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21 de octubre de 2020

Proteínas como autómatas finitos

 Hola,

hoy quería comentar un artículo reciente de Bozovic et al,  donde observan el alosterismo de un dominio PDZ al unirse a su péptido ligando (ver más aquí). Lo que me ha llamado más la atención de este trabajo es que combinando medidas experimentales y simulaciones de dinámica molecular, definen poblaciones de conformaciones y cronometran las transiciones, de manera que al final proponen un modelo que parece un autómata finito, como los que se usan en teoría de la computación o para explicar expresiones regulares.

Figura 1. Cambios en la conformación del dominio proteico PDZ2.
Izq: unido a su ligando (trans). Dcha: tras liberarse (cis). Las distancias 
entre los residuos 20,71 y 4,55 sirven para hacer un seguimiento de
las conformaciones en experimentos y simulaciones de dinámica 
molecular. Figura tomada de https://www.pnas.org/content/117/42/26031

Figura 2. Autómata que describe los 5 estados/conformaciones de PDZ2.
El diámetro de cada estado es proporcional a su frecuencia en las
poblaciones moleculares. Las flechas son las transiciones entre estados en ms.
 

Al final, resulta que las herramientas desarrolladas hace décadas en las ciencias de la computación sirven hoy para describir poblaciones de proteínas. O dicho de otro modo, esta proteína computa,

hasta luego,

Bruno


23 de diciembre de 2011

Felices Navidades bioinformáticas!!!

Ya que estamos en Navidad os dejo nuestra felicitación navideña especialmente pensada para los bioinformáticos... con algo de inspiración en estructura tridimensional de proteínas y dianas terapéuticas.

Adjunto la imagen a alta resolución para que podáis intentar adivinar con qué estructura del PDB se han generado las bolas (proteínas) y adornos (ligandos) que decoran el árbol, dejar en los comentarios vuestras respuestas...

Y por supuesto... FELIZ NAVIDAD Y PRÓSPERO AÑO 2012!!!

English version:

In this Christmas time we want to share our Christmas card especially designed for bioinformaticians ... with some inspiration from three-dimensional structure of proteins and therapeutic targets.

It is a high resolution image so you can try to guess from which PDB structure have been extracted the balls (proteins) and ornaments (ligands) that decorate the tree, give your answers in the comment section ...

And of course... MERRY CHRISTMAS AND HAPPY NEW YEAR 2012!!!