3/msac034/6526403. En ella puedes ver, por ejemplo, que la versión original de kraken es 1650% más costosa que kraken2.

Recuerda que puedes calcular la huella de carbono de cualquier software con los recursos que hay en https://www.green-algorithms.org

 

 

Hasta pronto,

Bruno 

 

clases nativas en perl 5.38

Hola,

si seguís este blog sabréis que de vez en cuando contamos novedades del lenguaje Perl. Este verano se ha liberado la versión v5.38, podéis ver las novedades en https://perldoc.perl.org/perl5380delta. Seguramente lo más novedoso es que de manera experimental el lenguaje soporta de manera nativa, sin recurrir a módulos externos como Moo o Moose, programación orientada a objetos, con clases.

La documentación oficial está en https://perldoc.perl.org/perlclass. Podéis ver un ejemplo paso a paso documentado en inglés por Chris Prather en varias entregas: 0, 1, 2, 3, 4, 5 y 6. 

Qué tal funciona? Puedes leer un resumen en https://dev.to/jjn1056/benchmarking-core-class-573c no olvides revisar los comentarios. Cuando llegará a tu sistema operativo? Ahora mismo es experimental en Debian, pero Debian 12 lleva ya la v5.36.

Hasta pronto,

Bruno

Comprueba URLs en archivos R markdown

Hola,

una tarea habitual cuando mantienes material didáctico en la Web es comprobar si los enlaces/URLs contenidos funcionan. Es justo lo que acabo de hacer con un curso que tenemos en https://github.com/eead-csic-compbio/bioinformatics ,  compuesto por varios ficheros en formato R markdown, como por ejemplo https://github.com/eead-csic-compbio/bioinformatics/blob/main/session1.Rmd

En este caso son ochenta y pico enlaces y los he validado con el siguiente one-liner en Perl, que llama al módulo LWP::UserAgent:

perl -MLWP::UserAgent -lne 'if(/\((http[^\)]+)/){ print $1," ",LWP::UserAgent->new(timeout => 10)->get($1)->is_success ? "OK":"KO" }' *.Rmd 

Espero que os ayude, hasta pronto,

Bruno