Hola,
hoy quería comentar un artículo reciente de Bozovic et al, donde observan el alosterismo de un dominio PDZ al unirse a su péptido ligando (ver más aquí). Lo que me ha llamado más la atención de este trabajo es que combinando medidas experimentales y simulaciones de dinámica molecular, definen poblaciones de conformaciones y cronometran las transiciones, de manera que al final proponen un modelo que parece un autómata finito, como los que se usan en teoría de la computación o para explicar expresiones regulares.
Figura 1. Cambios en la conformación del dominio proteico PDZ2.
Izq: unido a su ligando (trans). Dcha: tras liberarse (cis). Las distancias
entre los residuos 20,71 y 4,55 sirven para hacer un seguimiento de
las conformaciones en experimentos y simulaciones de dinámica
molecular. Figura tomada de https://www.pnas.org/content/117/42/26031
Figura 2. Autómata que describe los 5 estados/conformaciones de PDZ2.
El diámetro de cada estado es proporcional a su frecuencia en las
poblaciones moleculares. Las flechas son las transiciones entre estados en ms.
Figura tomada de https://www.pnas.org/content/117/42/26031
Al final, resulta que las herramientas desarrolladas hace décadas en las ciencias de la computación sirven hoy para describir poblaciones de proteínas. O dicho de otro modo, esta proteína computa,
hasta luego,
Bruno
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