Ofertas de trabajo en bioinformática

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postdoc computational systems biology Luxemburg

Postdoctoral Fellow in Computational Systems Biology at the Luxembourg Centre for Systems Biomedicine in collaboration with the Black Family Stem Cell Institute of the Mount Sinai School of Medicine

http://www.nature.com/naturejobs/science/jobs/425291-postdoctoral-fellow-in-systems-biology

The Computational Biology Group seeks a highly skilled and motivated Postdotoral Fellow to work on an exciting project on the application of network biology approaches to study the role of gene expression stochasticity in cell fate commitment. In particular, the selected candidate shall develop a computational model that integrates transcriptomics and epigenomics data to describe heterogeneity in embryonic stem cells and its implication in differentiation. Single cell and cell perturbation experiments will be performed in order to validate the predictions generated by the model. This project will be carried out in collaboration with Profs. Ihor Lemischka and Kateri Moore at the Black Family Stem Cell Institute of the Mount Sinai School of Medicine. The selected applicant will have the opportunity to visit the experimental labs of our collaborators at the Mount Sinai School of Medicine.

Requirements of the ideal candidate:

• Ph.D. in Bioinformatics, Computer Science, Biology or a related discipline
• Strong computational skills
• Prior experience in mathematical modelling of biological networks, especially in network inference and analysis
• A strong first-author publication record in the fields of Bioinformatics and Computational Biology
• Excellent working knowledge in English.

We offer:

• Opportunity to do applied research to medical problems within a highly dynamic research institution (LCSB) and in collaboration with internationally recognized partners
• An exciting international environment
• A very competitive salary

For further information, please contact:

Prof. Dr. Antonio del Sol, Luxembourg Centre for Systems Biomedicine
E-mail: antonio.delsol@uni.lu

posdoc bioinformática/proteómica (Oxford)

Location:	Oxford, UK
Salary:	£29,837 to £36,661 discretionary range to £40,046 p.a.
Hours:	Full Time
Contract:	Contract / Temporary

Placed on:	20th May 2014
Closes:	13th June 2014
Job Ref:	113376

Sir William Dunn School of Pathology, South Parks Road, Oxford

The Central Proteomics Facility at the Sir William Dunn School of Pathology, University of Oxford is looking for an enthusiastic team member experienced in computational and statistical methods to provide bioinformatics support to researchers using proteomics (http://www.proteomics.ox.ac.uk).

The successful candidate will work collaboratively with existing bioinformaticians, facility staff and academic researchers. The position will cover two main roles. The first is to advise research scientists on statistically rigorous experimental design and data analysis procedures. The second is to maintain and expand the range of computational and statistical tools the facility uses for the analysis of proteomics data. 

You will have a degree in statistics, computing, bioinformatics or equivalent with considerable demonstrable practical experience. You should have strong communication and organisational skills, experience with analysing high dimensional datasets, statistical programming and experience with at least one scripting language. While it is desirable to have previous experience with proteomics and mass spectrometry data this is not essential as training will be provided.

The post is available as a fixed-term contract for 2 years in the first instance. If you are interested in this role, please apply online. You will be required to upload a CV and supporting statement as part of your online application. 

Interviews will be held during the week commencing 23 June 2014.

http://www.jobs.ac.uk/job/AIU252/postdoctoral-bioinformatician-biostatistician

contrato: Anotación y diagnóstico molecular de polimorfismos en secuencias genómicas

Anotación y diagnóstico molecular de polimorfismos en secuencias genómicas

El Grupo de Biología Computacional y Estructural de la EEAD-CSIC oferta un CONTRATO de personal investigador PREDOCTORAL para la formación de doctores, renovable hasta 4 años, cofinanciado por el Gobierno de Aragón.

Plazo de solicitud finaliza el 10 de marzo de 2014.

El proyecto plantea el desarrollo de un entorno bioinformático eficiente, escalable y sencillo para el usuario final, para la anotación de secuencias genómicas obtenidas de cualquier especie y los polimorfismos observados. Por medio de algoritmos de inteligencia artificial este software deberá además aprender de las secuencias analizadas previamente para hacer predicciones de fenotipo, por ejemplo de mutaciones en un gen. Los resultados del proyecto serán directamente aplicables a los trabajos del laboratorio  en genómica de plantas y también a enfermedades humanas donde el diagnóstico molecular es una herramienta clave, como el cáncer de mama o la fibrosis quística. Para ello esta propuesta cuenta con la participación de la empresa local Blackhills Diagnostic Resources, que desarrolla este tipo de kits en Zaragoza, y que suministrará experiencia y secuencias para el adecuado desarrollo del proyecto en su vertiente clínica.

Los candidatos deben cumplir los requisitos de la convocatoria publicada en el BOA 17.02.2014 (http://tinyurl.com/nfulqbe) y estar empadronados en la Comunidad Autónoma de Aragón. Buscamos i) ingenieros o licenciados con Máster o ii) graduados con 300 créditos ECTS en Biología, Bioquímica, Biotecnología, Química, Veterinaria o Farmacia, Informática o Agronomía.

Para más información sobre el grupo consulta:
www.eead.csic.es/compbio , bioinfoperl.blogspot.com.es (este blog)

Contacto
Bruno Contreras      (bcontreras at eead.csic.es)                            
Inmaculada Yruela  (yruela at eead.csic.es)

Ubicación
Estación Experimental de Aula Dei-CSIC,
Av Montañana 1005, Zaragoza

trabajo en PDB Europa

The Protein Data Bank in Europe (PDBe) is seeking to recruit a 
structural analyst/programmer to join the team at the European 
Bioinformatics Institute located on the Wellcome Trust Genome Campus 
near Cambridge in the UK.

For further information and to apply, please see the full EMBL-EBI job 
listing at http://bit.ly/1jvNjIO
To discuss this post informally, please contact PDBe's Dr Sameer 
Velankar (sameer@ebi.ac.uk).

About the position:

Established in 1994, CATH and SCOP are the world?s most comprehensive 
resources classifying protein-domain structures into evolutionary 
superfamilies. They are currently being combined in a collaborative 
project - Genome3D - that aims to provide predicted 3D structures for 
sequences assigned to SCOP and CATH superfamilies. Combining SCOP and 
CATH based predictions allows us to identify more accurately regions 
that agree between the two methods. We aim to provide these 
Genome3D-predicted structures via the PDBe resource. To improve the 
assessment of the reliability of the predictions it is necessary to 
develop a mapping between SCOP and CATH and to remove any conflicts.

We are now seeking to recruit a structural analyst/programmer to assist 
with this task. The structural analyst/programmer will also build an 
automatic pipeline to generate putative domain assignments (from CATH) 
for new PDB structures, prior to classification in SCOP or CATH. The 
structural analyst/programmer will be based at PDBe, and will be jointly 
supervised by Prof. Christine Orengo (UCL, London) and Dr Alexey Muzin 
(MRC-LMB, Cambridge), together with Prof. Gerard Kleywegt and Dr Sameer 
Velankar at PDBe.

About PDBe:

The Protein Data Bank in Europe (PDBe; pdbe.org) is part of the 
Worldwide Protein Data Bank organisation (wwPDB; wwpdb.org), which 
maintains the global archive of 3D structural data on biomacromolecules. 
The PDBe team also maintains a number of databases that support 
deposition and advanced search services for structural biologists and 
the wider scientific community. The team consists of an international 
and inter-disciplinary mix of professionals (scientists and IT specialists).

Best regards,
Gary.


-- 
Gary Battle
Protein Data Bank in Europe (PDBe)
EMBL-EBI
Wellcome Trust Genome Campus
Hinxton, Cambridge
CB10 1SD

http://www.facebook.com/proteindatabank
http://twitter.com/PDBeurope

ofertas de postdoc en filogenómica

Hola,
copio aquí dos ofertas de trabajo que me han llegado desde bioinformatibericos :

Postdoctoral Position in Evolutionary Genomics at IFCA (Universidad of Santander-CSIC)

A postdoctoral position is available immediately to work with Rafael Zardoya (Madrid), Julio Rozas (Barcelona), David Posada (Vigo), and Jesus Marco (Santander) on a common 

project related with gastropod phylogenomics. The position has a term of 1 year and mobility among the referred labs. 

Prerrequisites: A PhD in Biology, Chemistry, Computer Science or related fields, with proved skills in computational biology. 

Priority will be given to candidates with previous experience in NGS data analysis (assembling, gene annotation, etc), and with expertise in bioinformatics programing languages (Perl, Python, 

C, etc). 

It will be desirable some experience with Phylogenetics and/or Comparative Genomics or evolutionary biology in general, and with Relational databases (MySQL).

If interested please contact Rafael Zardoya, Department of Biodiversity and Evolutionary Biology, Museo Nacional de Ciencias Naturales, rafaz@mncn.csic.es. Application review 

will begin on March 5, 2012 and continue until the position is filled. To apply, please send the following:  

1. A curriculum vitae 

2. Names of 2 referees willing to provide a letter of recommendation upon request 

3. A brief statement of research interests and goals.

Postdoc on chromatin biophysics (Structural Genomics Group, National Center for Genomic Analysis)

The successful candidate will team with other members of our group in our efforts towards elucidating the 3D structure of genomic domains and genomes. Recent publication from the group in this field include:

- Umbarger, M. A., Toro, E., Wright, M. A., Porreca, G. J., Baù, D., Hong, S.-H., Fero, M. J., et al. (2011).  Molecular Cell, 44(2), 252–264

- Marti-Renom, M. A., & Mirny, L. A. (2011). PLoS Computational Biology, 7(7), e1002125

- Sanyal, A., Baù, D., Martí-Renom, M. A., & Dekker, J. (2011). Current Opinion in Cell Biology. doi:10.1016/j.ceb.2011.03.009

- Baù, D., Sanyal, A., Lajoie, B. R., Capriotti, E., Byron, M., Lawrence, J. B., Dekker, J., et al. (2011). Nature Structural & Molecular Biology, 18(1), 107–114.

I would appreciate if you could forward this announcement to whom may be interested,

Marc A. Marti-Renom, Group Leader 

Parc Cientific de Barcelona - Torre I - Baldiri Reixac, 4 - 2a.p - 08028 - Barcelona

Tel +34 934 033 743  Fax +34 934 037 279

email mmarti@pcb.ub.cat   web http://marciuslab.org & http://cnag.cat

Tutorial para escribir trabajos académicos y tesis doctorales

A continuación se describirán técnicas útiles y recomendadas para escribir trabajos académicos y tesis doctorales.

1. Aprender a usar un buen editor de textos 

Antes de empezar a escribir hay que elegir un buen editor de textos. Normalmente la universidad posee licencia para usar Microsoft© Word, si no, en internet podemos descargar OpenOffice Writer que es gratuito y muy similar.

El siguiente paso es aprender a usarlo y aprovechar todas las funcionalidades que ofrece, para ello es muy recomendable perder tiempo en leer un buen tutorial puesto que más tarde ganaremos con creces ese tiempo.

Tutorial de Microsoft© Word

Tutorial de OpenOffice Writer

2. Organizar la estructura del documento

Para establecer las secciones que va a contener el documento es recomendable leer y revisar otros documentos similares y adoptar su estructura o adaptarla a nuestras necesidades.

En el caso de un trabajo académico una estructura posible sería la siguiente:

1. Índice
2. Introducción y antecedentes
3. Objetivos
4. Materiales, métodos y resultados
5. Conclusiones
6. Bibliografía
7. Anexos

Se pueden consultar ejemplos de trabajos académicos en diversos sitios de internet: Rincón del Vago, Monografías ...

 

Para una tesis doctoral la estructura puede ser un poco más compleja:

1. Abreviaturas
2. Índice
3. Antecedentes y objetivos
4. Introducción
5. Materiales
6. Métodos
7. Resultados
8. Discusión
9. Conclusiones
10. Bibliografía
11. Anexos

Existen páginas web que recogen tesis doctorales de diferentes universidades, por ejemplo: Tesis Doctorales en Red, Teseo, Biblioteca Virtual Miguel de Cervantes ...

3. Introducir el diseño del documento en el editor de textos

Una vez tengamos claro el diseño de nuestro documento y sus secciones, introduciremos todos estos datos en el editor de textos elegido.

• Definiremos el tamaño, orientación y márgenes del documento, incluyendo los márgenes necesarios para encuadernarlo posteriormente.
• Daremos formato al encabezado y pie de página, incluyendo el título de las secciones del documento y los números de página.
• Fijaremos los estilos-formatos de los párrafos, los títulos de sección, las subsecciones, tablas, figuras y otros elementos del documento, así luego todo el documento tendrá una presentación uniforme. Esto supone definir el tipo de letra, tamaño, alineación, tabulaciones, interlineado... para cada uno de los elementos nombrados.
• Definir el estilo y numeración de títulos de tablas y figuras que se van a insertar en el documento. Se puede especificar qué tipo de título se utilizará automáticamente al insertar una imagen o una tabla y que éstos se autonumeren para no tener que modificar su numeración si se inserta una nueva imagen o tabla entre dos ya existentes.
• Es recomendable escribir los títulos de las secciones e insertar algún contenido (texto, tablas e imágenes) y aplicarles el formato adecuado para ir viendo como quedará el documento.
• Una vez insertados los títulos de las secciones y de algunas subsecciones de prueba se puede crear el Índice en la sección correspondiente del documente y fijar el estilo del mismo. Este índice se podrá actualizar automáticamente cada vez que se realicen modificaciones del documento.

4. Elegir y usar un gestor de bibliografía

El gestor de bibliografía es un programa de ordenador que nos ayudará a buscar, introducir, ordenar y guardar nuestras referencias bibliográficas. Además los gestores modernos incorporan la capacidad de insertar y dar formato automáticamente a la bibliografía para introducirla en nuestros documentos.

Actualmente existen varios gestores de pago: EndNote, ProCite, Reference Manager ...

Aunque también existen alternativas gratuitas: Scholar's Aid, Bibus ...

También existe Zotero que es una extensión del navegador Firefox para administrar bibliografía desde el mismo o CiteULike que es un gestor online de bibliografía, ambos son gratuitos.

Con estos programas podremos introducir de una manera rápida y sencillas las citas bibliográficas deseadas en nuestro documento de Microsoft© Word u OpenOffice Word, para más información de cómo hacerlo consultar sus manuales de uso.

 

5. Comenzar a escribir

Una vez tenemos todo preparado para comenzar a escribir. Es recomendable comenzar a escribir las secciones de las que más información tengamos recopilada y ordenada, cómo pueden ser 'Antecedentes y objetivos', 'Métodos' y 'Resultados', a su vez las secciones de 'Materiales', 'Bibliografía', 'Abreviaturas' y 'Anexos' se pueden ir completando según aparezcan sus contenidos al escribir los 'Antecedentes y objetivos', 'Métodos' y 'Resultados'.

Una vez completados los apartados anteriores y con todas las ideas expuestas y organizadas se escribirán los apartados de 'Discusión de los resultados' y 'Conclusiones'.

Es recomendable dejar para el final la 'Introducción', puesto que esta sección es de longitud muy variable y así la podemos adaptar al tiempo que nos quede tras completar el resto.

Durante el proceso es recomendable ir actualizando automáticamente el Índice para poder ver en pocas líneas el progreso de la escritura.

Por último queda dar el formato deseado a la Bibliografía, lo cual lo realiza automáticamente el programa gestor de la misma.

 

6. Diseñar una portada

La portada de nuestro trabajo será la que dé una primera impresión del mismo, por ello ha de ser acorde o incluso mejor que los contenidos.

Es aconsejable no usar únicamente texto para la misma, introducir imágenes que describan el contenido del trabajo en una buena composición gráfica ayudará a dar buena presencia a los contenidos. Para realizar las composiciones gráficas se pueden usar editores de imágenes como Photoshop, Paint Shop Pro o Gimp (éste último es gratuito) o incluso con Microsoft© Powerpoint.

Se deberán incluir en la portada: el título del trabajo, la institución a la que se pertenece (universidad, facultad, laboratorio), el nombre y apellidos del autor y del director o tutor del trabajo, la fecha y el motivo del trabajo. Los logos de la institución también se pueden incluir.

 

7. Otros 

En las tesis doctorales o trabajos que han significado gran exfuerzo y trabajo durante un largo período de tiempo se suelen incluir agradecimientos personales o un 'Prólogo' antes del contenido científico del trabajo.

También se incluye una página firmada por los directores del trabajo certificando la autenticidad y valía del mismo y se enuncian las becas o proyectos que han financiado el mismo.

 

8. Comprobación final

Tras concluir el documento, es aconsejable, si no necesario, releer varias veces el mismo entre varias personas para buscar erratas, errores ortográficos y gramaticales, u otros fallos que se pudieran haber cometido (sobretodo si se ha copiado texto de otras fuentes).

Revisar que los cambios de página no alteran las diversas secciones del documento, es aconsejable que las secciones comienzen en páginas impares para que aparezcan en hoja nueva a la derecha. Comprobar que los gráficos y tablas están correctamente posicionados y que todo tiene los formatos y estilos deseados.

Si el documento ha de ser revisado por terceras personas, esta comprobación final se puede dejar para después de las correciones.

 

9. Imprimir 

Una vez comprobado que está todo en orden llega la tan ansiada hora de imprimir el documento. Es aconsejable imprimirlo a doble cara (por motivos ecológicos) y en una impresora láser (una resolución de 300x300 puede ser más que adecuada) si el documento es en blanco y negro. Si el documento consta de páginas a color, estas pueden ser extraídas e impresas a parte en una impresora láser especial o en una de inyección de tinta. Tener en cuenta el establecer los márgenes apropiados para poder encuadernar porteriormente el documento.