el estadístico N50 se usa a menudo para resumir a grosso modo un ensamblaje de secuencias, que generalmente es un fichero FASTA con una serie de contigs.
Modificando la definición de la wikipedia, N50 es la longitud de contigs tal que usando contigs de igual o mayor tamaño recuperamos la mitad de las bases de ese ensamblaje.
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| Figura tomada de http://bmpvieira.github.io/assembly14. |
Hoy solamente quería compartir un comando one-liner de Perl que nos permite calcularlo:
$ perl -lne 'if(/^>(\S+)/){$h=$1} else {$l=length($_);$TL+=$l;$L{$h}+=$l} \
END{ foreach $s (sort {$L{$b}<=>$L{$a}} keys(%L)){ $t+=$L{$s}; \
if($t>$TL/2){ print "N50=$L{$s}";exit }}}' assembly.fasta
Cuidado al copiarlo al terminal desde el blog, mejor hacerlo línea a línea,
hasta pronto, Bruno
