cómo instalar LaTeX2HTML

Hola,
hoy quiero compartir cómo instalar el conversor latex2html, una herramienta basada en Perl ya veterana, que ha pasado por varias manos, pero que para mi ha sido muy útil. El problema es que ha pasado ya por las manos de diferentes autores y con el paso del tiempo la versión que puedes instalar en Ubuntu 19.04 ya no me funcionaba bien. Por suerte, el código está en https://github.com/latex2html/latex2html

En mi caso la solución fue comprobar que el binario pdftocairo estaba disponible y despuñes instalarlo de esta manera:

git clone git@github.com:latex2html/latex2html.git

cd latex2html 

export p2c=`which pdftocairo`

./configure --with-pdftocairo=$p2c
make
sudo make install

Aunque ahora casi siempre escribo documentación de código con R markdown  (ver ejemplos en https://github.com/eead-csic-compbio/barley-agroclimatic-association), sigo utilizando latex2html cuando uso LaTeX, como por ejemplo en los manuales de GET_HOMOLOGUES,
un saludo,
Bruno

9 años de #!/perl/bioinfo

Hola,

ayer me dí cuenta de que este blog lleva en marcha ya más de 9 años, así que he hecho un rápido análisis de a quién y dónde llegan los 258 artículos publicados. A continuación muestro algunos datos de Google Analytics (GA), empezando por la gráfica de visitantes:

Usuarios entre el 31/05/2010 y el hasta el 11/11/2019 (GA)

En total hemos tenido 67.191 usuarios, que han visto un total de 111.806 páginas (263.069 según Blogger) en 86.288 sesiones, gastando cerca de un minuto por sesión.

Páginas vistas por países desde 2010 según Blogger.

País de los visitantes en los últimos 30 días (GA).

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Lengua del navegador

1.	es-es	5.936	37,67 %
2.	en-us	3.326	21,11 %
3.	es	2.111	13,40 %
4.	es-419	1.461	9,27 %
5.	es-mx	439	2,79 %
6.	es-us	404	2,56 %
7.	pt-br	364	2,31 %
8.	en-gb	356	2,26 %

País

1.	Spain	5.008	31,87 %
2.	Mexico	2.345	14,92 %
3.	United States	1.640	10,44 %
4.	Colombia	1.178	7,50 %
5.	Chile	843	5,36 %
6.	Argentina	714	4,54 %
7.	Peru	638	4,06 %
8.	Brazil	525	3,34 %
9.	Ecuador	307	1,95 %
10.	United Kingdom	258	1,64 %

Ciudad

1.	(not set)	1.628	10,09 %
2.	Madrid	1.113	6,90 %
3.	Mexico City	684	4,24 %
4.	Chicago	635	3,94 %
5.	Santiago	576	3,57 %
6.	Bogota	535	3,32 %
7.	Barcelona	520	3,22 %
8.	Valencia	300	1,86 %
9.	Ashburn	286	1,77 %
10.	Buenos Aires	250	1,55 %

Sistema operativo

1.	Windows	9.508	60,59 %
2.	Linux	1.973	12,57 %
3.	Android	1.755	11,18 %
4.	Macintosh	1.527	9,73 %
5.	iOS	618	3,94 %

Hasta pronto,
Bruno

Cómo identificar pseudogenes en plantas

Hola,
hoy comparto un artículo publicado hace unos meses por Jianbo Xie y colaboradores donde explican su estrategia para anotar pseudogenes en genomas de plantas.

Puedes ver la definición completa de pseudogen en wikipedia, yo la resumo así:

Un pseudogén es un segmento de ADN que deriva de otro gen y que ha perdido al menos parte de su función original en cuanto a su expresión o la codificación de una proteína por acumulación de mutaciones. Se generan por recombinaciones imprecisas,  duplicaciones o retrotransposición y en principio pueden confundirse con neogenes al inicio de su ciclo.

El algoritmo de Xie et al para identificar pseudogenes en zonas intergénicas enmascaradas, donde se supone que no hay genes, se resume en este diagrama:

http://www.plantcell.org/content/31/3/563.long

Como podéis ver utiliza exonerate y tfasty (más preciso) para alinear secuencias de proteínas conocidas contra ADN genómico, BLASTP y Orthomcl para grupar los pseudogenes en familias, y finalmente MCScanX para localizar parejas de pseudogenes posiblemente relacioanas por duplicación.

Un saludo,
Bruno