footprintDB moved to a new server

Dear all,

shortly after the changes reported on Twitter, our server footprintDB, first published in 2014, has moved to a new server.

The new URL is https://footprintdb.eead.csic.es and accesses to the old site [http://floresta.eead.csic.es/footprintdb] will be redirected here. 

Here's a summary of updates:

• A new release of the EEADannot collection was produced.
  
• Downloadable data are now CC-BY-NC-SA license, leaving out RegulonDB.
• The new server supports certbot HTTPS, runs mariadb instead of mysql, and deprecates the SOAP Web Services interface, and its client (https://github.com/eead-csic-compbio/footprintDBclient).
• The plant contents currently include 1233 transcription factors and 2252 DNA motifs.
  

Motif of BIL1/BZR1, https://footprintdb.eead.csic.es/index.php?db:EEADannot&motif=BZR1.

 

Have a nice week,

Bruno

Mide la huella de carbono de los algoritmos

Hola,

hace unos días nuestra colega Ana Conesa se hacía eco de una dispositiva de Roderic Guigó donde se resumía la huella de carbono de dos algoritmos para predicción de genes en genomas (Geneid vs Augustus):

Aunque falta contexto como las versiones de los programas o los datos de entrada, en este ejemplo se puede ver que el algoritmo de la izquierda es energéticamente mucho más eficiente que el de la derecha.

En https://www.green-algorithms.org puedes hacer este tipo de cálculos para los algoritmos que tu usas, tanto con lo calculadora en línea, como con un script python para sistemas de cálculo que usen SLURM.

Un saludo y buena semana,

Bruno