Comprueba URLs en archivos R markdown

Hola,

una tarea habitual cuando mantienes material didáctico en la Web es comprobar si los enlaces/URLs contenidos funcionan. Es justo lo que acabo de hacer con un curso que tenemos en https://github.com/eead-csic-compbio/bioinformatics ,  compuesto por varios ficheros en formato R markdown, como por ejemplo https://github.com/eead-csic-compbio/bioinformatics/blob/main/session1.Rmd

En este caso son ochenta y pico enlaces y los he validado con el siguiente one-liner en Perl, que llama al módulo LWP::UserAgent:

perl -MLWP::UserAgent -lne 'if(/\((http[^\)]+)/){ print $1," ",LWP::UserAgent->new(timeout => 10)->get($1)->is_success ? "OK":"KO" }' *.Rmd 

Espero que os ayude, hasta pronto,

Bruno

 

Acceso a FTP de Ensembl desde un navegador web

En abril de 2021 Mozilla Firefox dejó de soportar el protocolo FTP (ver anuncio). Tras Google Chrome y Safari fue el último navegador en dar el paso, al parecer por los fallos de seguridad de ese vetusto protocolo. 

Dado que FTP sigue siendo la principal forma de descargar grandes volúmenes de datos desde Ensembl, hay dos alternativas para navegar el servidor FTP:

1) Instalar el cliente filezilla y decirle a Firefox al abrir un enlace FTP que use siempre FTP para abrirlo.

2) Acceder a los mismos datos con el protocolo HTTP, tal como me explicó mi colega Michal Szpak, cambiando la URL de 

ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/

a

http://ftp.ebi.ac.uk/ensemblgenomes/pub/plants

Hasta pronto,

Bruno