Course on scripting with the Linux shell

 Hi,  Carlos Cantalapiedra and me recently put together teaching material about scripting in the linux terminal.

The material can be found at repository https://github.com/eead-csic-compbio/scripting_linux_shell 

There are five sessions and the goal is for you to learn the basics of the Linux shell and scripting for data sciences such as genomics and plant breeding:

session	title	required time	URL
0	Setup	prior to course	session 0
1	Linux basics and files	2h	session 1
2	Processes and scripts	2h	session 2
3	Parsing with regular expressions	2h	session 3
4	Perl one-liners	2h	session 4
5	Advanced scripts	2h	session 5

Figure of the standard streams, taken from https://en.wikipedia.org/wiki/Standard_streams

 

If you spot errors please send pull requests, hope this helps some of you out there,

Bruno 

PD si prefieres aprender en español echa un vistazo a https://github.com/vinuesa/intro2linux

Introducción a la ciencia de datos

Hola,
en plena vorágine del coronavirus toca hablar del libro Introduction to Data Science, al que podéis acceder en https://rafalab.github.io/dsbook

El libro lo escriben Rafael Irizarry y más de 20 colaboradores. Rafa fue uno de los fundadores de Bioconductor, por lo que no debería sorprender que su lenguaje preferido para manipular y analizar datos sea R.

El libro se organiza en estas secciones:

• R, incluyendo tidyverse
• Visualización de datos, para mi lo más fuerte de R
• Estadística en R
• Manipulación de datos
• Aprendizaje automático (machine learning)
• Herramientas productivas

El libro se puede descargar en formato PDF o comprar en papel, pero lo más interesante es que todo el texto y el código fuente está disponible en formato R markdown en https://github.com/rafalab/dsbook . De esta manera es posible reproducir todos los análisis del libro dentro de Rstudio.

Rafa está ahora tratando de traducir al español. Puedes ayudar con los términos que se puedan traducir contribuyendo al documento  https://github.com/rafalab/dslibro/blob/master/como-se-dice.md

Termino diciendo que podéis estar al tanto de actualizaciones en la cuenta de twitter https://twitter.com/rafalab

Hasta pronto,
Bruno