espero que hayáis tenido un mejor domingo que yo.
Llegué ayer a Sitges con la ilusión de visitar de nuevo Catalunya, y un poco de inquietud por lo que pudiera pasar a lo largo del día con motivo del 1-O. Cuando empezó el congreso ya muchos habíamos visto las imágenes de violencia, y según iban pasando las sesiones se me fueron quitando las ganas de ciencia, y eso que la charla de Ed Buckler fue impresionante. Pero es que ayer vimos de frente a dos monstruos que son vecinos nuestros y que no esperan a nadie. De un lado, a los provocadores que se creen dueños de la democracia y no dudan en dividir esta tierra saltándose las reglas que le convienen, y del otro a los que no tienen nada que escuchar, ya se lo saben todo, pero no dudan en sacar las porras. Los que estamos en medio llevamos demasiado tiempo callados, hasta cuándo nos lo podremos permitir? A los que nos gusta este país, con su riqueza de gentes y culturas, no nos representan ni los unos ni los otros, ahora es el momento de hacernos oír.
PD
Ed Buckler repasó la historia de la mejora de
plantas hasta el estado actual, que él llama breeding 4.0. Si la versión 1.0 se basaba en la selección
fenotípica, la 2.0 en ensayos controlados y la 3.0 en la selección genómica, el
paradigma actual es la mejora por diseño de genomas. Defiende el uso de
información evolutiva en mejora por aumentar el poder estadístico. En maíz el
límite de detección de diferencias es de 5/granos (kernels) por planta, mientras que usando información evolutiva y
tamaños efectivos de población grandes es posible llegar a detectar diferencias
de 1 grano entre 250 plantas. El resto de la charla podría resumirse en cómo se
acumulan o pierden los alelos en las variedades élite respecto a los cultivares
antiguos o landraces. Tras analizar maíces
de los últimos 10.000 años concluyen que sólo 5% del genoma ha estado bajo
selección en ese periodo, y por tanto la mayor parte de la variabilidad
genética es neutra. Sin embargo, una parte significativa son mutaciones
deletéreas que explican la heterosis del maíz. Éstas se van eliminando a base
de recombinación y son menos frecuentes en las variedades élite que en los
maíces antiguos. Dado que los alelos deletéreos en regiones centroméricas son
eliminadas con muy baja eficiencia, comenta que se están eliminando con la
tecnología CRISPR. Para ello deben caracterizarlos desde el punto de vista de
su efecto sobre una proteína, con algoritmos como GERP (https://doi.org/10.1038%2fnmeth0410-250)
o SIFT (http://sift.jcvi.org), o por su
efecto sobre la regulación de un gen vecino. En concreto observan que SNPs en
promotores de hasta 5kb que explican % de variación significativos de patrones
de expresión, presentes en frecuencias alélicas bajas, que en general tienen un
efecto desregulador. Finalmente, menciona un estudio en el contexto del
proyecto https://www.panzea.org donde
estudian maíces de toda América por asociación genómica tanto con fenotipos
observados en campo, en múltiples localizaciones, como con datos biogeográficos
(GIS, por ejemplo latitud).
Stefan Rensing, pionero del
estudio de Physcomitrella patens,
explica como la comparación de segmentos sinténicos entre genomas de plantas
terrestres y P. patens ha permitido diseccionar genes de adaptación al medio terrestre.
También menciona en su charla como muchos factores de transcripción (TFs)
importantes en el desarrollo de las plantas aparecieron muy pronto en las
plantas acuáticas, y como su acumulación está estrechamente relacionada con la
complejidad. En concreto menciona que el número de TFs en diferentes genomas de
plantas terrestres se correlaciona con el número total de tipos celulares (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20644220).
James Schnable. El número de
genes en el genoma de maíz no para de aumentar a causa de genes accesorios
(presencia/ausencia, PAV), lnRNAs y secuencias que se transcriben como helitrones.
Podemos permitirnos anotarlos todos? Qué es un gen? Definición pragmática: algo
que si lo mutas tiene fenotipo en alguna condición interesante. Dice que estos
suelen ser sinténicos al comparar especies (https://genomevolution.org/coge). Cómo se originan los fenotipos? Por
cambios en la proteína o en su regulación. Sin embargo, sólo un pequeña parte
de los cambios no sinónimos tienen fenotipo. A continuación explica las
secuencias no codificantes conservadas entre especies (CNS), que se definen
como palabras de al menos 15 bases conservadas, a menudo más que un sitio cis típico. Muestra datos de maíz, sorgo
y Setaria italica que sugieren que genes
ortólogos sinténicos a menudo no comparten secuencias reguladoras, ni CNS, ni patrones
de expresión, al menos en sus experimentos de frío (maíz vs sorgo, posiblemente
no la mejor condición experimental para estas especies). Entre los ortólogos
que no comparten expresión hay más TFs que los esperados. Su conclusión es que
la regulación es un carácter que cambia muy rápido y potencialmente neutral
para muchos genes en muchos contextos.
Victor Albert habla sobre plantas
carnívoras, que han aparecido varias veces entre las angiospermas. Están
ensamblando dos genomas del género Drosera
combinando datos Illumina, PacBio y HiC. A pesar de que tienen ensamblajes sin
terminar ya han podido comprobar por autoalineamiento que hay varios eventos de
duplicación de cromosomas cuando los comparan con otras especies, como Vitis vinifera. Menciona que el hábito
carnívoro parece haber evolucionado a partir de una estrategia de defensa
frente a insectos herbívoros, y que esto se ve reflejado en un enriquecimiento
en genes relacionados y en tándem.
Mike Sanderson habla sobre
genómica de cactus columna de Arizona, como los saguaros. Su mensaje es que cuando
hacen filogenias génicas encuentran muchos árboles (https://academic.oup.com/sysbio/article/57/3/503/1666092/Hemiplasy-A-New-Term-in-the-Lexicon-of).
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