Mapamundi NGS

¿Te has preguntado alguna vez dónde puedes secuenciar ácidos nucleicos?
¿Estás buscando un servicio que ofrezca 'runs' en el Polonator o en Illumina HiSeq?
¿Quieres saber cuántos secuenciadores de DNA hay en tu ciudad y qué modelos son?
¿Dónde está el secuenciador más septentrional del planeta? ¿Y el más meridional?
¿Hay secuenciadores en la Antártida o en Hawai?

Hola,
en esta nueva entrada recomendamos un pequeño pasatiempos, una aplicación web basada en Google Maps que nos permite visualizar la localización de los distintos centros de secuenciación y, más concretamente, de los aparatos de secuenciación (NGS, claro) a lo largo y ancho del planeta.

Next Generation Genomics: World Map of High-throughput Sequencers

 

Y no sólo permite visualizar, ya que pretende que sean los usuarios los que añadan los centros y/o secuenciadores, y corrijan las localizaciones. Así que ya sabes, si conoces un secuenciador que no aparece en el mapa añádelo. Además, cuenta con un sencillo filtro en la parte superior, con el cual visualizar solamente los modelos de interés o hacer una rápida comparativa; y con un desplegable para poder ir directamente a un país concreto.

La aplicación fue creada mediante Google Maps API, JQuery, MarkerClusterer, LabeledMarker, Django y SQLite, en la Universidad de Birmingham.

Un saludo, hasta una nueva entrada,
Carlos

Adiós a ClustalW

Hola,
en esta entrada quería enterrar al ya vetusto ClustalW, el programa de alineamiento múltiple más citado de la historia. En realidad lo acaban de enterrar sus propios autores en este artículo, donde presentan a su sucesor Clustal Omega. Como es habitual en Bioinformática, los autores ponen a prueba el nuevo programa de alineamiento comparándolo con las principales opciones de software disponibles, incluyendo al viejo ClustalW. Las comparaciones son bastante extensas, usando hasta 3 baterías de alineamientos, como son BALiBASE y HomFam (creadas por el entorno de Clustal) y Prefab, creada por el autor de MUSCLE, Robert Edgar. En la siguiente tabla, abreviada de la original, se muestran los resultados promediados sobre el conjunto BALiBASE de 218 familias de proteínas:

Aligner	Av score (218 families)							Tot time (s)
MSAprobs	0.607							12 382.00
Probalign	0.589							10 095.20
MAFFT (auto)	0.588							1475.40
Probcons	0.558							13 086.30
Clustal Ω	0.554							539.91
T-Coffee	0.551							81 041.50
Kalign	0.501							21.88
MUSCLE	0.475							789.57
MAFFT (default)	0.458							68.24
FSA	0.419							53 648.10
Dialign	0.415							3977.44
PRANK	0.376							128 355.00
ClustalW	0.374							766.47

En cuanto a poder decir si efectivamente Clustal Omega es el mejor alineador disponible en la actualidad habrá que esperar el veredicto de la comunidad y ver qué le parecen a Rober Edgar los parámetros de MUSCLE que se usaron en las pruebas, pero no parece superar en precisión a MAFFT en modo automático.
Sin embargo, las tablas del artículo (1 , 2 , 3) muestran que la inclusión de modelos ocultos de Markov (HMMs) y árboles guía mBed produce alineamientos de mucha mayor calidad (y en menor tiempo) que ClustalW, que es más lento para producir peores alineamientos. Clustal Omega puede alinear conjuntos de miles de secuencias, pero por el momento, sólo de aminoácidos, por lo que talvez sigamos usando ClustalW o MAFFT para alinear nucleótidos, no?

Por cierto, al compilar el código fuente de http://www.clustal.org/omega/clustal-omega-1.0.3.tar.gz en mi Ubuntu 10.04 tuve que instalar el paquete libargtable2-dev , un saludo,
Bruno

Perl Moderno?

Hoy me gustaría recomendar 'Modern Perl', que es un librito curioso porque:

1) contiene muchas recetas explicadas a base de ejemplos sobre los diferentes aspectos del lenguaje Perl, reflexionando sobre el famoso principio 'there is more than way to do it' y sobre las ventajas de unas maneras sobre otras de hacer la misma operación. Por ejemplo, se explica que el siguiente bucle:

 my @tripled;  
 my $count = @numbers;  
 for (my $i = 0; $i < $count; $i++)  
 {  
   $tripled[$i] = $numbers[$i] * 3;  
 }  

se puede expresar también como:

 my @tripled = map { $_ * 3 } @numbers;  

También por ejemplo muestra que igual que escribimos a un archivo podemos hacerlo a una variable escalar:

 my $captured_output;  
 open(OUTSTRING,'>',\$captured_output);  

2) es adecuado para principiantes del lenguaje y para gente más experta, ya que reflexiona sobre cuestiones de estilo y eficiencia, y además propone módulos clave de CPAN para facilitarnos la vida y hacer el código más robusto y portable

3) los autores del libro han dispuesto su libre descarga en diferentes formatos, por ejemplo en PDF

Que aproveche,
Bruno

Regulación por microRNAs exógenos de la dieta?

Hola,
uno de los temas principales que estudiamos en nuestro laboratorio es la regulación de la expresión génica, que como sabéis puede darse a varios niveles.
Si hace poco nuestro colega Lorenz Bülow nos contaba en un seminario de la EEAD  la integración de la regulación transcripcional y postranscripcional en la planta modelo Arabidopsis thaliana, organizada en la base de datos relacional AthaMap, hoy descubro un artículo reciente en Cell Research donde los autores publican evidencia de la presencia de cerca de 30 microRNAs de arroz en muestras de sangre de poblaciones humanas y de ganado en China. El artículo, que parte de muestreos masivos de secuencias y luego confirma los resultados por PCR, sugiere de manera convincente que algunos microRNAs expresados en el grano de arroz, dieta fundamental de las poblaciones estudiadas, pueden regular la expresión génica de sus comensales. Seguro que el artículo será puesto a prueba en posteriores análisis y estudios, para validarlo de manera inequívoca, porque estas observaciones desvelan dos hechos que sin duda tendrán mucho impacto:
1) puede haber transferencia de ácidos nucleicos de las plantas a los mamíferos que se las comen, a pesar de la digestión
2) puede haber fenómenos de regulación genética en la naturaleza a través de la dieta sin que medien hormonas, directamente por microRNAs, moléculas en torno a los 22 ribonucleótidos de tamaño, capaces de atravesar los epitelios del tracto digestivo

fuente: http://mcb.berkeley.edu/labs/he/Research.htm

Recomiendo la lectura de la fuente original y si tenéis algo que añadir por favor usad los comentarios, un saludo,
Bruno

Guía de campo de tecnologías de secuenciación

Hola,
ayer me encontré en la Red una revisión, publicada en Mayo de 2011 por TC Glenn, que contiene la siguiente tabla, muy útil  para comparar de un vistazo las plataformas de secuenciación de segunda generación disponibles actualmente:

Tabla original publicada en Molecular Ecology Resources

Esta tabla se complementa con otras disponibles en la 'NGS Field Guide', actualizadas regularmente, incluyendo por ejemplo los costes y los tipos de errores más frecuentes en cada una de ellas. De hecho habrá que esperar para tener datos empíricos de los errores típicos de la plataforma IonTorrent, que por ahora se basan en datos proporcionados por la compañía (previas a su publicación en Nature el pasado mes de Julio).
Hasta otra, Bruno