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28 de septiembre de 2017

contrato FPI: QTL, genes y caracteres para mejora de cebada


Oferta de contrato FPI para trabajar en la Estación Experimental de AulaDei, Zaragoza, Departamento de Genética y Producción vegetal.
Proyecto: Descubrimiento y aplicación de QTL, genes y caracteres para la mejora genética de la cebada. Investigadores responsables: Ernesto Igartua, Ana M. Casas.
El trabajo se centrará en la búsqueda de caracteres fisiológicos de la cebada asociados al rendimiento en condiciones de sequía. La cebada es el principal cultivo español por superficie, y se cultiva especialmente en zonas vulnerables a los estreses abióticos. El trabajo se realizará fundamentalmente sobre poblaciones de cebada bien caracterizada por marcadores moleculares, por lo que se planteará la búsqueda de loci relacionados con los fenotipos. Se emplearán técnicas de análisis de imagen en campo, usando índices espectrales y térmicos relacionados con el comportamiento de la cebada frente a la sequía, en ensayos con y sin riego, y también de fenotipado de raíces, mediante una estancia en un grupo colaborador en Italia. Si se encontrara algún carácter de relevancia especial, se explorarán las posibilidades de continuar la experimentación hacia la identificación de los genes responsables.
La convocatoria está disponible en
Se busca una persona con un buen nivel de inglés y se valorará la experiencia previa (a nivel de máster o de prácticas) en genética, fisiología vegetal o agronomía. Dirección de contacto: mailto:igartua@eead.csic.es

25 de septiembre de 2017

PhD in Brachypodium perennial species

We seek candidates for a PhD FPI contract associated to our project “Evolution of biological traits and speciation processes in the model genus Brachypodium (Poaceae) through comparative and functional genomic” (CGL2016-79790-P). The PhD thesis will investigate the origins and evolutionary changes of perenniality/annuality switches and the pangenomic diversity and phylogeography of model grass species of Brachypodium.

The work (2018-2021) will be carried out at the High Polytechnic School of Huesca (University of Zaragoza, Spain) with research stays at CSIC (with Bruno Contreras-Moreira @ EEAD and Pilar Hernández @ IAS) and international institutes and participation in CSP Joint Genome Institute projects. The PhD thesis will include field and greenhouse work, genomic and transcriptomic data generation and processing, and development of computational pipelines for genomics and phylogenomic analyses of perennial and annual species of Brachypodium.

The research team has a large experience in evolutionary genomics (www.bifi.es/bioflora), computational biology (www.eead.csic.es/compbio) and translational genomics (https://goo.gl/RSnfw3) studies of grasses.

Applicants should comply with the requirements to apply for a Spanish PhD contract (open to European Community and other countries citizens, see information at https://goo.gl/5Bp6YW). Experience in plant evolutionary biology, genomics and bioinformatics will be highly valued.

Interested applicants please contact Prof. Pilar Catalan (pcatalan@unizar.es) and send Curriculum Vitae and a brief motivation letter before October 3 2017.

 

12 de noviembre de 2014

Ofertas de trabajo en bioinformática

Actualización: a partir del 2 de Diciembre de 2014 las ofertas de trabajo que nos lleguen las pondremos en una página propia [http://bioinfoperl.blogspot.com.es/p/ofertas-de-trabajo.html]
separada del resto de entradas del blog.
 


1.  para desarrolladores en PerkinElmer (Granada, España)

"We have two open positions in Spain requiring bioinformatics domain expertise.

Please share the information or submit your CV at:



Thanks!"

2. staff bioinformatician  at Institute of Molecular Biology (Mainz, Alemania)

 http://www.verwaltung.personal.uni-mainz.de/Dateien/Bioinformatiker_CFBI08_docx-zi.pdf






9 de septiembre de 2014

contrato en mejora y genómica de cebada

El Departamento de Genética y Producción Vegetal de la Estación Experimental de Aula Dei – CSIC ofrece un contrato de 4 años para la realización de una tesis doctoral ligada al proyecto AGL2013-48756-R “Descubrimiento y utilización de la variabilidad genética que determina la adaptación de la cebada mediante herramientas genéticas y genómicas”.


El trabajo persigue el descubrimiento de caracteres y genes que ayuden a la obtención de variedades de cebada mejoradas para condiciones de sequía. Consiste en una combinación de los más modernos enfoques genéticos (diversidad intraespecífica, mapeo de QTL en poblaciones de cebada), genómicos (marcadores por métodos de secuenciación) y bioinformáticos (integración de datos de captura de exoma y otras fuentes de secuencia). El resultado de este trabajo permitirá identificar regiones cromosómicas y, potencialmente, genes de variedades tradicionales de cebada que contribuirán directamente a la mejora de variedades (el grupo también participa en un programa de mejora de variedades). Además, estos estudios permitirán  profundizar en la naturaleza de los procesos de adaptación de las plantas al clima, contribuyendo en general a la mejora de variedades para condiciones de cambio climático.

Distribución de haplotipos de HvFT1 en líneas de la Colección Nuclear de Cebadas Españolas colectas en la Península Ibérica. Tomada de http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs00122-011-1531-x. 


Los candidatos deben tener vocación por la investigación, un buen expediente académico, excelente nivel de inglés, y deben estar admitidos en un programa de doctorado al finalizar el plazo de subsanación de la convocatoria. Se valorará tener cursado un master oficial relacionado con el tema de trabajo y/o experiencia en bioinformática.

Las solicitudes deberán ser presentadas por los candidatos del 10 de septiembre de al 26 de septiembre de 2014 a las 15:00 horas (hora peninsular española). Se ruega a las personas interesadas se pongan en contacto cuanto antes con los investigadores responsables (acasas at eead.csic.es, igartua at eead.csic.es, pgracia at eead.csic.es, bcontreras at eead.csic.es) para enviar una carta de interés y una copia del CV.

Referencias relevantes:
http://www.eead.csic.es/EEAD/barley
http://floresta.eead.csic.es/barleymap

27 de febrero de 2014

contrato: Anotación y diagnóstico molecular de polimorfismos en secuencias genómicas

Anotación y diagnóstico molecular de polimorfismos en secuencias genómicas

El Grupo de Biología Computacional y Estructural de la EEAD-CSIC oferta un CONTRATO de personal investigador PREDOCTORAL para la formación de doctores, renovable hasta 4 años, cofinanciado por el Gobierno de Aragón.

Plazo de solicitud finaliza el 10 de marzo de 2014.

El proyecto plantea el desarrollo de un entorno bioinformático eficiente, escalable y sencillo para el usuario final, para la anotación de secuencias genómicas obtenidas de cualquier especie y los polimorfismos observados. Por medio de algoritmos de inteligencia artificial este software deberá además aprender de las secuencias analizadas previamente para hacer predicciones de fenotipo, por ejemplo de mutaciones en un gen. Los resultados del proyecto serán directamente aplicables a los trabajos del laboratorio  en genómica de plantas y también a enfermedades humanas donde el diagnóstico molecular es una herramienta clave, como el cáncer de mama o la fibrosis quística. Para ello esta propuesta cuenta con la participación de la empresa local Blackhills Diagnostic Resources, que desarrolla este tipo de kits en Zaragoza, y que suministrará experiencia y secuencias para el adecuado desarrollo del proyecto en su vertiente clínica.

Los candidatos deben cumplir los requisitos de la convocatoria publicada en el BOA 17.02.2014 (http://tinyurl.com/nfulqbe) y estar empadronados en la Comunidad Autónoma de Aragón. Buscamos i) ingenieros o licenciados con Máster o ii) graduados con 300 créditos ECTS en Biología, Bioquímica, Biotecnología, Química, Veterinaria o Farmacia, Informática o Agronomía.

Para más información sobre el grupo consulta:
www.eead.csic.es/compbio , bioinfoperl.blogspot.com.es (este blog)

Contacto

Bruno Contreras      (bcontreras at eead.csic.es)                            
Inmaculada Yruela  (yruela at eead.csic.es)

Ubicación
Estación Experimental de Aula Dei-CSIC,
Av Montañana 1005, Zaragoza

14 de febrero de 2014

trabajo en PDB Europa

The Protein Data Bank in Europe (PDBe) is seeking to recruit a 
structural analyst/programmer to join the team at the European 
Bioinformatics Institute located on the Wellcome Trust Genome Campus 
near Cambridge in the UK.

For further information and to apply, please see the full EMBL-EBI job 
listing at http://bit.ly/1jvNjIO
To discuss this post informally, please contact PDBe's Dr Sameer 
Velankar (sameer@ebi.ac.uk).

About the position:

Established in 1994, CATH and SCOP are the world?s most comprehensive 
resources classifying protein-domain structures into evolutionary 
superfamilies. They are currently being combined in a collaborative 
project - Genome3D - that aims to provide predicted 3D structures for 
sequences assigned to SCOP and CATH superfamilies. Combining SCOP and 
CATH based predictions allows us to identify more accurately regions 
that agree between the two methods. We aim to provide these 
Genome3D-predicted structures via the PDBe resource. To improve the 
assessment of the reliability of the predictions it is necessary to 
develop a mapping between SCOP and CATH and to remove any conflicts.

We are now seeking to recruit a structural analyst/programmer to assist 
with this task. The structural analyst/programmer will also build an 
automatic pipeline to generate putative domain assignments (from CATH) 
for new PDB structures, prior to classification in SCOP or CATH. The 
structural analyst/programmer will be based at PDBe, and will be jointly 
supervised by Prof. Christine Orengo (UCL, London) and Dr Alexey Muzin 
(MRC-LMB, Cambridge), together with Prof. Gerard Kleywegt and Dr Sameer 
Velankar at PDBe.

About PDBe:

The Protein Data Bank in Europe (PDBe; pdbe.org) is part of the 
Worldwide Protein Data Bank organisation (wwPDB; wwpdb.org), which 
maintains the global archive of 3D structural data on biomacromolecules. 
The PDBe team also maintains a number of databases that support 
deposition and advanced search services for structural biologists and 
the wider scientific community. The team consists of an international 
and inter-disciplinary mix of professionals (scientists and IT specialists).

Best regards,
Gary.

-- Gary Battle Protein Data Bank in Europe (PDBe) EMBL-EBI Wellcome Trust Genome Campus Hinxton, Cambridge CB10 1SD http://www.facebook.com/proteindatabank http://twitter.com/PDBeurope

24 de enero de 2014

breeding informatics job Dupont-Pioneer (Seville, Spain)


Buenas, 
os paso una oferta que me ha llegado por si a alguien le interesa, el contacto es  Eva Guzmán (eva dot guzman at pioneer dot com), hasta luego,
Bruno


Senior Research Associate position

Description

Provide computer and software support for researchers in crop product development programs world-wide. The senior research associate will be an integral part of the crop development team located in, and supported by, the researchers in Seville, Spain. The successful candidate will provide support for IM tools and processes and may interact with project leaders, SCRUM team(s) and members of the non-corn hybrid crop breeding staff to assist in the development and implementation of software solutions to meet research and production needs.

Provide training and client support for software applications. The successful candidate will troubleshoot and resolve technical problems primarily in support of sunflower and canola breeding in European countries. The successful applicant will work directly with breeders to become familiarized with research activities and processes relevant to the crop and region they support. They will interact directly with the app support representative in Johnston to implement software solutions, train clients worldwide on the use of software, and offer timely solutions to client IM needs. She/he will prepare and maintain training materials and provide training for new staff. 

Ensure that production bugs are routed through the recommended channels for prompt resolution and that clients’ needs are addressed in a timely and efficient manner. The successful candidate will work directly with clients and the development team(s) to promptly address urgent production issues. She/he may contribute to the establishment of a knowledge base to assist other client support representatives in addressing IM support needs, log production bugs, document bug fixes and ensure they are communicated to relevant RIM Support and Development teams.

Under the direction of the CPD RIM Support Manager, serve as the primary support contact on key initiatives and software development projects directly related to the crops and regions he/she supports. Responsibilities will include working with research clients to identify and document IM needs, working with software development staff to provide IM solutions when necessary, validating and testing newly developed software, and developing end-user documentation. Adapt and test compatibility of internal systems with locally available hardware.

Qualification

• B.S. degree in Computer Science, Bioinformatics, Information Systems, Biology, Agronomy, Molecular Genetics, Plant Breeding or related field with 2 – 4 years of industry related experience or M.Sc. degree in Computer Science, Agronomy or related field with 0 – 2 years of industry related experience or B.S.
o Science competencies;
 Experience in lab/field/greenhouse plant breeding research. Knowledge of experimental design and/or statistics. Understanding of molecular genetics and molecular breeding applications as it pertains to cultivar development.

o IM competencies;
 Excellent database, web, and/or PC skills, both functional and technical skills preferred. Experience supporting or strong familiarity with Windows Operating System. Experience with database and/or network support. Familiarity with personal computer software, client-server technology, and internet technology. Familiarity with software application to plant breeding preferred.  Demonstrated understanding of relational databases and ability to extract, summarize, and report large amounts of data.  Strong desire to contribute to the discovery and implementation of IM solutions in support of breeding activities.

o General competencies;
 Excellent written and oral communication skills and demonstrated ability to communicate complex information in a clear and concise manner.  Experience coordinating technical training and support programs to clients. Experience with customer-service preferred. Demonstrated ability to effectively manage priorities in a high-demand, time-sensitive work environment.  Demonstrated ability to work cooperatively in a diverse team environment.  Strong interpersonal and communication skills.

3 de diciembre de 2013

ofertas de postdoc en Bioninformática (Dic2013)

Hola,
comparto información de ofertas de trabajo en bioinformática que nos han llegado, hasta luego,
Bruno

1.
"We are looking to recruit a young, post-doctoral researcher for work on: Development and application of bioinformatic analysis methods for identification of biomarkers to assess the efficacy of TGF-β RI inhibitors in vivo"
http://www.genxpro.info/contact_us/Open_Positions/


2.

"[..]The Computational Biology Group of the Luxembourg Centre for Systems Biomedicine seeks a highly-skilled Postdotoral Fellow to work on an exciting project on reconstruction and analysis of an integrated gene regulatory network model to elucidate key mechanisms of cellular reprogramming. The model will rely on the integration and mining of diverse transcriptomics and epigenomics data of different cell types from the Central Nervous System. The
Postdoctoral Fellow is expected to supervise a Ph.D. student working on this project. Both of them are expected to collaborate with other members of the CBG to develop a computational methodology aiming at designing, in-silico, cellular reprogramming events, with a focus on the nervous system. This project will be carried out in collaboration with Prof. Noel Buckley’s lab at Kings College London.
Requirements of the ideal candidate:
• Ph.D. degree in Bioinformatics, Computer Science, Biology or a related discipline
• Strong computational skills
• Prior experience in mathematical modelling of biological networks, especially in network inference and analysis
• Excellent working knowledge in English.

We offer:
• Full contract for three years with possibility of renewal
• Opportunity to supervise a Ph.D. student working on the project
• Opportunity to do applied research to medical problems within a highly dynamic research institution (LCSB) and in collaboration with internationally recognized partners
• An exciting international environment
• A very competitive salary
For further information, please contact:
Prof. Dr. Antonio del Sol
E-mail: antonio.delsol@uni.lu
Applications should contain the following documents:
• A detailed curriculum vitae
• cover letter mentioning the reference number
• description of past research experience and future interests
• name and addresses of three referees
All applications should be sent preferably in electronic version until December 31 st, 2013 to the following address:
Luxembourg Centre for Systems Biomedicine (LCSB)
University of Luxembourg
7, avenue des Hauts-Fourneaux
L-4362 Esch-sur-Alzette
Tel: +352-466644-6982 (Office)
"

http://wwwen.uni.lu/lcsb/people/antonio_del_sol_mesa

20 de agosto de 2013

contrato para tesis "Genome annotation, comparative genomics and phylogenomics of the Brachypodium model complex"

El Laboratorio de Biología Computacional (EEAD-CSIC), en colaboración con el grupo de la Dra. Pilar Catalán de la Escuela Politécnica Superior de Huesca (EPS, U.Zaragoza),  ofrece un contrato de 4 años para la realización de la tesis doctoral "Genome annotation, comparative genomics and phylogenomics of the Brachypodium model complex (Poaceae)", ligado al proyecto CGL2012-39953-C02-01. Buscamos preferentemente a personas con formación universitaria en ciencias biológicas, ambientales o agrarias. Valoraremos especialmente la experiencia en áreas como bioinformática, biología molecular y/o botánica.

Se plantea realizar el trabajo en la EPS, con sede en Huesca, con alguna estancia temporal en la EEAD en Zaragoza. Los directores del trabajo serán la propia Dra. Pilar Catalán (biología molecular, filogenómica y evolución de Brachypodium sp.) y el Dr. Bruno Contreras (EEAD-Zaragoza: bioinformática, ensamblaje y análisis genómicos).

 
Referencias relevantes de trabajo previo:
http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0051058
http://aob.oxfordjournals.org/content/early/2012/01/01/aob.mcr294.full
http://www.brachy2013.unimore.it/images/stories/file/Brachy2013_Abstract_book.pdf


Se ruega a las personas interesadas se pongan en contacto con los directores del trabajo (bcontreras@eead.csic.es, pcatalan@unizar.es) para enviar una carta de interés y una copia del CV. El plazo para la presentación de solicitudes comprende del 26 de  agosto de 2013 al 10 de septiembre de 2013.

El texto completo de la convocatoria se encuentra en:
http://www.boe.es/diario_boe/txt.php?id=BOE-A-2013-8984 
http://tinyurl.com/k2eymfu


Requisitos:
1. Podrán ser solicitantes todas aquellas personas que se encuentren en disposición de estar matriculado o admitido en un programa de doctorado, en el momento de la formalización del contrato. 
2. Con carácter general, los solicitantes deberán haber finalizado sus estudios, considerándose como fecha de finalización aquella en la que se acredite que se han superado todas las materias y requisitos académicos que dan acceso a un programa dedoctorado, en fecha igual o posterior al 1 de enero de 2010.
3. No podrán ser solicitantes quienes ya estén en posesión del título de Doctor, por cualquier universidad española o extranjera.

English abstract: 
The Laboratory of Computational and Structural Biology (EEAD-CSIC), in collaboration with the group of Dr.Pilar Catalán (EPS,U.Zaragoza),  is currently offering a 4-year PhD position entitled "Genome annotation, comparative genomics and phylogenomics of the Brachypodium model complex (Poaceae)". 
Note: check SCIMAGO (http://www.scimagoir.com/pdf/SIR%20Global%202013%20O.pdf)
for the impact of CSIC among global research institutions.

8 de marzo de 2013

Beca de verano en regulación del cloroplasto

Hola,
nuestro laboratorio en la Estación Experimental de Aula Dei (EEAD-CSIC) tiene experiencia en el desarrollo de herramientas bioinformáticas para el estudio de las redes de regulación transcripcional [1,2] y ha contribuído recientemente al análisis de los genomas cloroplásticos [3].  Ahora ofertamos una beca de verano, de la convocatoria JAE-IntroCP,  con dos objetivos:

1) Sentar las bases para un análisis evolutivo de las huellas filogenéticas de
regulación transcripcional en el cloroplasto, teniendo en cuenta que hay ya
disponibles más de 200 genomas plastídicos en las bases de datos públicas. Este
estudio pretende identificar secuencias reguladoras en los promotores de genes
cloroplásticos ya sean codificados en el propio cloroplasto o en el genoma
nuclear, con el fin de ampliar nuestro conocimiento de la regulación de este
orgánulo esencial para la viabilidad de las plantas [4,5].

2) El aprendizaje por parte del estudiante de herramientas bioinformáticas para el análisis funcional de genomas. A lo largo de la estancia la persona seleccionada se familiarizará con el trabajo cotidiano de la investigación en Bioinformática en el campo de la genómica. Esperamos que los alumnos interesados en este proyecto tengan sólidos conocimientos en Biología Molecular y/o Bioquímica y se valorará especialmente experiencia previa o interés en programar y aplicar herramientas bioinformáticas.

Si estás interesado por favor contacta con:
Inmaculada Yruela Guerrero ( i.yruela at eead.csic.es  )
Bruno Contreras Moreira ( bcontreras at eead.csic.es )

Actualización: Convocatoria publicada el 8 de Abril, el plazo acaba el 23 de Abril


Ejemplos de recursos y publicaciones relevantes para este proyecto son:

[1] http://floresta.eead.csic.es/footprintdb

[2] Lozada-Chávez I, Espinosa Angarica V, Collado-Vides J. and Contreras-Moreira
B.(2008) The role of DNA-binding specificity in the evolution of bacterial regulatory networks. Journal of Molecular Biology, 379(3): 627-43.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2491489/

[3] Yruela,I. and Contreras-Moreira,B. (2012) Protein disorder in plants: a view from the chloroplast. BMC Plant Biology, 12:165
http://www.biomedcentral.com/1471-2229/12/165

[4] Liere K, Weihe A and Börner T. The transcription machineries of plant
mitochondria and chloroplasts: Composition, function, and regulation. Journal of Plant Physiology 168 (2011) 1345–1360.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21316793

[5] Wang Y, Ding J, Daniell H, Hu H and Li X. Motif analysis unveils the possible co-
regulation of chloroplast genes and nuclear genes encoding chloroplast proteins.Plant Mol Biol. 2012 Sep;80(2):177-87.
http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs11103-012-9938-6



21 de agosto de 2012

beca en el laboratorio de Biología Computacional

El laboratorio de Biología Computacional de la Estación Experimental de Aula Dei/CSIC (en Zaragoza, España) busca un candidato/a para desarrollar un proyecto de investigación en el marco de un programa de doctorado de la Universidad de Zaragoza.
El grupo tiene amplia experiencia en diferentes áreas de la Bioinformática y actualmente participa en diversos proyectos de genómica y secuenciación de plantas, incluyendo Arabidopsis thaliana, arroz y cebada, con un interés especial en el estudio funcional y evolutivo de las redes de regulación genética y en el descubrimiento de las raíces genéticas de la biodiversidad vegetal y agrícola en relación con la adaptación al medio ambiente. Para una lista completa de las publicaciones del grupo consultar http://www.eead.csic.es/compbio y http://www.eead.csic.es/index.php?id=99 .
Los candidatos interesados deben contactar con el Dr. Bruno Contreras Moreira (bcontreras@eead.csic.es)  antes del 15 de Septiembre de 2012 y elegir un tema de investigación de entre estos:
1) estudio de la especificidad y el desorden de factores de transcripción por medio de técnicas de dinámica molecular
2) genómica comparativa de cereales y la planta modelo Brachypodium distachyon (en colaboración con el grupo Bioflora de Pilar Catalán)

3)  estudio de las redes transcripcionales que controlan la pluripotencia y la diferenciación de células madre, usando una combinación de métodos bioquímicos y bioinformáticos (en colaboración con el grupo de Jon Schoorlemmer del  Instituto Aragonés de Ciencias de la Salud)

Las personas interesadas deberán cumplir los requisitos para solicitar una beca predoctoral del Gobierno de Aragón (2 años beca + 2 años contrato, ver convocatoria y requisitos en http://tinyurl.com/cocap6g). Se requiere un expediente académico superior a 6 y se valorará positivamente la experiencia previa en Bioinformática y/o haber terminado un Máster oficial. La convocatoria especifica una fecha límite de terminación de los estudios de licenciatura/grado/ingeniería posterior a Junio de 2011.

6 de marzo de 2012

ofertas de postdoc en filogenómica

Hola,
copio aquí dos ofertas de trabajo que me han llegado desde bioinformatibericos :

Postdoctoral Position in Evolutionary Genomics at IFCA (Universidad of Santander-CSIC)
A postdoctoral position is available immediately to work with Rafael Zardoya (Madrid), Julio Rozas (Barcelona), David Posada (Vigo), and Jesus Marco (Santander) on a common 
project related with gastropod phylogenomics. The position has a term of 1 year and mobility among the referred labs. 
Prerrequisites: A PhD in Biology, Chemistry, Computer Science or related fields, with proved skills in computational biology. 
Priority will be given to candidates with previous experience in NGS data analysis (assembling, gene annotation, etc), and with expertise in bioinformatics programing languages (Perl, Python, 
C, etc). 
It will be desirable some experience with Phylogenetics and/or Comparative Genomics or evolutionary biology in general, and with Relational databases (MySQL).
If interested please contact Rafael Zardoya, Department of Biodiversity and Evolutionary Biology, Museo Nacional de Ciencias Naturales, rafaz@mncn.csic.es. Application review 
will begin on March 5, 2012 and continue until the position is filled. To apply, please send the following:  
1. A curriculum vitae 
2. Names of 2 referees willing to provide a letter of recommendation upon request 
3. A brief statement of research interests and goals.
 
Postdoc on chromatin biophysics (Structural Genomics Group, National Center for Genomic Analysis)
The successful candidate will team with other members of our group in our efforts towards elucidating the 3D structure of genomic domains and genomes. Recent publication from the group in this field include:

- Umbarger, M. A., Toro, E., Wright, M. A., Porreca, G. J., Baù, D., Hong, S.-H., Fero, M. J., et al. (2011).  Molecular Cell44(2), 252–264
- Marti-Renom, M. A., & Mirny, L. A. (2011). PLoS Computational Biology7(7), e1002125
- Sanyal, A., Baù, D., Martí-Renom, M. A., & Dekker, J. (2011). Current Opinion in Cell Biology. doi:10.1016/j.ceb.2011.03.009
- Baù, D., Sanyal, A., Lajoie, B. R., Capriotti, E., Byron, M., Lawrence, J. B., Dekker, J., et al. (2011). Nature Structural & Molecular Biology18(1), 107–114.

I would appreciate if you could forward this announcement to whom may be interested,
Marc A. Marti-Renom, Group Leader 
Parc Cientific de Barcelona - Torre I - Baldiri Reixac, 4 - 2a.p - 08028 - Barcelona
Tel +34 934 033 743  Fax +34 934 037 279
email mmarti@pcb.ub.cat   web http://marciuslab.org & http://cnag.cat




8 de febrero de 2011

oferta FPI 2011

Hola,
ahora publico nuestra oferta, el plazo termina el 21 de Febrero, como explica en detalle la convocatoria.

Buscamos un candidato/a para una beca predoctoral (2 años beca, seguida de un contrato de 2 años), asociada al Proyecto de Investigación "Descubrimiento de nueva variabilidad para la mejora de cebada en España" (AGL2010-21929), que ha comenzado en enero de 2011.

El trabajo se centrará en la búsqueda de diversidad genética en cebadas españolas, en concreto en las variedades tradicionales reunidas en la Colección Nuclear de Cebadas Españolas. Resultados obtenidos hasta la fecha han puesto de manifiesto una gran diversidad en esta colección, aparentemente relacionada con las condiciones agroclimáticas que se observan en la península ibérica.

En este trabajo se plantea la resecuenciación de genes candidato que intervienen en la tolerancia a estreses abióticos y en el control genético de la floración. Una vez identificados los mismos, se procederá a su análisis genético, empleando nuevas técnicas de secuenciación masiva en paralelo (NGS), utilizando amplicones de ADN de mezclas de individuos agrupados por su similitud genética. Para la realización de este trabajo se desarrollarán y utilizarán herramientas bioinformáticas, genómicas y análisis genéticos clásicos.

Se requiere expediente académico superior a 1.5 y se valorará positivamente la experiencia previa en técnicas de Biología Molecular y en programación, y el haber terminado un Master oficial.

La convocatoria especifica 2007 como fecha límite de terminación de los estudios de  licenciatura/grado/ingeniería. Si hay alguien interesado que se ponga en contacto conmigo o con Ana M. Casas.

Ofertas de trabajo en Bioinformática

Hola, 
cuelgo un par de ofertas de trabajo en Bioinformática, ambas en España, que me han llegado entre ayer y hoy:

"A postdoctoral position is available immediately in the laboratory of Computational Cell Biology, led by Dr. Ana Rojas, at the Institute of Predictive and Personalized Medicine of Cancer, Badalona, Barcelona, Spain.
We are interested in the computational characterization and evolution of the molecular pathways involved in Human Disease, and how to apply this knowledge to generate new methods for diagnosis and prognosis.
The projects focus on the development of methods for dissecting gene-disease relations based on network topology analysis.
We are looking for a highly motivated postdoctoral fellow with significant experience in system biology ad bioinformatics techniques, and interest in cancer biology. The successful candidate should have a PHD in molecular biology, bioinformatics, computing science, or related fields, and an excellent publication record.

We offer a one-year contract with a competitive salary according to experience.Interested applicants should submit a CV (which lists at least 2references) and a brief letter (1 page) outlining prior research experience and personal research interests to Dr. Ana Rojas (
arojas@imppc.org) and rrhh@imppc.org" (http://www.imppc.org)

La otra oferta, que en realidad son dos:

"Subject: Open Positions in Computational Structural Biology
Dear colleagues and friends,
We currently have openings for a postdoctoral fellow and a bioinformatician in Computational Structural Biology: 
http://sgu.bioinfo.cipf.es/home/?page=jobs
Could you please forward this announcement to whom you may think could be of interest.  Thanks!
Marc A. Marti-Renom"



Saludos,
Bruno