Beca de verano en regulación del cloroplasto

Hola,
nuestro laboratorio en la Estación Experimental de Aula Dei (EEAD-CSIC) tiene experiencia en el desarrollo de herramientas bioinformáticas para el estudio de las redes de regulación transcripcional [1,2] y ha contribuído recientemente al análisis de los genomas cloroplásticos [3].  Ahora ofertamos una beca de verano, de la convocatoria JAE-IntroCP,  con dos objetivos:

1) Sentar las bases para un análisis evolutivo de las huellas filogenéticas de
regulación transcripcional en el cloroplasto, teniendo en cuenta que hay ya
disponibles más de 200 genomas plastídicos en las bases de datos públicas. Este
estudio pretende identificar secuencias reguladoras en los promotores de genes
cloroplásticos ya sean codificados en el propio cloroplasto o en el genoma
nuclear, con el fin de ampliar nuestro conocimiento de la regulación de este
orgánulo esencial para la viabilidad de las plantas [4,5].

2) El aprendizaje por parte del estudiante de herramientas bioinformáticas para el análisis funcional de genomas. A lo largo de la estancia la persona seleccionada se familiarizará con el trabajo cotidiano de la investigación en Bioinformática en el campo de la genómica. Esperamos que los alumnos interesados en este proyecto tengan sólidos conocimientos en Biología Molecular y/o Bioquímica y se valorará especialmente experiencia previa o interés en programar y aplicar herramientas bioinformáticas.

Si estás interesado por favor contacta con:
Inmaculada Yruela Guerrero ( i.yruela at eead.csic.es  )
Bruno Contreras Moreira ( bcontreras at eead.csic.es )

Actualización: Convocatoria publicada el 8 de Abril, el plazo acaba el 23 de Abril


Ejemplos de recursos y publicaciones relevantes para este proyecto son:

[1] http://floresta.eead.csic.es/footprintdb

[2] Lozada-Chávez I, Espinosa Angarica V, Collado-Vides J. and Contreras-Moreira
B.(2008) The role of DNA-binding specificity in the evolution of bacterial regulatory networks. Journal of Molecular Biology, 379(3): 627-43.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2491489/

[3] Yruela,I. and Contreras-Moreira,B. (2012) Protein disorder in plants: a view from the chloroplast. BMC Plant Biology, 12:165
http://www.biomedcentral.com/1471-2229/12/165

[4] Liere K, Weihe A and Börner T. The transcription machineries of plant
mitochondria and chloroplasts: Composition, function, and regulation. Journal of Plant Physiology 168 (2011) 1345–1360.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21316793

[5] Wang Y, Ding J, Daniell H, Hu H and Li X. Motif analysis unveils the possible co-
regulation of chloroplast genes and nuclear genes encoding chloroplast proteins.Plant Mol Biol. 2012 Sep;80(2):177-87.
http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs11103-012-9938-6

Tutorial en el congreso BIFI2013

Hola,
nuestro laboratorio (www.eead.csic.es/compbio) coordinará un tutorial el viernes 1 de Febrero a las 15.00 horas como parte del congreso BIFI 2013. El título es:

Taller de análisis bioinformático de proteínas reguladoras

Resumen: En este taller veremos cómo estudiar por medio de herramientas bioinformáticas propiedades de las proteínas reguladoras, como las regiones intrínsecamente desordenadas, su interfaz de reconocimiento de ADN y la predicción de posibles elementos cis.

Duración: 2 horas

Cómo llegar: http://goo.gl/maps/RFJmj 

Un saludo,
Bruno

PD Un artículo nuestro reciente donde estudiamos el desorden en plantas: http://www.biomedcentral.com/1471-2229/12/165

Regulación por microRNAs exógenos de la dieta?

Hola,
uno de los temas principales que estudiamos en nuestro laboratorio es la regulación de la expresión génica, que como sabéis puede darse a varios niveles.
Si hace poco nuestro colega Lorenz Bülow nos contaba en un seminario de la EEAD  la integración de la regulación transcripcional y postranscripcional en la planta modelo Arabidopsis thaliana, organizada en la base de datos relacional AthaMap, hoy descubro un artículo reciente en Cell Research donde los autores publican evidencia de la presencia de cerca de 30 microRNAs de arroz en muestras de sangre de poblaciones humanas y de ganado en China. El artículo, que parte de muestreos masivos de secuencias y luego confirma los resultados por PCR, sugiere de manera convincente que algunos microRNAs expresados en el grano de arroz, dieta fundamental de las poblaciones estudiadas, pueden regular la expresión génica de sus comensales. Seguro que el artículo será puesto a prueba en posteriores análisis y estudios, para validarlo de manera inequívoca, porque estas observaciones desvelan dos hechos que sin duda tendrán mucho impacto:
1) puede haber transferencia de ácidos nucleicos de las plantas a los mamíferos que se las comen, a pesar de la digestión
2) puede haber fenómenos de regulación genética en la naturaleza a través de la dieta sin que medien hormonas, directamente por microRNAs, moléculas en torno a los 22 ribonucleótidos de tamaño, capaces de atravesar los epitelios del tracto digestivo

fuente: http://mcb.berkeley.edu/labs/he/Research.htm

Recomiendo la lectura de la fuente original y si tenéis algo que añadir por favor usad los comentarios, un saludo,
Bruno