Perl Moderno?

Hoy me gustaría recomendar 'Modern Perl', que es un librito curioso porque:

1) contiene muchas recetas explicadas a base de ejemplos sobre los diferentes aspectos del lenguaje Perl, reflexionando sobre el famoso principio 'there is more than way to do it' y sobre las ventajas de unas maneras sobre otras de hacer la misma operación. Por ejemplo, se explica que el siguiente bucle:

 my @tripled;  
 my $count = @numbers;  
 for (my $i = 0; $i < $count; $i++)  
 {  
   $tripled[$i] = $numbers[$i] * 3;  
 }  

se puede expresar también como:

 my @tripled = map { $_ * 3 } @numbers;  

También por ejemplo muestra que igual que escribimos a un archivo podemos hacerlo a una variable escalar:

 my $captured_output;  
 open(OUTSTRING,'>',\$captured_output);  

2) es adecuado para principiantes del lenguaje y para gente más experta, ya que reflexiona sobre cuestiones de estilo y eficiencia, y además propone módulos clave de CPAN para facilitarnos la vida y hacer el código más robusto y portable

3) los autores del libro han dispuesto su libre descarga en diferentes formatos, por ejemplo en PDF

Que aproveche,
Bruno

Regulación por microRNAs exógenos de la dieta?

Hola,
uno de los temas principales que estudiamos en nuestro laboratorio es la regulación de la expresión génica, que como sabéis puede darse a varios niveles.
Si hace poco nuestro colega Lorenz Bülow nos contaba en un seminario de la EEAD  la integración de la regulación transcripcional y postranscripcional en la planta modelo Arabidopsis thaliana, organizada en la base de datos relacional AthaMap, hoy descubro un artículo reciente en Cell Research donde los autores publican evidencia de la presencia de cerca de 30 microRNAs de arroz en muestras de sangre de poblaciones humanas y de ganado en China. El artículo, que parte de muestreos masivos de secuencias y luego confirma los resultados por PCR, sugiere de manera convincente que algunos microRNAs expresados en el grano de arroz, dieta fundamental de las poblaciones estudiadas, pueden regular la expresión génica de sus comensales. Seguro que el artículo será puesto a prueba en posteriores análisis y estudios, para validarlo de manera inequívoca, porque estas observaciones desvelan dos hechos que sin duda tendrán mucho impacto:
1) puede haber transferencia de ácidos nucleicos de las plantas a los mamíferos que se las comen, a pesar de la digestión
2) puede haber fenómenos de regulación genética en la naturaleza a través de la dieta sin que medien hormonas, directamente por microRNAs, moléculas en torno a los 22 ribonucleótidos de tamaño, capaces de atravesar los epitelios del tracto digestivo

fuente: http://mcb.berkeley.edu/labs/he/Research.htm

Recomiendo la lectura de la fuente original y si tenéis algo que añadir por favor usad los comentarios, un saludo,
Bruno

Guía de campo de tecnologías de secuenciación

Hola,
ayer me encontré en la Red una revisión, publicada en Mayo de 2011 por TC Glenn, que contiene la siguiente tabla, muy útil  para comparar de un vistazo las plataformas de secuenciación de segunda generación disponibles actualmente:

Tabla original publicada en Molecular Ecology Resources

Esta tabla se complementa con otras disponibles en la 'NGS Field Guide', actualizadas regularmente, incluyendo por ejemplo los costes y los tipos de errores más frecuentes en cada una de ellas. De hecho habrá que esperar para tener datos empíricos de los errores típicos de la plataforma IonTorrent, que por ahora se basan en datos proporcionados por la compañía (previas a su publicación en Nature el pasado mes de Julio).
Hasta otra, Bruno

Leyendo archivos comprimidos .gz

Hola,
tras la entrada 'Compresión de secuencias de ADN', que ya utilizaba el módulo estándar Compress::Zlib, en este ejemplo se muestra como leer línea a línea un archivo comprimido con los algoritmos de la librería zlib. En particular este ejemplo lee un archivo FASTA de gran tamaño sin necesidad de descomprimirlo entero.  Lo he probado con éxito en Linux (con el intérprete Perl que viene instalado en Ubuntu 10.04) y también en Windows (con ActiveState Perl).

 use strict;  
 use Compress::Zlib;  
 # http://perldoc.perl.org/Compress/Zlib.html  
   
 my $filename = '/path/to/swissprot.gz';  
 # ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/  
   
 my $gz = gzopen($filename,'rb') ||   
    die "# Cannot open $filename: $gzerrno\n" ;  
 while($gz->gzreadline($_) > 0)   
 {  
   # haz algo con esta linea, guardada en $_, por ejemplo   
   # imprime los identificadores GenBank encontrados  
    if($_ =~ /^>/ && /(gi\|\d+)/){ print "$1\n" }  
 }  
   
 if($gzerrno != Z_STREAM_END)  
 {  
    die "# Error reading from $filename: $gzerrno\n"  
 }  
   
 $gz->gzclose();  

Hasta pronto, Bruno

Decodificando la Gene Ontology (C/C++)

Hola,
como continuación de la entrada anterior os pongo hoy código en C/C++ para hacer exactamente la misma tarea, aprovechando las estructuras de datos e iteradores de la Standard Template Library (STL). En mis pruebas, esta implementación es aproximandamente el doble de rápida que la de Perl. Por cierto, se compila con:  
$ gcc -o get_go_annotation get_go_annotation.cpp myGOparser.cpp -lstdc++

El código fuente incluye 3 ficheros:


1) get_go_annotation.cpp

 #include <stdio.h>  
 #include <stdlib.h>  
 #include <string>  
 #include <map>  
 #include "myGOparser.h"  
 using namespace std;  
   
 #define DEFFLATFILE "/path/to/gene_ontology.1_2.obo";  
   
 int main(int argc, char *argv[])  
 {   
    if(argc == 1)  
    {  
       printf("# usage: ./get_go_annotation <GO:0046983>\n\n");  
       exit(-1);  
    }  
      
    string input_term = argv[1];  
    string flatfile_name = DEFFLATFILE;   
    int n_of_records = 0;  
    map <string, GOnode> parsedGO;  
      
    printf("# parsing GO flat file ... ");  
    n_of_records = parse_GO_flat_file(flatfile_name, parsedGO);  
    printf("done (%d records)\n\n",n_of_records);  
      
    string annot = get_full_annotation_for_term(input_term,parsedGO);  
    printf("%s\n",annot.c_str());  
      
    exit(0);  
 }  

2) myGOparser.h

 /* Bruno Contreras-Moreira, 2011 EEAD/CSIC */   
 #include <stdio.h>  
 #include <stdlib.h>  
 #include <string>  
 #include <vector>  
 #include <map>  
   
 using namespace std;  
   
 #define LINE 400  
 #define FIELD 200  
   
 struct GOnode   
 {  
    string name;  
    vector <string> parents;     
 };  
   
 int parse_GO_flat_file(string &filename, map <string, GOnode> &GO);  
   
 string get_full_annotation_for_term(string &term, map <string, GOnode> &GO);  

3) myGOparser.cpp

 // Bruno Contreras-Moreira, 2011 EEAD/CSIC  
 #include <string.h>  
 #include <map>  
 #include "myGOparser.h"  
   
 using namespace std;  
   
 int parse_GO_flat_file(string &filename, map <string, GOnode> &GO)  
 {  
    // 1) parse flat GO file  
    FILE * gofile = fopen(filename.c_str(),"r");  
    if(gofile == NULL)  
    {  
       printf("# parse_GO_flat_file : cannot read %s, exit ...\n",  
          filename.c_str());  
       return 0;  
    }  
      
    int n_of_records = 0;  
    char line[LINE], field[FIELD];  
    string term,name,alt_id,parent;  
    map <string, string> synonym;  
    while( fgets(line, LINE, gofile) != NULL )  
    {  
      /*[Term]  
       id: GO:0006355  
       name: regulation of transcription, DNA-dependent  
       namespace: biological_process  
       alt_id: GO:0032583  
       is_a: GO:0010468 ! regulation of gene expression */  
         
       if(strncmp(line,"id:",3) == 0)  
       {   
          sscanf(line,"id: %s", (char *) &field);  
          term = field;   
          n_of_records++;  
       }  
       else if(strncmp(line,"name:",5) == 0)   
       {  
          strncpy(field,line+6,FIELD-1);  
          field[strcspn (field,"\n")] = '\0'; // chomp  
          name = field;   
          GO[term].name = name;  
       }  
       else if(strncmp(line,"alt_id:",7) == 0)  
       {  
          sscanf(line,"alt_id: %s",(char *) &field);  
          alt_id = field;  
          synonym[alt_id] = term;   
       }  
       else if(strncmp(line,"is_a:",4) == 0)  
       {  
          sscanf(line,"is_a: %s",(char *) &field);  
          parent = field;     
          GO[term].parents.push_back(parent);  
       }  
    }  
    fclose(gofile);  
      
    // 2) link synonims  
    map <string, string>::iterator syn;  
    for(syn = synonym.begin(); syn != synonym.end(); ++syn )   
       GO[syn->first] = GO[syn->second];  
      
    return n_of_records;  
 }  
   
 string get_full_annotation_for_term(string &term, map <string, GOnode> &GO)  
 {  
    string annot, pterm;  
    vector <string>::iterator pit;  
      
    if(GO.find(term) == GO.end())  
    {  
       annot = "[cannot find GO term ";  
       annot += term;  
       annot += "]";  
    }  
    else  
    {  
       if(GO[term].parents.size() == 0)  
       {  
          annot += GO[term].name;  
          annot += "(";  
          annot += term;  
          annot += ") | ";  
       }  
       else  
       {  
          for(pit=GO[term].parents.begin();pit != GO[term].parents.end();++pit)  
          {      
             annot += GO[term].name;  
             annot += "(";  
             annot += term;  
             annot += "), ";  
             annot += get_full_annotation_for_term(*pit,GO);  
            
          }  
       }     
    }  
      
    return annot;  
 }  

Un saludo, Bruno