nuestro colega Miguel Pérez-Enciso impartirá los días 30-31 de Enero (30, mañana y tarde; 31, mañana) un curso básico de análisis de datos NGS en el Salón de actos de la facultad de veterinaria de la Universidad de Zaragoza, invitado y organizado por Luis Varona. El curso es gratuito y no requiere inscripción.
El horario será:
jueves 30: 11-14H y 16-18H
viernes 31: 10-13H
Si consigo un enlace con el material del curso lo pondré aquí, de momento no sé mucho más que lo que aparece en el propio material que Miguel usa (http://www.icrea.cat/Web/OtherSectionViewer.aspx?key=1403&titol=2012):
"This is a short introductory course for NGS analyses.
The course assumes no knowledge on NGS data or data analyses, rather to the contrary, if you have experience , you will be disappointed. It is not yet a hands-on course, I will rather present the material theoretically but I am open with help in the analyses. I assume you are a computer illiterate biologist but that you have realized that you need computers in daily life. You are willing to:
Analyze by yourself the data
Willing to learn linux and perl or similar (python ...)
The main topics covered are:
FASTQ format and sequence quality (Phred score and fastqc software)
A simple pipeline: BWA + Samtools
Visualization: IGV
Identifying SNPs: Samtools
Annotating SNPs: ensembl vep.pl
Identifying structural variants
RNAseq: tophat + cufflinks
Population genetics: pools and individuals
Association studies with sequence: IBSeq
All topics are treated at very beginners level and superficially (check accompanying slides)"Feliz año a todos,
Bruno
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ResponderEliminarJuan, esto fue el año pasado :-)
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