Escapar caracteres especiales en un texto antes de utilizar expresiones regulares

Hoy me he encontrado con un pequeño bug del script 'pfam_scan.pl' que sirve para buscar diferentes secuencias de proteínas en una base de datos de dominos de  Pfam (HMMs), todo ello usando la herramienta 'hmmscan' de HMMER3.

El error simplemente consistía en que una subrutina insertaba variables dentro de una expresión regular sin haber escapado los caracteres especiales previamente, con lo cual se insertaban directamente caracteres del tipo '(', '/', ... directamente dentro de la expresión regular y no funcionaba como era deseado.

Para evitarlo basta con escapar dichos caracteres especiales insertando el texto entre '\Q' y '\E' como bien nos ha sugerido Joaquín (más información en perlop):

 my $text_with_special_chars = 'abc$%()/def';  
 my $start_of_text_to_search = '$%';  
   
 $text_with_special_chars =~ /(\Q$start_of_text_to_search\E.+)/;  
   
 print $1; # $1 = '$%()/def'