mean sequence length in FASTA

Hola,
para calcular la longitud promedio de las secuencias de un fichero FASTA estábamos usando el siguiente comando de Perl en el terminal, modificado de otro en https://eead-csic-compbio.github.io/perl_bioinformatica/node90.html:

$ time perl -lne 'if(/^(>.*)/){$h=$1}else{$fa{$h}.=$_} END{ foreach $h (keys(%fa)){$m+=length($fa{$h})}; printf("%1.0f\n",$m/scalar(keys(%fa))) }' ~/db/swissprot
376

real 0m4.943s
user 0m4.488s
sys 0m0.452s

Sin embargo, para ficheros de metagenomas era muy lento, y lo hemos reemplazado por este otro, que no guarda las secuencias en memoria (en un hash llamado %fa):

$ time perl -lne 'if(/^(>.*)/){$nseq++;$m+=$l;$l=0}else{$l+=length($_)} END{ $m+=$l; printf("%1.0f\n",$m/$nseq) }' ~/db/swissprot

376

real 0m2.013s
user 0m1.880s
sys 0m0.132s

Hasta luego,
Bruno

semillas con licencia Open Source

Hola,

los que programamos en entornos académicos llevamos muchos años usando software distribuido con licencias de tipo Open Source (OS). De hecho, ahora mismo el canal de distribución de software más popular es GitHub, donde para alojar un nuevo proyecto debes elegir qué tipo de licencia OS le otorgas como creador.

A pesar de las controversias y del debate sobre la propiedad intelectual, este modelo ha tenido la ventaja de permitir que otros creadores aprovechen de manera eficiente los avances hechos por otros y creen soluciones mejores de las que al final todos nos beneficiamos. Una condición general de estas licencias es que el producto resultante sea también OS. Así funcionan las distribuciones Linux, por ejemplo, o gran parte del sistema operativo Mac OS X.

Variedad de tomate Sunviva del catálogo Open Source Seeds. Foto tomada de http://www.nature.com/nbt/journal/v35/n8/full/nbt0817-700.html.

Leo en Nature Biotechnology que estas licencias se están empezando a usar ahora para distribuir variedades y semillas, bajo el amparo de http://osseeds.org, como manera de acelerar y facilitar el intercambio legal de materiales vegetales. Veremos en los próximos años si también en este contexto las licencias OS son un motor de innovación, y como conviven con las empresas y cooperativas de semillas convencionales,
hasta luego,
Bruno