19 de enero de 2021

Recursos en línea sobre el lenguaje Perl

Hola,  

la bioinformática se escribe en muchos lenguajes de programación. Aunque seguramente es ahora más minoritario, por el empuje de lenguajes como Python o R en nichos como el aprendizaje automático o la estadística, uno de los lenguajes que ha tenido mucho peso en nuestra disciplina es Perl. De ahí el nombre del blog.

Para mi la principal fortaleza de Perl es lo eficiente que es para manipular ficheros de texto y para describir y ejecutar tareas complejas que llamen a otras herramientas. Y por supuesto sus enormes colecciones de módulos (core & CPAN), que puedes instalar con https://metacpan.org/pod/App::cpanminus

En cualquier caso, si estás aprendiendo a programar en Perl, o necesitas entender programas o módulos escritos por otras personas, hay buenos recursos en línea:

Hasta luego,

Bruno

 





14 de enero de 2021

Introduction to Bioinformatics for plant breeders

Hi, Najla Ksouri and me recently put together teaching material about Bioinformatics resources and best-practices for plant-breeders.

The material can be found at https://eead-csic-compbio.github.io/bioinformatics

It comprises four sessions and the goal is for you to explore some bioinformatics resources and databases which can be useful in plant breeding and genomics, using both standalone and Web-based tools. The last two sessions are about reproducible analysis practices and software benchmarks.

session title required time URL



1 Annotation of coding sequences 4h session 1
2 Analysis of non-coding sequences 4h session 2
3 Reproducible analysis practices 2h session 3
4 Benchmarks 2h session 4





 

If you spot errors please send pull requests, hope this helps some of you out there,

Bruno