Liga Portuguesa de Bioinformática (LBP)

The Portuguese League of Bioinformatics (LPB) is an international competition dedicated to Bioinformatics and Computational Biology (https://lpb.pt). Inspired by the Brazilian League of Bioinformatics (LBB), the LPB's main objective is to promote the development and continuous training of students and researchers in these areas.

The competition aims to integrate higher education students and emerging professionals, creating a platform that encourages the exchange of knowledge and the formation of a talent pool in Bioinformatics. The LPB allows participants to face real challenges, increasing their skills and creating opportunities for collaboration and innovation within the scientific community.

With a competitive format that assesses both theoretical and practical knowledge, the LPB fosters creativity, teamwork and the application of advanced technologies in the field of Bioinformatics.

The LPB aims to inspire and connect the Bioinformatics and Computational Biology community through this exciting competition  Liga Portuguesa da Bioinformática (LPB). We could not be happier with the contributions we have received! We kindly ask for your support in promoting the LPB within your network of colleagues, students, and institutions. Your help in spreading the word will be crucial to expanding participation and strengthening our community of Bioinformatics and Computational Biology enthusiasts.

 

Important Dates

• Registration deadline: 24 January 2025
• 1st Round:
  The first round will take place on 7 February 2025 at 11:00 am (GMT). Results will be announced by 14 February 2025.
• 2nd Round:
  The second round will be held on 27 and 28 February 2025, with results available by 7 March 2025.
• 3rd Round:
  The third round will begin immediately after the results of the second round and will conclude at the Bioinformatics Open Days, scheduled for 26–28 March 2025.

Event Website

For further details, participants can visit the website: https://lpb.pt

Proteínas y dominios en la inmunidad de las plantas

Un tema recurrente en la literatura genómica de plantas son los genes de resistencia a enfermedades, que tienen valor agronómico y son sospechosos habituales en los estudios a escala pangenómica. Hemos hablado de ellos en este blog, por ejemplo aquí. 

Trabajos recientes, resumidos por JL Dangl y JDG Jones, sugieren que hay mecanismos de defensa mediados por derivados de nucleótidos (pRib-AMP y pRib-ADP) que convergen a una ruta común en especies mono y dicotiledóneas.

Fuente: https://doi.org/10.1126/science.adu4930

Estas son las proteínas y dominios que debes aprender a reconocer para entender estos mecanismos:

• Nucleotide-binding leucine-rich repeat (NLR o NB-LRR). Cuando contienen dominios N-terminales Toll/interleukin-1 receptor (TIR) forman parte de la clase de receptores de inmunidad innata de las dicotiledóneas (TNLs).
  
• Las monocotiledóneas no tienen TNLs. En cambio, tienen proteínas “TIR-only” proteins, ROD1 (Ca2+-binding C2 class) y EDS1, PAD4, y ADR1 (que perciben las moléculas señal). Tras la infección ROD1 es degradada por ubiquitina ligasas E1 (RIP1, APIP6).
  
• Nicotinamide adenine dinucleotide glycohydrolases (NADasas) con dominios TIR oligomerizan con TNLs y efectores de virulencia para producir moléculas señal basadas en nucleótidos.
  
• Lipase-like EDS1 (enhanced disease susceptibility 1). Forma heterodímeros con SAG101 (senescence-associated gene 101) or PAD4 (phytoalexin-deficient 4).
• NLR ayudantes ADR1 (activated disease resistance 1) o NRG1 (N required gene 1), reclutados por EDS1 para formar canales de calcio membranales que desencadenan muerte celular.
  

footprintDB January 2025 version

Hi, we just updated the motifs, transcription factors and sites in the database footprintDB. 

The January 2025 version adds:

1)  Motifs inferred from  protein-DNA complexes at the Protein Data Bank, added to 3d-footprint by  19/12/2024; note the complexes are also used to annotate interface residues  of all transcription factors (TFs).

2) New plant data at EEADannot, with TFs assigned to Plant-TFClass families (see repo).

The current contents include:

	total	unique	metazoa	plants
Transcription Factors	9976	7322	4839	1256
DNA motifs (PSSM)	17117	14828	8893	2962
DNA Binding Sites/Sequences	68358

The footprintDB motifs have also been synced with RSAT (see repo), see you soon,

Bruno

Nuevos logos de Perl

Hola, por si los encontráis por ahí, estos son los logos actualizados de Perl (la historia completa la cuentan aquí):

Redes de la bioinformática en España, versión 2024

Hola, antes de que termine 2024 quería recordar las redes que tenemos en España para comunicarnos y colaborar con colegas de profesión y jóvenes investigadores en diferentes momentos de su carrera. Espero esta información sea útil, feliz año!

• El Instituto Nacional de Bioinformática (INB), que ha organizado desde el principio las Jornadas de Bioinformática que han ido pasando por varios puntos de la geografía. Las de 2025 serán en octubre en Madrid y será ibérica, organizada con colegas de Portugal. Actualmente agrupa a diferentes grupos de investigación que producen software que forma parte del catálogo que ofrece el nodo ES de ELIXIR y su sede está en el Centro Nacional de Supercomputación (BCS). Escribí sobre el evento All Hands de ELIXIR aquí.
  
• La Sociedad Española de Bioinformática y Biología Computacional (SEBiBC), constituida en 2020 con la misión de integrar profesionales, sociedades y asociaciones científicas relacionadas con la Bioinformática y la Biología Computacional, con el objeto de representar a este colectivo, promover sus logros y determinar y defender sus intereses. Organizó su primer congreso nacional en octubre de 2024 en Valencia, como contamos aquí, y alternará cada dos años con el INB.
  
• La conexión BCB del CSIC, una red "para el establecimiento de conexiones estables entre investigadores de distintas disciplinas en torno a temáticas de frontera", en este caso la bioinformática. Agrupa a numerosos grupos del CSIC, organiza actividades de formación y tiene convocatorias para financiar estancias de jóvenes investigadores en centros distintos al suyo y para que se inicien en esta disciplina. Organiza un congreso de 3 días en marzo de 2025 en Madrid.
  
• El Regional Student Group en España del International Society of Computational Biology Student Council, que publica con regularidad en https://x.com/RSGSpain y en otras redes sociales (ver aquí).
  
• Es posible que en tu comunidad autónoma haya alguna sociedad de bioinformática que organice eventos. Por ejemplo, en Andalucía llevan unos cuantos años organizando las Jornadas Andaluzas de Bioinformática (JABI), de las que he hablado aquí.
  

Fuente: https://elixir-europe.org/communities